GgaINT0050355 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009551 | DYNC1I2
Description
cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001006519]
Coordinates
chr7:17474534-17479149:-
Coord C1 exon
chr7:17479059-17479149
Coord A exon
chr7:17474650-17479058
Coord C2 exon
chr7:17474534-17474649
Length
4409 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
TTTCTATTAATTTTATGTAGACG
3' ss Score
6.07
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCCTCCTCCTACCTCTCCGTCTTCCAAATCCGTGAGTACGCCAAGCGAGGCTGGGAGCCAGGACTCCGGTGATGGCGCCGTTGGATCCAG
Seq A exon
GTATTTCACCTTGCTTGTTCTTGGGCTTACATCTTGCTTACATTCAGAATAATTAAACTTAAGAAATTAAGGGTCGTTATTTGAATGCGACTCTACAATAATATTGAATCTGTGAATGGTGGCTATCTTATAGAAGTGCTTTACTTTCAAATTCGAAATGCAACTAGACAGAATGAATTTGAGATTGCTAACGTGATCTTAGAGTTTTTTAAACTTACTATTTTAAAGCTTTAACTTTAAATTGTGGTAATGTTCTTGTAAGCAGGAATATCTCCGACAGTAAAACAACTGAGAGGTCAAACTTCTGAGCTCTTCTCAGCTTTCTAATGAAACATGCCTATGGATATATATAGGCTGTCTCCTTTCCTCTATTCTACTTGATCTAATAAAAGATACTGTCTACAAATCTTGTTTTGTTTCTACTTTTGGTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAAAGTACTCAGAACTATATTTCTCAAGATCTTCCACTTTGTAGCCATTTTCAGAGCTTGATTGTACCACTCATTATCTCTGTCATTTGGCCAAAGGGTAGCATTAGTACAGCCATGGGTTTTTTCTTCAATTCCAGTGCTTTTCCTATCCCTTTGAAAAACATGTTGTGCATAACAGTTTGAGAAATGCTTTGATGTCAAATGTTTCTGTTAAACTATAAATTCGGAGTGGAGATTTATGGGTGAAAAGATGGGAAATGATACTTCCAGTGAGTATTTTTACTGTTTCTCAGGCCCAGTCTGTGAACACAAGCAACATTTGCCTATTAATATTGATATCTTTTTTTTTTTTTTCAACAAAACCATTACTCATGTACTTTAATTTCCTGAATATACACTGTGGATGAAGTTTAGTTAAAGCACAGCTATCTCAAATTACGTTTGTGCTTATATGAGTCTTTGCTTTGGAGAAGGACTGAATACTTAAACCAGTTTGAAACACCTTTTAAAAAGGCTGTAGTAAATCCTTGTATACACGTGAGTTACATGTATGTAACTATATGTTATTTTAGTCTGAAAATAGTCAAGATTGTAAGGAGCTGCACAAAGGTTTACAAGTTGCTTAATTCTGAGCGGGAACCAGTAAGTCAGTACAGGCATAGAGGAATGCAACAGGCAATAGAACCTCAACATTTTTTCAGTGCTCAGGTGCAGATTTGTGCATAGCTTATAGTGCAATTGAAAATCACTTGTCACGTAACTGAAGAATCAGTAGCGTTGCTCTCAACTGGGCTACTAGCAAGTTTTAAATTATTTGAGATCTGCTATTACTATCAAATTGTCATTTTATACTTAAATTCACTGTCTAGAAGAAAATAGATGATTTGATATATAAATTTACTTCAGGTGTAACAAACTTCTGGAAAACAAAAGAAACAGTATTTCATATCCATGTGATACATGGCTAATAGGTTCATTGTATCTCTGAACATTACTTTTTTTAAAACAATATTTCTGAGGAACAAAGTAACAAATACCACAGTACTTGTTCTTTTAACTATTTAGGAGGCAAATAAGGCAGGTTATCCCTGATATCACTGAAGATTTATTGCAAGTGTTTTTTGTTGTATACATTTTTAAAATATAATTTTATCTTAAAAAAAAAAAAGTTTTGAAAAGCAGGAAGGGAACCTCAGTAAGAGCTGAGTCTTAAGTAGGGGGCACTTTGCTTTTGTTCTGTTTCATTTTTTGTATCCATGGCAAGACTGATTCTGTGCAAACCATCTCCAGCCTGAAGTCTCGGGCACCAAAGTAAAGTCCAAGCTTAAGTGCATTTCATCAAGACAAGCAGTAGGTGCATAAAGAATGAGCACTCTCAAAACAATTAATTTTGTGCACAAAACGTGTGTAAAGGTTTTAGAGATTCAGATATTAAGCTATGGCAATGCATGTAATGTAAGTTATGTAGAATGATTTCGTAAATATGAGTACGGTGGATTTGTAATTATTATTTTTAGTTTAACTAGCTATTCTTCTAGTATACTTTCTGCAGGAATGAGGTAATAAATGGAGCATTCACAATTTTGAGTGTTCGTTACATGGCCCATAAACTTTGGCAATCAGCTTTACCTTTGGATTTCTGCACTTGCTTTCTAAGAATCCTGCCGTGAATGGGATAGTAATGGAAACCTATGTTTTATTGACTTGTAAAATCCATAGTAAAATAATGGATTCTTTGTTTTTGATTTGCTATAAAACGTGATTTCTAAAAAATATAGCGTCAAAAAGCTTCAGAAATCCATGCATGTTTGTCTGTTAATCTCTTACATGCTTGTTCTTAAACTCTGCCTGAGAGCAGGAGGTAGACTAAATGAAAATATGAAGAGGAAGAGAAGATCTAGTTCCCACTTCGTATTCCTTTTGACATGAAAGTGACTTGAAGTAGATCTATTTTGTTTGTTATTGAACAGGACTTTGTAATGTGTTACTAATATTAAGTCTGCTATTTCCACGGGATTTAAATATCTTCAGTAGAGTTGGCTCTAACACAGATGACACTTAGAAGCCCAAGGCAGTGCTTAACCCGTAATTACTGCAGTGTCACATCTTGGAAACTCTAGCAGTTCTCTTTCCCAGTGGAAATGCGTTTTTGCCCCTTTACCAAAAGGTTTGTGTGTTGACTCATTTCCTTCACCAATATGACCATTTCCTCCACATATTTACTGCTCTGGGCAAGATTGCATTATATTAACAAATCTGTCATCTTGAGGCATGAGCAGATCTGAACAGATTTGGAAAGGAAGTTCCTAGTGGTTCTTATCACTTTTAAAATATCTTCATTAGCCTGTCACAAAAGCTACATTTGCAGATCTTTAACTTTCAGTCTTTAGAAGAATTTAATTCTTTTCTAATAGCTCTGGGGTCTGTGTTTGCTTTTTAACTTTTGTATTGACTGCATGTATCGTTGCACTGAATGTTTGCTGAATTTCTCTTAACTGATGTTACATTGCTTTGTTTCTTGTGAACAGTGAAATAACTATAAGCTTACTGTAACTCTAGGATTTCATAGTATGTATTTGCTTCACTAATCTCTGGCCTTTTTTGCTAATGCTGCATGATTTGTTCAACCTGTGGTATCAGGACGCTGCATTGGGATACTGATCCATCAGTTCTTCAGCTCCACTCTGATTCCGATCTGGGGTATTGCATAGATTTCTTATATATTCCCTCTTTCATATACTTGCAAATAATGAGCATAAGAGCTTACTTTTTTTTTTTTTTTTGGACTTTGAGTTACTGTTAGGAGACTGTTCTGTGAGTTAGAGAAGTTCAGTGTCTTTAGATGTAGTGCAGTTGGCTTGAAATGGGAAACTTTAGTCTTACTTAAGTGACATACTTATTTCTGATACTAGAGCTTACTTACTAATGTTTTTCTTTGAGTCTTCCTTTGGCAAGATGTAAACTTTACAATAATGTTTATAATTCTAAGAATAACTATATATTTAAAAATAGAATGACTCCCATCTTTTCTTATGACGAGCATACATGACAAATGGTTATAGAAGCTGTAACTCATTATAATCACGTAATAAAACCATTATGCTCTGAGTTACGAGTCTGCCCACCAGAAGCTTTTCCTTTTTTCTTCCCACTTCTATCATAGAAAACAATAAGAAATTTTGCTACATATAGGTACTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGATCATTACTGCTGTACGTATGATAATTAGATTGTATAGAATGTTACAAAGACTAAATTAATATTTTGGTTTTGGAAATACATTTTGCATTGTAATTTGATCATGGCTGTTTCCATGTTTATGACGTGTCTCGTAAGCTGAAGGCAGAATACTCAGAGCTTTGCGGTGTTGTGCACTGGAGTATTGCACTATGGCTAAATCACTGGTCAATGTGTGAGCTTCAGGCCTGCAGTTCTGAGTTCTAAATAGCATCTTAGAGGTAAATAAAAAGGGATGGCAAAGTTAAATAAGCTAGGAAATGCTTTTTAATTCAGATAATTAAGCTGGTTTGTTTGTTTAAGTTTTGAAGTCCTAAAACCATTTCCCTACAAATACCTCTTATGCAGGCAGATCTGTCCCACTGAAAGTATGGGTATTTCACATATGTAGCAGTACTGTATGTGGCTGCAAAGAGCAAAACCTTGAAGTGATATAATTTAATCCAGGTGTCTGTGTATATTTACACAACTTCTTTTTTTGTCTTAGCTGTGGATATAGGTAATCTTAAATAATAGTGATAATGAAGTATTGATGTTAATCTTGTGACGTTTTCAGGGATGAGTTTCTGCTGGTCTTAAGTTTCACAAAGCAATGCTGTAATTTGATGATTTGAGTATTACTGTAGACAGAATGCAAAGTAATTCACTAAGTTAACTAGTTTTTTTTCTTGATGTTTCTATTAATTTTATGTAG
Seq C2 exon
ACGTGGACCTGTTAAACTTGGAATGGCCAAAATCACACAAGTTGACTTTCCTCCTCGGGAAATTGTTACATATACGAAGGAGACACAAACACCTGTTATGACTCAGCCGAAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009551:ENSGALT00000015547:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.950
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=WD(100=82.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]