BtaINT0056824 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001552 | EPC1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19876]
Coordinates
chr13:33507050-33514923:+
Coord C1 exon
chr13:33507050-33507402
Coord A exon
chr13:33507403-33514804
Coord C2 exon
chr13:33514805-33514923
Length
7402 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTACGT
5' ss Score
8.11
3' ss Seq
TTGTCTCGTTTTATGTTCAGCAT
3' ss Score
6.37
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTTACTGGACAGAGCGCACTCAGACTACGACAGCGTGTTTCGCCATCTGGATCTGGACATGCTTTCCTCACCACAACATTCTCCAGTCAATCAGTCTGCCAATACCTCAGAAACAAATACCTCGGACAAATCTTTCTCTAAAGACCTCAGTCAGATACTCGTCAATATCAAATCATGTAGATGGCGGCATTTTAGGCCTCGGACACCATCCCTACATGACAGTGACAATGATGAGCTCTCCTGTCGAAAACTGTATAGGAGTATAAATCGAACAGGCACAGCACAACCCGGGACCCAGACATGCAGTACCTCTACGCAAAGCAAAAGCAGCAGTGGTTCAGCACACTTTG
Seq A exon
GTACGTTTATTCGTTTTGATGTGCGTTTCTGTAGAAGCCTCGGGTTCATCAGTTTTGGGAATATGTGGTCTGTTATTCTTACAGCTAAAAGTCCCCTTCTCTTAAAATATATTTTTTTAAAATCTAGGTTTAAGAATTTATTTGAATCCCGATTGTGCATGTGTCTTCATTTAAACATTTCTGCACACCCAAGAATTTTAGTGCTGTTTATAATGTATGGCATTTGTTTCCTGTTGCACTTTGTGAACCACCAAGAGTCAGCTATTAAATTTTCAAATAATATGGAAAGAAAATGGACCGTAAATTGATAGTGGATACTTCTCTGGGCTTTTACTAGACTGCTTTGAAGTAAGCCAGCAACTTGATAGATAGGCACTCTTTCTCTGTTGACACAGTAATTCAGAATAATTTATAAGAGGGACACTAACTTTAAGGACATTTAAGGACTTAGGACATCTAAGTTTAAGGATTATTCTAATAATTTGGAAACATTTCAGGTAATATGTACTTTAGCATTATGCCTACACTGTGAAATGGGTCTAATATAAATGTCATCTACTTAAAATATTCCCCAAATTTTAGTTTTCTATTTTAAAGCGAATGCCAGTTGTTTGAGGCATGTAGATGATAGAATTCACTGTTAAAGTTGTTATTGCAGATATTTATAAAGATAATTTAAATATAGATTTTGAAAGGGCTATAAAGATAATTTAATCTGTCCCCCTAATTATCTGGTAAGGCTACAGTTAAACCTAAGAAACATGAAAATGTGCCTCATTACCTTCAGAAAAGGTTCCATAAATTAATATTCTTTGTGATTAGAAATAAAATACTTCTATGAAAGGGAAGTCTTTCAGCTCATAAGAAATATAAACCCATTTCAGAAATCAAGTAGAAGATAATCTAAATAATTCTGAGGCCTACCTAACAGATTACTTACAATCCCATTAATTTTGGAGTCTATATCATGAAGATTCAGTTTCTCTCTGCTTTTATAGTCTTAAAAGTCAAAAGGATTTTTCAGCATGAAGGTCTTATATGGTGTGAGTGTAGAGATTTTAATAGTATAAACTTATGCTTCCCTGATAAAGATTAAGTTGCTTAAAATTCTTTGGGACTAGATGTAGAAAACTGGCTTGTTGGACCAATTTCTTATCTTCTCCACTTCTTTAAGTTGTATAACTATCCTAAGGATCTTATATGATCTTTTCACATAAATTGTTTTGCTATACTACTTAAATGAGCATTGATAGTGTAACACTTACTTGATTTATGTTTGCCAATGAATGTTAAAAGATGAACATGGACCAGTAGTATTACTGAAAATTTAGCTGAAAAAATCTTTAATAAGTGTGTAATTTTCTTTTCCATTATTTCCTTCCCCCTATATATGTGATCAGATTAAATGGGTGGGTTTATCATTTGTTTTCTCTTGCACTTAATTCTCAGTTTTCCCATAAATTTCCTAGATCTTTCTGTATACTTACAGAATTGCTTTAGGGTAACACTTTATTCTTTCATGTTTGTGAATATTCCAGAAACCTAAAGCTTTTCGCTGTTAAGTATATAACAGTGAACTCATGTCATGTGTACCTTTAACTTCATTGAATTCCCCTGGAGAAAAAAAACCTTTATTTAGCAGTTCAGCTGTTACAGAGGATTCTAAGTACAGTTGAACTAGAAGCGTGAGCCACTCTGGCAGTGAGGGAAGTGAGTCTGTTACGGCTCCTTCTGCAGCGTCAGTGCCTGCATTGCTACCTCACCCTCTGTTAAGATCTCATCTCGTTTGATGTAGTTTTAAAGTAGTTTTTTTTTTTCATTTGTCATAGCCCCTAAATGCAAACATAACTACTCTGTCTGGAATTCAGCCACAGAAACTCTGATCTAGTCTGATGCCAGAGGAAAAACTGGCTGTGTTGGACTTACTGAAAGAAGGAGATGGACTCATCATGTTACTTGCTAAAGGAATTTTTTTAGGCTTAATATTTACCACACTGACTTTAGACCTTACCCAGTCATTATGTGACATACGAGTCATCTGATACACTTGCCTGCTATTTTAAGCCAAATACGTGGGTATCAATTTAGCCACTTTTTATTATTCTATCATTGTTTTAAATATTAATATTTATATGTGTGCTGTGACAGAGTAATGCCCTCTGGACTGATTACCCCTTTTCTAAATAATCCTCTAGAAGTGCCTCTTCTCACTTGCAAATAGGAACTGCATGATGGCATCTGAAGCCCATCGTTCTCAGCACAGGGCGTGCGCTCCAGCACACAGCTTCTGTAGGCAAGCGTCAGAGTCTTTTGCTTGCTTCCCGGTCCTCACCACTTTGCATAGCTGTGCAGCCAGATGGGTAGTCAGGTGCTAGAGTGCTTGGTCTTCTGAATACGGTACAGCAGGGTGACACCATGTTAGAACTTCTAGGACTAGATTTTAGTACTTAAGGATAAATGGTGTATTTTAAATAATCTTTAGTAAAAAATGTGATTTAGACAATTTTCAAGAATATTTTTCTAATATTTTCATCTACAAAAATGTCTTTGAGGAATTTGCTGGCAGTCCAGTGATTAGGACTTCACACTTTCTCACTGCCAAGGTTCAGTCCCTGGCCAGAGCACTAAGATCCCACAAGCCATGAGGTGCAGACAAAAGAAAAAAAAAAGTCTTTGAAAACTTACTGTTGGTTGCATGACTGTTCATTTGCATGTGTTTGAAGGTATAACGGATTCAGATTAATACCTTTCTTCATAATTAGGAAGGACTCTAATTCAGAAAGACTGAAAATAGAAAAGTGATTTTTAAACCACCATTATATATTCATGATTTGAATTCCTATTTCTCAGTGAAATTTTATCAGCATTTTAAGTCATTTTTCTAAACTCCCGTATCTGCAGGATAGATTTATTTTCGTAAGTCAATGGGAAATTTGTAGCTAGATTGATAGTTTCTAAGTCTCCATATCTGTAGCTTACTCAGCAGCACAGTTTACTTCTATTTGTAGCATTAAAAAAATTTTTTTAGATTTCCATTGGAGTATAGTTGATTTACAGTGTTGGTTAGTTTCTGCTGTACAGCAAACTGAATGTTATACATATATTAATACAGTTATCCACTCTTTTTTAGATTCTTTTCCCATATAGGTCATTATGGAGTGTTGAGGAGAGTTTTCTGTGCTGTGCAGTAGTAGGCCTTATTAGTTAGCATAAAATTTTAATCTTATTGTAGGACAGTAACTAGATTTGAACACTGAATGTTTTCATTGCTAGATTTTTTAAGTTTGTAGAACCTTATCCTTATCCAAATATGTTTCAAAACTCAGAATTACTTGCTCAGCAGAGTCTAGGGTGGTGCCCATAGTAAAATACATTAGTAGTCCTACAGTTGTGTAGTGAAGTGCGAGAATAGTCACACTCAGTGGCAGGTTTGACCACAAAGAATCCCGTGTTCAAGATGTTTGCAGCCAGATGAATTCAGGTTTGGTTGTAGTTTGTTATCAAATGAATTACAACAAATTTTTGTTTTCAGATTGGGTATTTTAGATAACTGATAAGTGCCTGTGACCTCCATACTATCAATTCAAGCTTACTGATTAAGGGGTCAGTCATATTGTAATACTGTGTGGAGTCATTTCAGATGTTTATTTCTTTAAAGTGACCTCTCTTTTTTGCATTAAAATAATTTTCTGCTTTATATTGCTCAAAGAAATTTCTAATTGATGAGTATCTTTTAAAATAGATGTTTGGGTTTATTTGTTTGTTTTTAAAACACAGTGTATATTCTGGTAACCTAGAATCCCATCACCTCAGACTGAATTTTCAAATTTTGAAATTGTTTCATTTTTGAAATTGTCACTCTCCCCATACCTCCCCCGATTATTCCATTGATCTGCTCTAGCTATAGGAATGTGACTTAAAGACCAGCAGCCTGAACACCAGACTGTTCCAGGGCTGGTATACCTGGCACATGATAGTTCTTTGCATAAGAAGTGGATTCATGAAGTTTTAGATTATTTTATCTAAATTCCTACCCTGAGAAAATTGTTAGAACCTACCCAAACAGTGGTGGTTTCTGGGCTCTGCAAGCATGATGCACACTGTTGCTACATAAAACGTCTGATTGTTTTTTGTAAATGATATTAAATCCAAAACAAACTTTTGTCTATTTCTTTCTATATTTAAAATCTCATTGGTTTCGGGGTAGTTTAGCAGTTTCCACTACTAAAATCCTTGTGATCTCAGATGAAAGTTTCTTCATCTTTATTATGAGGTTATAGAGGAAATCACCAAGAAACCCTCCTGATCTAACATTCTTTGGTTCTGTGAAATGATTCTGATTCTAGGTTTGGTGATCTGTTCACCAGACCAGCTTGTCCCTCTTCATGTGAATTGTAAACTTGACTACCACACCATATCTAGAGGTAGACATACAACCTAAAACCTTTCGATAGAGATTTAGGGAAATATGGTCATTTTGGTTTATTTTCACTTAGAATTTGGTTAGGCTTTGAATTATAATGGCATCCAAGGTCATCTTAGTTTCCTGTGTAAGGAACAGTGTGAAACCCAGTTCAGCTTTTATTTGCCCAGTTATTACCTGACCTTTGTCCAAGCTTTCCTTACTCATTCATACAGCCTTTTGGATTGGAATTGTTATTTTTCAGAAGAAATCTAAAACCCTTTAGCATGTTATGTCTTGAAAAGGACTTTAATGATCACCTAATTTAGTACTTGTATATTTTAGATAAACATACTGAGCTCCAGAAGATTAAGTAATTTCCTTAGGTGTACTCAGCTAATTATGATAGAGCTGAGAATGAAAGAAAAATCAGGATCTCTTGGCCCCTAGACCCATGTTTTTTACTACCATCACTTCTGGCGTATATGTTACTCTGCATTTCTTCTAGAATGTATCAGACTGTCCAGGGAAATTTTTATAACTACACTCTGGAGTATAGAGATATGTAAGAAATAGCTAACATAGGGATCTAAAATCA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Seq C2 exon
CATTTACAGCCGAACAATACCAGCAACATCAACAGCAGCTGGCACTCATGCAGAAACAGCAGCTTGCACAAATTCAGCAACAGCAAGCAACTAGTAATTCCTCCACCACCGTGCCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001552:ENSBTAT00000002038:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.517 A=NA C2=0.600
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF067527=E_Pc_C=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(14.9=97.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development