GgaINT0101661 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007169 | EPC1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19876]
Coordinates
chr2:14085775-14097080:+
Coord C1 exon
chr2:14085775-14086127
Coord A exon
chr2:14086128-14096961
Coord C2 exon
chr2:14096962-14097080
Length
10834 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTATGT
5' ss Score
7.12
3' ss Seq
TCGTTTTATGTTTTGTTCAGCAT
3' ss Score
6.46
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCTACTAGACAGAGCACATTCGGACTACGATAATACATTTCATCAGCTGGATTTGGAAATGCTTTCCTCATCACAACACTCTTCAATCAGTCAATTTGCCAATACCTCAGAAACAAATACCTCGGACAAATCTTTCTCGAAAGACCTCAGTCAGATACTAGTCAATATCAAATCATGTAGATGGCGGCACTTTAGGCCTCGGACACCATCCCTACATGACAGTGACAATGACGAACTCTCCTGTAGGAAACTGTACAGGGGTGTAAATCGAACAGGCACAGCACAACCTGGGACCCAGACATGCAGTACCTCTATACAAAGTAAAAGTAGCAGTGGTTCAGCACATTTTG
Seq A exon
GTATGTTTACTTTGACAAGCTTGCTTTTAGAAATACTAACCTTGGTTCAGAGAATCCTGAATATGGTTAGCTTGTGCGTATTTTATTTTGATGGTAGCAGCCTGTCTTTTATCTTTGCTGCACAGAATGCTTATTGATAGTTACTGCCAGCAGTAGCGTAATGCATCTCAAGTTCATGCAGACTGCCTTGGTATATAGTTAAGATTTCTACAGATGCGGTGGTTTAGAAGCAGTTTTGTATGGGGTTGAAGTTAACCTGGAATATCTAAACATTGAAAATTAAAAATACTTTGTAAATATTGATACAAACATTATGTTCTAAACTTTCTGAAATGTGGTGGTTTGGCTGAAATGTTTGCGTTGGAACTCCCAGTGTGCTTATGAATTCTCATCTGGACGTGGTAGAACTAAACACTGTTTGCTGTCCAAACCATAACCCAATCTGCTGCCATCCATGCTGTGTGCAGGTGCTCATGCTCAGCAGAGCTCTGGAACTGATAACCCATATATCCCATGAGCACATGGCAGGTGGCCTTTGTAGAACCTGAGTTGCAGAATTGAGGAACTGACTGTAAGAAAACTTGATGGAATTTGCTGTAGTATCGTTAGTTGTTGGAACTGAAGTACTGTTGGATAGCATCTCTGTATTGGGTTGATCACAGCGAGAAGCTGGTGCTGATGTGCTGAGCTCACGACTTAGGCAACTTGAGTTTTGGTCACTTAAATCTCAACTTTTTATAGAAAGGGAACTGAAGCGGGTTTCTTTTCGTGCTTTTTTTCAACAAATAGCTTTGCAAATTCTTTACAGCAGTTTTTTGAATAAAATCCTGTGTTCCCTTTCATTCCAAGTTACGGTTAAATATAGGAGTACGGTTGGGTGTAGGTGCATATATTCAACTTAGCGGATTGTGGGATGTTTTGGGGACTTGCTGAAAGATATTCTAGTATCTGACTTATCCTCCTGTTCTCCAGTATATTTTGTCCATTACCTTGTCTTAATTCCTTGCACCCCCTTGTTTGTTCTAAGAATTGTTCCTTGTTTTTAGAATGATGGAATGGCTTTATTCTGCTCCCTTCTTTCATGCTGTCCTAACATAGGTCCCCGTCCCCGCCTCCACCCCTTCTTTCTTTTATGATTCTTCTCGCAGGGAAATGTGTTAGGGCTGAAGCTGGTGGTTGTGATCAAAGCGTGGCTTTCAGTGTTTGAATTCAGGCCTGTCTCTCAAATGAGGTTTCTTATCAGTAAACCAGGTCTAGAACAGTAGTGTCATTTGCCCAGTGGCCCATCTGAACTTGACTGAAATGAAAACAAAACTGTGCAATGGATAGTATATTCTCTGAAATGTTGATAGGCAGTACCTCGTATCTGGTAATGAGAATTAACAGAAATGAGCAGATGGAGTTCAAAGCATGTATCTGTGTGTATATGCATACATATAAAAGATTCTTTAAGAGTGTTATCCTTATTATCCTTAAAAAGATGGTTGAAATACCTCTGAAATGGAGGTAAGGAGGTGGAATTACTTATGGTGATGAGTTCTGTACTAAGTTTAATTACATGGCTGTGTATTGAAGCATGTGTAAGTGCCTGGCAAATTGTGTTCGTTTGTGCTTGGAGTTCTGTAGAGATGGTTTCTCGATGTAAAATAAGTAAACACTGGGAGCTTAAAATTCTGGAGTTTAGTTTCATGTGTATTTATTAGTTGTTAGACACAGGGGCAATATGTTCCAGAAAAACTAAAGCTAATCTGCATTATTTAAATACTGAGTGTTCATCTGAATACTTTAAACAAGATCCCACAATCTCTGGATAGTCATTTGTTACCAGTGGTAAGATTGTTACCAGAGGTAGATCGTATTCTTGGAATTACTCATAATCTTAATTGGATTCCCATAGCTATGTTTCATCTGTTTCTATGTGGTCTAATGATGGTTATCTAGGATGAGGAGTTGGAAACCGGTGTGCAGCAGTTAACCTTGGTGCTATTTTGTTTCCTAGTGTTCTTCTTTCAGGCTCTTCAAGGCTATGAGATGCTTTGTCTACGCAGATTACAGTTGCGAGTGTTTGTCTGTCTGTGTGAGCTCAGCCTCCTCAGAGGTGCGCAGCAGTTGGGGCTGCAGCGGCTGAGTTACATTTTCTAACCTGTAGCAAATACCACAGAGCCCATAAAGAACCCAGCATCTGTACTGAAATATCTTGGTGCTGCTCCTGATTACAGCCCCATAGGGTGTTCCTGTTCCTTGTGCTTAGCTGTTCTGAAAGCATGGAGATTATTGTGGGTGTGGATTCTTTTATTAATTTTGTTTCAGTTTTCAATTCTCTCTGCTTTTTGGGTTGGTTTGTAGAAGTCAGCAGGGCTTCTGGCCAGAAAATGATGATGGAAGCATCTCAAGTTTTAAAAAGCCTTTTATTTCTTCACGGCTGGTTGTAGTCCAGCCAGCTTGCTTACCTTTGGGGTTAAGTTCATCTTGAGATTCTGTAGTGGTTAGCAGAGGTGGCTGTGTTGCTGTGCTCCATCACGTGATATGCTTTATCCAGTTTTATATCAAAGAAGCTTACAGAAATTGAGCATTTTCCACCTGGAACAGTCCAGAAAAAATGCTGCTGATGTCAAACAGAATCTTCCACAGCCATTTATAGACAAGTCTTGTCTTATATGGGCACCACAGGCAAGAAGCTGAGTTAGTGTCTCAAGTCATAAGAGCTGTGCTGTGACATGCCGTTCTTCTCTGGCTACAGGAGGCTTTGGTTTTTGTCCTGAAGACCTGGAGAGAGGTTTCCTCCAAGAGGCGGGAGGTGATTGGATTCATGATGATTTTTGCACCTGAAGAAGCAGGAGCTGTTCTGATACTGGCTGTCAAACTGCTCAGCATTAAAAAGAAAAAAAAAAACAAAACAAAACCAAAACTGTATGGAAGATGGAGTTGTTACCACGAGATGCTCTATGTCAACTGAGGAAGGGATGTCTTAAATCTCTTAGAAGTTCCGTGGAAGCATGGCTTGTACTACGCTTGCCTTATGTGGAAGGTTAGACTTCAGCAGCAAGATGGAGTAGCCAAGAAAAGTAGCATCACCTTTGAAGAGGGGTGGTCCCTTTTCATCTTGCTGAAGAACTAGAAAAGATGCTTTGTTACCTTGTAACAAGAAAAGCTGATTTGAGGATTTTCAGGCATATTACCCAGAGCACCAGTAAAAAGTAGGCAAGAGTGTAATAACATGATTCTGGGGGACTGACTGTTGTTCAGTGGGGAGAACTGTTCACTCTGAATAAAATGAACAAAAATACTTCAGAAGCCAGTACTGATGAGTCTATGTGTCCAGATTATAATCTTTGAGATGTGGCTTTTGCATATCTTAATAATTCAGAGTATGGAGTAGGTGAGAATGTTCATCTGAAGTATGTGTATGCCAGAAGCTCATTTTTCCTTGTTGTGTTGATGGATCCAGTTAGCCAGGCAAGTGGCAGGCAGATGGTTGTCTTCACACTGCGTTGAGTTCTGGAGACTTCCTGCAGGCTTGTTTTGTTATTAACAGCTGCCCTCACTATTTGAATGTCTCATCTATTAATCTCAAGTTTGAGACCCTTACAGCTGTACAGTGTAGATCGTTCTATCCCAGCCTTGTGTGTAGTGGGCAGACCAGAGACGTGTTACTAGCAAGGATGAGAGGCTCTGCAGTAAGAGCAGGCTTCTGTGATGCATTCTGTTCTTTTCTGCCTTCTTCGCATGGAGAAATTGGGTCTCTTTGGAGATGACTGACATACAGAACATCATTAAGGAATCCAGAATAGCTTACCTTGCATTTCCTTTCTTGTAAACTGGAGGTGCAGATAATTTGCTACAAGTTGTTTGTTGGTATTCAGTACCTTTGTATGTGGGATTTTTATAGGAAAATTATTTTTCCCAGTAAGCTTTGCTGCTTTTCAGAAGCAAGTTAAGATGTGCAAAAGAAGCAAGTTGGCCTGTGCACACTGAAGGGCTTGGCACACTGAAGTGGGATGGTGAGCTATGCTCTCATTTCCCAAGTGTTTGTAGCATTCCCGTCTCCAGTTGTGTAACGATACGTGATGCACCACTGCAGGTTTTTGGTAGTTTTGGTGCTTATCGTGTTATCGTTAAGGGTAACTGCTGCCCTTCCTGTGCCCTGCTGCTTCCTACCTCCAGCAGAGGCGCCTCTTTCCTGGAAGGAAGCTGGAGGAAGCTTCTCAATCTCTTTGGCAGTTCTTCATTCCAGAGCAGTAGGATCTGTTGTGTTTTACCTTGCTTTTGTGCCATCGCTGGCTGTTCGGGTCTTTACTTAATCCTTGTAGTAGCTTCCACACTGCTGTCTGCTGTGCTGTTCTCCAGATATCTGTTTTACTTTGGGAAGGAAATCCTGGTCAGTGAAAATACTGCTGCTTTTAACAGCCCCTTTCAGTTACCACTGGGAATTAACATTCTTAGCCCCTCTGTGGTCAAGATGTTGAGATCCTAACTGAAGAAGCAATGAGTTCAAAATTAGATGCACTTTGGGAGTAGCAGAGGAGTTTATAGTCTACCTTAGAGTTGGTGGAAGGAGGAAATGTTGAGTAGAAAACCTGTTTTTCTGGGAAATGGTGTGACTTGAAGGATGGGTGGAGTACAGGTGCTTACTGAAACAATTGTACCCTTGTCTCTTTGCAGAGACTTTGTAGTTGCACTACTGCTTCTTGTTCAGCTTTAAGTCAGCTGGAGTAAGACCTTGCTCTGAATTGTTGGGTCCGTGGGCTCGTGTAAATTGTTACCTTATCTGTATTCCGTGCATGAATGGTCACACATTGACTGTAGAGTAATCTGTGTGTACCTCAAGTAACCCATGGTGTTCCTTGGGAAATTTGTATTTAGGACGATGGGCAGCCAGATACCAGTGCATAGCGAGCACTTCTGGCTTTCATTCAATGGTCAGCAGTAAAAACCTTTGTTAGTCATTATTTTCTGATCGTTTTCTAACTGCTGGGTAGGGAGTACACATACACATCTGG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Seq C2 exon
CATTTACAGCCGAACAATACCAGCAACATCAACAACAACTGGCACTAATGCAGAAACAGCAGCTTGCACAAATTCATCAACAGCAAGCAAATAGTAATTCCTCTGCCAACACATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007169:ENSGALT00000011610:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.331 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF067527=E_Pc_C=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(14.9=97.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]