GgaINT0101661 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007169 | EPC1
Description
NA
Coordinates
chr2:14070174-14081479:+
Coord C1 exon
chr2:14070174-14070526
Coord A exon
chr2:14070527-14081360
Coord C2 exon
chr2:14081361-14081479
Length
10834 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTATGT
5' ss Score
7.12
3' ss Seq
TCGTTTTATGTTTTGTTCAGCAT
3' ss Score
6.46
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CATTTACAGCCGAACAATACCAGCAACATCAACAACAACTGGCACTAATGCAGAAACAGCAGCTTGCACAAATTCATCAACAGCAAGCAAATAGTAATTCCTCTGCCAACACATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007169:ENSGALT00000011610:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.361 A=NA C2=0.425
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF067527=E_Pc_C=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(16.7=97.5),PF073636=DUF1484=PU(42.5=85.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]