HsaINT0056881 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000120616 | EPC1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19876]
Coordinates
chr10:32273163-32285050:-
Coord C1 exon
chr10:32284698-32285050
Coord A exon
chr10:32273282-32284697
Coord C2 exon
chr10:32273163-32273281
Length
11416 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTATGT
5' ss Score
7.12
3' ss Seq
TTTCTTTATTTTATGTTCAGCAT
3' ss Score
6.57
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTTACTGGACAGAGCTCATTCAGACTATGACAGTGTGTTTCACCATCTGGATTTGGAAATGCTTTCCTCACCACAACATTCTCCAGTCAATCAGTTTGCCAATACCTCAGAAACAAATACCTCGGACAAATCTTTCTCTAAAGACCTCAGTCAGATACTAGTCAATATCAAATCATGTAGATGGCGGCATTTTAGGCCTCGGACACCATCCCTACATGACAGTGACAATGATGAACTCTCCTGTAGAAAATTATATAGGAGTATAAACCGAACAGGAACAGCACAACCTGGGACCCAGACATGCAGTACCTCTACGCAAAGTAAAAGTAGCAGTGGTTCAGCACACTTTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CATTTACAGCCGAACAATACCAGCAACATCAACAGCAACTGGCACTCATGCAGAAACAGCAGCTTGCACAAATTCAGCAACAGCAAGCAAATAGTAATTCCTCCACCAACACATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000120616:ENST00000375110:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.426 A=NA C2=0.592
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF067527=E_Pc_C=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(15.3=97.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development