RnoINT0055449 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014834 | Epc1
Description
enhancer of polycomb homolog 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2324280]
Coordinates
chr17:57309799-57316917:-
Coord C1 exon
chr17:57316565-57316917
Coord A exon
chr17:57309918-57316564
Coord C2 exon
chr17:57309799-57309917
Length
6647 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTATGT
5' ss Score
7.64
3' ss Seq
CCTCCTTGTTTTATGTTCAGCAT
3' ss Score
7.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTTGCTGGACAGAGCGCATTCAGACTATGACAGTATGTTTCACCACCTGGATCTGGACATGCTTTCCTCACCACAACCTTCTCCAGTCAATCAGTTTGCCAATACCTCAGAAACCAATACCTCGGACAGACCTTCCTCTAAAGACCTCAGTCAGATACTAGTCGATATCAAATCATGTAGATGGCGGCACTTTAGGCCCCGGACACCATCCCTTCCTGACAGTGACAGTGGTGAGCTCTCCAGTAGAAAGTTACACAGAAGTATAAGTCGAGCAGGACCAGCGCAGCCTGGGGCCCACACGTGCAGCGCCTCCACACAGAGCAGAAGTAGCAGTGGCTCGACACACTGTG
Seq A exon
GTATGTCCTTTTGTGGTACCCATTGCTATAAGGGTGGGGTCTCCCATCTTGTTGAGGATGTGGTATATTATTCCCGTAGTGAGGTCCTCACGTACTTCTTTGAGTTCTGCTCAGTAGTGCTGTTGCTGTGTGGGTTTGTGTGTACGTGCATCTTTCCTTAACCACAGCCAAAGAGAGGTGGTATGTTTGTCACTATATATTTAATGTTTAACTTGTTATCTTGAGGTAGCCCATGAACCACAAGATTCATTAATTTTCAAGTAATAAAATAAAAGGGACCCCAAGTTGTTATTGGTATGTACTTGAACATCATCTACTGTGATCTGTTTAAATTTAGAGGCCACTAGTCAGTAGTTAGACATAAACTTACATTGGCAGTCGTTCAGAATAAATACCAGAGAAGCTGACTTCTAATAGTTTGTAGATATTTTAAAGATAATCCCTACTTTGTTGTATAGTGTGAATAAAACACTGGGAACAATGCAATGTCCCGTGACTTTCTTTTTTAGAACACTTAGGTAGTCCACATTATCTGAGTTGTATAAATTATAAAAGCTCACTGTCAACATGGCTCAGCCTCACAGCCTGTGCTCAGTCCCCAGACCCACACAGTAGAAGGGAAGGATCCCACTCCTTCAGTCTGTTTCTGGCCTCAGTGCGTGTGCTGTGGCCTGTGTGCATGTACACAGTCAATACATACAATAAGTGAAGAGATATTTTTGAGATTTTTTTGTTGGTGGTAGTTGTTTTGGTGATTATTCTGAAACAGGGTTTCACTGTAGTTCTGGCTGTCCTGGCCACTTTGTAGGCCAGGCTGGCCTTGTACTCGTGGAGATCTGCCTGCTCGACCTCCCGAGTGCAGAGACTAAAGACATACATGTACCACCATGTCTGGCTTATGCTTGAAATGTTTTTAAATCATTTCATTAAAGTTCTTTTAGGATGATTTTAATACAGATTAAGAAGAGGATTGTTTCCCTAATTACCTTAAGTTACAATTAAAGTGTTTTCTACACATAAGAATTTGCTGACATCTTCAGAGGAAATGCTCCATAAACTAATTTACTTGTTAGTTACAAATAAAAGTAGTTCTGTGATCTGACCAAACTTGACAATCAGTTGTCAAAAAAATCTGTAGTTTCTGGGACTTTAGTGATTGTAATTCCACTAGTTTTACTAACCGTTTTTCTGTCCTGCAAGCCAGGCTGACAAGCTGGCTGATTGGAGCCTTAGTTAGCTATGCACGGGTGTGGGGAATTCAAAAGTGGAGACTCCTAATCGGTTCCCCCCAAATATTTTTGGAGATATATGAGGGTTTTTTTGAGATTTTTATGGAGAAAGTAGCCATGTTCTATCAACCACATCCTGTCACTCCTAAAGTGGAACACTATAGACCAGGACAGACCTCCAGATTTCATTTCAGTTTACGTAACATGGTGTGCTGGCGTGACTTACAGAGGCATGTCGGTGCCAGTTGCAAACTTTGCTGTTTTGTTTCTCCAACATCATTAAAAGGTAGACATTAGCAAAAGTTAGCTGAAAAAAGCCTTTCATAATTATGTAACTTTTCTTCTTAATCATTTTTTTTGACAATCAGACCTTTTTAAATGCTGTCTTTATTTTCACATATACTTAGAAAATAAGAGCTTACAGTAGAGTTATGCTGTTTTCATGCTTGGGAATATTCATGAGGTCATGAGGCTCTCTAAATTATGTCATGTGTGAATTTAACCTAAGTGAGTTCTGCTAACAGCCCCTGAAGACAGAAAAGACAATCCAATTATTCTAGGTCTGCTGAGGGTCTCATGAGTGTCAGCCACGTCCTCTCCGCAAGCATCTGCAGGCTAGACCTTAGCCGTGCTGATTCAGCCATCCCATCAGATGGATAGGTGTCAGTTTGGCCCATAGTGTAGGCCAAATATAGGGCCTCAAATTTAACCACTTCTGATTATTCAATTACTGACTCAGATATTGAAATTGATACAAGTGATACACTGCCCCACCAGGCTCTTTTCTAAGTAGCTCTTAGTGAGCTATATCCACATTTTGAATAGAGAATTCCAACTGAAGTGTATACCAGGAGTGTACTCATTTCTTTGAAGAGTATGCAGTTGTACAGCTCAGGGTCCCTTCAGCTTGCTGTTCATTGGCCATTTCACAGCTGTGCACCCATGGAGCATGTCCTGAATAGGGTGTTGGGTAGCCTCCGAGGACGTGCCATGAATGCTGTGTATCAGAGGGAGCTCTTGGGAAGACTTGGTGATAGGGGTTTAGAATTTCTAGGGCTAGGTCTGCTTCGGGATAGGATACATTGTTTTTAGTGATCATCAGTTAATGCATGATTTGGACTGTTTTCAATACTTTTCTAGGCTTTTATCAAGCTGTACTAGCACCTTCTTACTATTTGGTCAGTGGTTGAGCATCCGTCTATTTTGTGCATTTGAAATTGGAGTGATATCAAATTGCTAGACAAGGGTCTAGCAGTGACTCAGTAGGTGAAGGCTATGAACCAGCAAGCCTGCTGCCCCAGTTCTGTCCCCAGAACCCTCAGGTGGAAGGAAAGACTCCATTCCCATAAGTTGTTCTTTGTCCTCCTGATGCACACTCACTCTGTCTCTCTCAGAGAGCAAGAGAGACACACACACAGAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGGGGAAAGGATATATGTATGAGTGTGTAGATGATTCAGAAAGACTAAAACTCCTACAACAGTAAAAGCCTCTTAGCGTCCAGTGAAATTGAAATCAGCATCATTGTAAGTTGTTTTTCTAAACTCTGTCTGCTCCAGCCTGCTTTGTGTTTGTAAGCAACAGAAGCTCTACCGGCAGAATCCGTGTGTTTGGCTTGATCTTGCATGGAAAGGCAGGCCTGCAGTCTTGTGCAGTGGTTCTTGTTACTTGTGTCAGTCTATGGGACCCTAAGCTTACCTCAAGGTGGTTCCCCCCCACACACACACACACACATACACACACACACGGCACCTTGTGTGTGGTGCACTGTGAGTTCAGCAGGTGGATGTAAATGTTGCAGGAGCGTCACGTCCAGAGTAGCACTGCGATAGTGAAATGTCACATTGAAGTCTTAGCAAGGCACACTCAGCTGTGACACGGCTTGCTGTCAGTTGAATTACAACACACCTTGGTTTTCAAGTTGGGTTTTTGTTGGTTGATAGAGACTGGGAAGCTTTTTGATTTCAGTTCTCTACTGCAGAGATCCTACTTTAGTAACCAGACCATTTCACATCGTAGTTATTTTGTTTGGGCTTTTTATTTGGTTTTGAGTGGCTGAGGATTGGATCTAGCTAGGGTCTCCTGCACATTAGGTAAGTGCTGTACCACTGAGCCATATCCCCAGCTCTTGTTTTCATTACCTTTTGGGTCAGCCTCTTAGAATTAGAAACTACTGATTCGGAGTTGTTTTAAAACAAGTTTGTGGGTTTTGTTTGTTTTTAATGAAATATAAATGGTTCATTTCTTGCTGATTCGTGTCTCCCTTCCCACTTAGGTAGCTTGCTGCAGTGTCAGGGGTGTGCCTATAGGGCCTTAGACAATTCCAGGTACTGGAAGACAGCATTTCCCCATTCTTGGAGTTGGTTTGCTTTACAGAGTCTTACCCCAGAGTTAGTTAGAGACTCCTAAAAACCTGGTAGTTTCATCATAATCTATTTCTGATGGGAGGAAATGGAATTGATCAAATTATTCTGCATTGAAGGAGCTTGCTCAGAGAGCTTATCTATACACTACCACAAGCAGCCTCCTGCAGCTCAGTTGTTTTCTCATGGGATCGAGTCAAACTGTTCACCAGAGATAGCCTCGTTTTCTTCCCCAGTTCAATGCTCTTGCCTTTCTGTTCTAACTGTGAAGTCTCACTACTGGTGGTGCTTGTTCACCTTCCGTGTTTTTCCCCAGGCCCTCAGCCTCATGTCCAGTGTGAGGTTACAGGACAGCATCAGGTGTGATGGTCTCGTTGACCACCGCTGCTCTTTTGGTTCCGCAAAGCAGTTGTGATCCTAGATTTGCTTTAGTTGGTTCTCCCCACTGTTTCTGAGTTAAATTTGACTTCCATTTTATCTGAAGCAGATGTATAGCTGAAGACTCCTGCCTTGATGCCCCAGTTGTTAGTAGACATTTGAGAAAGTATCGCTTTCATTTATCTCATGGAACATTTGGTTGGACCTTAGAGTTAGACTGGATCAGGGACCTTGAATGCTTCTGCAGTCTCTATGACAAGATGGGAATATAAGATCCAGCTCCCATTTCATTATCCACATGTACCTTCATACAGATTGCAGTTTTATTTCTGAGAAGGAGCTGAGAGGACTTGGCAGCCACCTAAATTGAGTCCTGTCACATTGGCATGGAGATGCTGAACCACAGCAGGTGGCACGCTCTTCTGAGGACGCTGTTGTGCTGTGCTTTTATTTCTCACTGCCAGCTCTGTTGCTGTTTTAAATACAGATCATTTACCAGAAACATCCAGGCCAGATGTTACAAGTAGACTCTAGATAGAGCAGCAGCATCTAAAACGCAGTGATGAGATGCTGAGCTGACTGGCTCGGGGGTTAAGTGTTGTTTATCTCTGCACCTGCACTGGCAAGAGACAGATGATAAAAAGTAGGTTGGCTGAGCCAAAGACATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTAAAGATAGCTACAGTGTACTCATAACCATAAAATAAGTAAATCTATTTTTTAAAAAGGGGGATTGGCAGAAACTGGGGGAAAGTTTAACTAGGGCAGAAGTATTTGAAAGTCTATTCACAGTTGAGTCCCAGTTTACTTACCACTAAATGTTTAACTGAAGTGCACATACATCAAATACTTACAAAAGAAATTTTGCAGGGAAA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Seq C2 exon
CATTTACAGCCGAGCAGTACCAGCAGCACCAGCAGCAACTGGCACTCATGCAGCAGCAGCAGCTTGCACAAACTCAGCAGCAGCAAGCAAATAGCAGTTCCTCCACCGCCGCTCCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014834:ENSRNOT00000019968:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.697 A=NA C2=0.850
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF067527=E_Pc_C=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF067527=E_Pc_C=PU(16.8=97.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]