BtaINT0069661 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001132 | GTDC1
Description
Bos taurus glycosyltransferase-like domain containing 1 (GTDC1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076035]
Coordinates
chr2:52584334-52661174:+
Coord C1 exon
chr2:52584334-52584512
Coord A exon
chr2:52584513-52661006
Coord C2 exon
chr2:52661007-52661174
Length
76494 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
CTAATTTCCTTCTTTCCTAGGAT
3' ss Score
10.09
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATCCTCTTCGCAAGCTCAGTGCTTAACCTGACTGAACTGGCTGCCCTTCGACCTGACCTTGGGAAATTGAAAAAGATTCTGTACTTTCATGAGAACCAATTGGTATATCCTGTCAAGAAATGTCAGGAGAGGGATTTCCAATATGGATACAACCAAATTCTCTCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001132:ENSBTAT00000001505:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120383=DUF3524=PU(35.3=98.3)
A:
NA
C2:
PF120383=DUF3524=FE(33.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]