GgaINT0049501 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012424 | GTDC1
Description
glycosyltransferase-like domain-containing protein 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001012939]
Coordinates
chr7:32700990-32730257:-
Coord C1 exon
chr7:32730047-32730257
Coord A exon
chr7:32701158-32730046
Coord C2 exon
chr7:32700990-32701157
Length
28889 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACC
5' ss Score
8.66
3' ss Seq
ACTGCTCTCCTTGTTTCCAGGAT
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCCAGACAGAGCTGAAGCAGTGGGAAGATGAGTGTTCTTCTCATTGAGGCTTTTTATGGCGGTTCCCACAAACAGCTGATGGATCTTCTTCAAGAAGAGCTGAAAGAAGAATGTGTCCTCTGTACTCTCCCTGCCAAGAAGTGGCATTGGAAAGCACGGACTGCTGCTCTTTATTTCATGCAAACGGTGCCAGCAAGTGCTAATTACAG
Seq A exon
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C1:
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A:
NA
C2:
PF120383=DUF3524=FE(33.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]