DreINT0075671 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020642 | gtdc1
Description
glycosyltransferase-like domain containing 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050417-8]
Coordinates
chr9:26050274-26057223:+
Coord C1 exon
chr9:26050274-26050468
Coord A exon
chr9:26050469-26057055
Coord C2 exon
chr9:26057056-26057223
Length
6587 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCGGC
5' ss Score
6.32
3' ss Seq
TTTTTTGCTTTGTTTTACAGGGT
3' ss Score
11.31
Exon sequences
Seq C1 exon
TAAATAGCCTGCGTCCATGAGTGTGCTCTTGCTGGAGGCGTTCTATGGCGGCTCCCACAAACAGCTGCTTGATCTTCTCAAGGAAAGTGTTGAAGACTGTGTGAGCTTCACTCTGCCTGCGAAAAAATGGCACTGGAGAGCCAGAACCTCTGCTCTGTACTTCATGCAAGCAGTTCCAGCAAATTCCTCATACAG
Seq A exon
GTCGGCAAAAATCACCACACTGATTTTGTGCAATAAAGGAATTGTATAATTTTTTTGTTTGTTGATTTTTGCACTTTGAATTTAACTTCAGGTTTATCATTGGTTCTCTGGATTTGCATTAATTTGCTCATTTATGTTTTATTTCAACAAATTACTGATAATGTCTTCAAAATCATCATGTTTTCAGACTATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAGAAAATGCTCATTTACAAGAATAGAGGTTTGATGGATTTAGAGGGTTTTGCATCTGAACTCTTCATACATAATGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCTTGCATTCTTCACACGGTAAAATCTGAAAACATGCAATGTTTTTTTTTATAATTTATTCATAATTGTTCAGTAATGACAACAATTTGAACTCTTATTAACGACTGAACACCAGTTATATTTAACCACAATAGAGCAGAAAATCTGCATATTAAAAGGATTTCTGGAGGGTCATGTGACACTGAAGAAAATTAATTTGAACCACAAGACAAAATTATATTTTTGTATTTTGTATATTTCAGATTTAAAAAATCTGTTAATATAAATCTAAACAACACATTTTTATTATATTTTAGTCAAATAAAAAAGAACAAAGAGACTTCTTTCAAAACATTTTTTTTACTTTTTTAACCACCAGTACTTCTTGTGTCTGTCTGTGTGTGTGTGTGTAAATAAGTATAATTCTTAATATAGAATTATTATATAATACTTTTCTACTGCCGTTGTTGTTTGCAAACAAATCTTACTGATCATTTACTAGATCAAAGAAAACTAGTTTACATATTTCCATGACCTTATTTATTTATTAAGTCTAATCAATTCAGATGTCGAACACTCATCATTCACCATACTTTAAAGCCATATAAATGTGGTTTCCTTATTACTGCTTAGCATCACTGAAGAACTTTGTTGCTACATAGTGGCATAGTGTATTGCAGAACTTGCAGGAGAAACATTTGCATATCAAATATGAACAAATAAACTTTATAAAAAAATGTAAATTCATAAAATCAAAATCATTGTTAAACTGGTATTGTACATTAAAATCTTTTTGTCTCCTTTTTACTGAAATCAGTAGTCTAATGTCGATTTGTCTAATGACTAAAGTCATCACTTATTTTTATGTTTACAAACATATCACACTTAGCAGCAGTGTTATATGGTTTGAACTTACACTCGGGTGTTCTCACCTAATACTAGGTAGTCAAAAATGAAGACAAATAAACACCTCAAGATTAAAGAGATGATGTAAATGAAAATGAACCCTCACTAAGTCACAGATAAGTAGTATATTTATAACTGTCTATACTGTCTTCTAACTGTCTTGTCCTGAGAACAAGACTAATGCTTTATAAGGTTTTAATTGTTATCATCCAACACCATACACTGAAAAATCATAATAAAATTGATTTATACAATTAAAAAAGTGAAAAAATGTTGCATGTAGAAATGATAAATATATTGATAAATATAGATATTCTGTATTGTTCATCAATAGGTCATGACACCTAATGTTTTAACTACCTCTAGCAATCAAACCTTTTCATAAAGTGTAACTAGAATCAGAAATTAAGTTTTCCATTACATAAAGTGAACTCCCCAGAGATATAGTTCACACACTGTTTTCCTGAGAAGAACTGTTTGTCGTTTTAAAATAGACATTTTAAAACAGCATAAACAAGGACACAAACACGTTTAGAGACTAGGATCAGATGGGGACTTTCTTGCTTCCTTTTAAGGGACAGAGAAACCGCAGGTGGGTGGGGGAAGCCCTGAGCATTCCTTCAGCAGCAATCTCTTGCTGCACTCGAACTTAAGCAAAAGACAAAACATGTGCTTCATTCCTAAAGCCTGCTATCAAATATGCACAGTCATAACCCTTCACGTGTCAGCGACCTGGATGCTCTTTCAAAACCTGTTAGGCCGTTTGCAGCTTTCCCTCTTGAGATGAGCCACTGTTGTGAAAACATTAGAATGGGCTACATTTCAGTGAATAGTTATGGGTGAAACGGTTCATCTCCTACTTCATTCATGCCTGCAAAGCATACATGTAATAATATTAAAGTTACAGCGAGCCAAGAGCAACATTTGCTCTTCCAGATCTGCACCTTTGATGATGCACTTACAAACCTGACTCAGCACAGAGCCATTTGCCCACCCACTGTGTCTCTTATCTTACAGGTTCTCATACAGCCAAAACGTCTGGTTTGGTTACGGTTAATAAGTTAGTGCTGGAAAAAGTCTGTGGGCGACAGTAACTGCCACGTCACAGTTTAATGAAAGCCATCAATGGCTCCTGTGAAAGAGTGTTTGCACACCTTGGACGCAATCTATCAAGTCCACAAATTTCAGATGAAGTACTTTCCATTTGAGTCAGATTTTGTTTTCAGCTTTTGACAAATTAATTTGATCAGTTTGTTTGTTAAAAAAAAACTTTGCGCACTTTGAATCTGACCACCTTCAATGTCTCACTGGTACTCTGGATTTGTCAAAATGTAACATTTGTGTTTTATTTTTATGACTTACTGAATTAATGTTTTCACATTTTTAAATGATAAATTCTGGAATTCTGGAATATCATGGGAGTTTAAAAGATCTATTCCAGACATTATAAGTGAGGGAATGTTATATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGTATATTTTTTCCCCAATTATGTTTAACAGAGAGAAAATTTTTTTCAACACACTTATAAACATAATAGTTTTAAAAGCTTAAAGTGACATTTAAACTCTTAACTCGGTTAACTAGGCAGGTTACGGTATTTAGGCAAGGTATTGTATAACGATGGTTTGTTCTGTAGACTATCGAAAGATATATAGCTTAAAGGGGCTATTAATTTTGACCTTAAAATGGTTTTAAAATTTTTAACTGATTTTATTCTAGCTGAAAAAAAACAAAACAAGACGTTATCCAGAAGAAAAAGTATTATTAGACAAACTGTGAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAACATAATTTGGGAAATATTTAAAGAAAAAAAAATCAAAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTTAACTGTAAATTTTTCAAGTTCATTCTTTCCATTTATTAGAATGTATTTTTAATTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCGTGTTGTTTTACATTGTTGTACTTATAGTACATTTGTCATCTTCTCTGGCTTTTCAACCGACAATCAAACATATTAAAACAATATGATTGTTTTTACAGCATAAAGAAGTAAATTTTTTGTTTTGCTAATAATGAATGGAAGTGAATGACACCAGAGATCCTGACACAAAGTTACAATGCCCGCCTCACTCTTTGGTGAAAAATAAGGTGGATGGGTCAAGCAAATTTAGCTTTTTAGTCTGTGAAAATCAGGAAAAGGTCATGAAATTTGACACTGAGGTTAGAGTGGGAACCCTGAAATAAGCATTACATATTTTTAAGCATTTATTTGCAGAGAATGAGAATAGATCAATGTAAAATATTCTTAGTTTCTGATTGGTATAAATATGCATACAGTTGAAACCAGAAGTTTACATACACTCTAAAAAAAGTAACATAACCATTTAAAAAAAAATGTCTGATGGTAAATCATAGTAAATGTTTACTATTTTAGGTTCGTTAGGATTACCTAAATAATTTACATTTGCTAAATGCTAAATAAATTTTTTTAGAGGATTTTGTATTAATTTCTAGACAGTCAAAAGTTTAATACTATTCTATAGTCGTGCCTCCAATTAACTCAAATGTTGTAAATTAGCCAATCAGAAACTTCCAAAACCTTGACACCATCATCTGAGCTTTTTTAGAGGCGTAATAATTTTGTTTTATGTAAACTTGATTTTCAAGAAAAGGTATAACAATTTCTCAAGAAATAGCTCCTTCGTTATTCTGCTATTAAGCTTAATAGAAACAAATTTGTTAATCCTAACTTACCTTAAAGAAAAAAAGTTTAGTCACATTAACATCTGACTTTTTTTTTTATTGGTTATGTGCCTTTTTATACAGTGTATGAAAATCTCTGGTTTCAACTGTATAAACAGTGTTTTACATTGCTCAGCATATATAAGTACACCCCTCACAAATCTATCTTTTAAATTCACATTTTTAATAGGAAGCTGTACAATATTATATTTGTGCATATACATTAGATTAGTCAGTACTAAAGCCAGATCTGGAGCTTAAATAACTTCCGATAACCGGTACAAAAACTAGGACACCTAAATTTATATTTTATAGAAAAATAATAAATACATATTTGAAAAAGAGGAAATATCAAGAGAAGCAAAAAAATAGTAAAAATTACAATTTTGTGAGTTGTAAATTGTTTTCATATTTTGCTTGAATTTAATTATATAATCTTAATTTCTAAATACGTTTGGTGACTAAAATATTATGTTGATAAATATATCATATATCTGTTTAATAAATCTGTTTTGTTTAAATGCACTAACATACACTACCTCTAGTCACTGAGAAATGAATAAATTTCATTTTGAAAATTGGGTGTCCTCAATTTTGCTGAGCACTGTATGTAGTTTAAATATACAACATTTTGAAGTGTATCATCATCTTTCATCAATGTTGTTTTAAAACTATTCTGCAACACATATTTTTGTCTTAGTTCCACTTCAAATGTTGACCGTATGCATGCATGCATGCATGCATGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATCATATATACATTTATTCATTCATTCATTTATTCATTTATTCATTCATTCATTCATTCATTTATTTTTTTTCGGCTTAGTTCCTTTATTATTCCGGGGTCCTCACAGCAGAATGAACCGACAACTTATCTAGCA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Seq C2 exon
GGTTTTGTTCACCAGCTCCGTTCTCAATCTAGCCGAGCTTGTAGCTCTTCGTCCTGATCTTGGCCATCTTAAGAAGGTTCTCTACTTCCATGAGAACCAGCTGGTCTATCCAGTCCGCAAAAGCCAAGAAAGAGATTTCCAATATGGCTACAACCAGATCCTCTCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020642:ENSDART00000024572:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120383=DUF3524=PU(35.3=98.3)
A:
NA
C2:
PF120383=DUF3524=FE(33.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]