HsaINT0073149 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000121964 | GTDC1
Description
glycosyltransferase like domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20887]
Coordinates
chr2:144145572-144208804:-
Coord C1 exon
chr2:144208603-144208804
Coord A exon
chr2:144145740-144208602
Coord C2 exon
chr2:144145572-144145739
Length
62863 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
CCAATTTTCTTGTTTCCTAGGAC
3' ss Score
9.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120383=DUF3524=PU(35.3=98.3)
A:
NA
C2:
PF120383=DUF3524=FE(33.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development