GgaINT0049501 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012424 | GTDC1
Description
NA
Coordinates
chr7:34820783-34849943:-
Coord C1 exon
chr7:34849733-34849943
Coord A exon
chr7:34820951-34849732
Coord C2 exon
chr7:34820783-34820950
Length
28782 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACC
5' ss Score
8.66
3' ss Seq
ACTGCTCTCCTTGTTTCCAGGAT
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCCAGACAGAGCTGAAGCAGTGGGAAGATGAGTGTTCTTCTCATTGAGGCTTTTTATGGCGGTTCCCACAAACAGCTGATGGATCTTCTTCAAGAAGAGCTGAAAGAAGAATGTGTCCTCTGTACTCTCCCTGCCAAGAAGTGGCATTGGAAAGCACGGACTGCTGCTCTTTATTTCATGCAAACGGTGCCAGCAAGTGCTAATTACAG
Seq A exon
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]