BtaINT0076615 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009987 | INTB3
Description
Bos taurus integrin, beta 3 (platelet glycoprotein IIIa, antigen CD61) (ITGB3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001206490]
Coordinates
chr19:46968837-46986904:+
Coord C1 exon
chr19:46968837-46968903
Coord A exon
chr19:46968904-46986818
Coord C2 exon
chr19:46986819-46986904
Length
17915 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
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Seq C2 exon
GGCCCAACATCTGTGCCACACGAGGTGTGAGCTCCTGCCAGCAATGTCTGGCTGTGAGTCCCACATGTGCCTGGTGCTCAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009987:ENSBTAT00000013173:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PU(4.0=58.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development