MmuINT0084120 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000020689 | Itgb3
Description
integrin beta 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96612]
Coordinates
chr11:104469314-104484810:+
Coord C1 exon
chr11:104469314-104469478
Coord A exon
chr11:104469479-104484724
Coord C2 exon
chr11:104484725-104484810
Length
15246 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TCCTTGCCTCTTTGTTGCAGAGT
3' ss Score
9.75
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCCTTCTTCCCTCCCCTCCGCAGGAAAAGCAGCTGCGGGTGCCAGGCTCGCCGTGGCGCGCGCGCGGCGTGAAGGGCGGCGGACAGGATGCGAGCGCAGTGGCCGGGACAACTCTGGGCCGCTCTGCTGGCGCTGGGGGCGCTGGCGGGCGTTGTTGTTGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGTCCAACATCTGTACCACACGAGGCGTGAACTCCTGCCAGCAGTGTCTGGCTGTGAGTCCTGTGTGTGCCTGGTGCTCAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000020689-Itgb3:NM_016780:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PU(4.0=58.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: