HsaINT0082845 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000259207 | ITGB3
Description
integrin subunit beta 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6156]
Coordinates
chr17:47253846-47274504:+
Coord C1 exon
chr17:47253846-47253940
Coord A exon
chr17:47253941-47274418
Coord C2 exon
chr17:47274419-47274504
Length
20478 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CCTTTGTCTGTCTGTTGCAGGGC
3' ss Score
12.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGGGAGGCGGACGAGATGCGAGCGCGGCCGCGGCCCCGGCCGCTCTGGGCGACTGTGCTGGCGCTGGGGGCGCTGGCGGGCGTTGGCGTAGGAG
Seq A exon
GTGAGTGAGGCTCCGGCTCGGCAGCGTCGCAGCTGCCCCAGGATCTGCGCCCCGGTCAAGTTGCGGACTTGGAGCCGGCAAACGCGGAGGGCTGGTCCCGCGCGTCTGCGCTGGGAATGCGCGTGTCCTGGCTGGCGCGGTCGGAGCCGGGAGCTGGGGACCTTCCTGGCCCGGCGGTGGCGGGGCTGAGAGGTGCCTGGTGCCTGGGAGCGGGTCCTCCGAGACGCCGAAGCCATCAGCCAGGCTGAGCGCCTTCCCGGCCGCCGCGGCGCGCACGGTGCGGTGGGCGCATCTCTGAGCCCCGCGCTCACCCGGGGCTGCGCGCGTCGCGGGTGGTCCTGGTCGGGCCAAGGACGACTGGCCCAGGAGCCAAGGCGAGGTGGGGCTTCCGGGGGTTGTTCCCGCGCCTTGGCAGAGGGATGCCGCTGTAGCTTCCTGGGTGAGAGCGTGCGCGCGCGCGGGTTTGCCAGTTTCCCCACATTTCCAATTTCTCCTGTTACGCTTTCTCCAGAAGGTTTTTTCTTTTCCTTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTACCTTCAACTTGGCTTCCTGCGGGGTTGTTTTGGAGCAGGATGAGGGCTTTGCCTCCTCCAGTGTCCCCAGGTGGCAGCGGTGCCTCTGCTCCCAGGGCAGACCCTGCACCCGAAAAATCTCTAGTGTATTCGGGGAGCCATGAAAAGGCTCCCTTGGGCCGGTGGGATCCTTGGCTTTGTCTCTGGCTGCTGCGCACACCGTCAGCCGTCAGGGCAATTGGCATTCGGCCTCTTTGGTACTGGGGACACAGGTGGAGGGATGGAGCGGGCACAGCCCGGGGTTGCTGCCCGTGGTCCTCTCTGAGTCCTTGGTGATTTTGCCTGGGCTGGAGAGAAACCCTGGCTCCTGGTCTGCTGGGGCCGCCTCTGCCTCAGAGGATGACACAAGAGTGCATGTAAGTATTTTTAATAAAAACTGTAGTACTCGTAAAACAATCTACACCCTGCAGAAGGGATTTGTTATTTTATTTTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGGGTTCTCGGCTCACTGCAACTTCTGCCTCCTGGGTTTAAGCGATTCTTCTGGCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGGCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGCGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAGCTCCTGGCCTCAAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGAATACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCAGGATTTATTTTAAAAAGGGAAGATTTGTTGATAAATTCACTTCAAAGATAAACTATTCGAAAATACTTTAGTGATTCCCGTCAAGACTCTTCTGTGTATGTATAGACGTATAACTCATTCTGGACAGGGCAAGGATATCTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGATGGACTCTCGCTGTCGCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCGCGATTTCAGCTCACTGCAACCTCCGCTTCCCGGGTTCAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGCACCACCACGCCCTACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCCCCATGTTGGCCAGGATGATCTCGATCTCTTGACCCCGTGATCAGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGCCAAGGGTATCTTGAAGGAGGGATTACAGTTGATATGTAGAGGAATATTGCAGTGGTTATTGCTGCATTTCCTATGTGACTGGGACTAAAACAGATCAGCTGATAGTGTTAGCGTGCAGTGAGCAGTCTGATGACTATGACACAGAAATAAGAATCTCCAGCATTCTGCCCTGGGACATGTGGAGCCTTGGGTCAGATGCTGCTGGCTATTGATGCCGGGAATGGAGAAATCCACCAGGGCAACTCAGTAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATACATAATTAAAAAAAGGGTATCCTTGTCCTGTCCAGGATGAGATGCTTGCTTCCATGCACTTACGACAATTTTTGCTGTCATTAAAAAATTTTCACATTCACAGTCTTCTAAATTCACTTTGGAGTGTATTGGATTCCACTGCATTGACATACGTAAGTTTGCATTAAAAGATCCTTTAAGATATCTGGTCAGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGTGGAGGTAGAAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGACCTAATCTCTACTAAAAATTAAAAAAAAATCCTTAGGCGATCTGTTCACAGATTAATCTTGTGATTGGGGCGATTCCAGAAGTGGTAATGGGTTGTGCTGAGCTAGCCCCACACTCTCTCTGAGAAGCAGTGTACAGTAGTGTTTAAGGGCAGGGGCTCTAAAGTCAGACTTCCAGAGTAATACCCCCCCCCCCAACCTCACAAATCAGTTTCTACTATATTTATATCTGCCATCCCAGTGTTGGTGGTAGGGTCTTCAGATCCCTGGGGAAGCAGATGGTGGGATGAGAGTAGGAGAGTTGTGTTGGGACTCCAAGTGTTGAAGGGGCACAGAAAGAGCTGAGTGGCACAGAGAGGTTGTCCCAGAGTAGCGGAGTCTGCTTTGGGGAGAAGAGAGATTGACTGAGGATAGCATCAAGTTTTTCATTTTATGTACAAAGATGATCTTTTTAGCTTCACCCAGGAAGTATGGGTTTTGTGTCTTCCTCGTGTTTAGGTTTTTATTCTGACCTAATTAGGTCTAAGCTGAGGTGCTTATTTCTCTTCTGGAGTTTATATCCTAGAAGCTCTCCAATCGAAGCCCTCTGCAGGTATCCTCAGGTCCTGGAGAAACACAGCAGGAAGGCTTGTTGGCTTCGGAAAGGGAGGGCTATGGTTTAAAGCCAGTAAGATGTGGGTTTGATTCTTGACTTTGTCTCCTGTAGGCTGTGTGGCCTTAAATAAGTTACCTAATCTCTTGAGTCCTCAGTTTCCTCATTTGTAAGGCAGAGGAAACAATGCCTATGATTATGCTGATTAAATGAAACAGAGGCACAAAATAAGTGTTTAATGAATGACAACTACTATTGTCATTATTCTTCCTATCCATGCTATCTGCCATGTATTGGAGGCAAAAGCTGTTACTACTTCATGCATATGCGCTATGCAGGCTTCCAGAATGAAACTGATGGGGTCCCTTTCCCCCACATATGTGAGAGGGGGTCCCTCTTATTTCAACTCGTTCCTCATTGCTGGTTTGGCATATCTCAGCTACTCTAACCCGGCAAGAATCCACAGAAGAAGCCAAGAAGGAAAAAGGCTTATACATTTGCTTTACCCATAAGAAAACCTCAAGCCCTGTATCTGAAAAAAGAGGAAGATAAAAGGATCTATAAGACTTCAAGTTCCATGAGAAGAGGGACATGTCTATTTTGTTCAATACTCTATGCCCACTGCCTGGCACATAGGCAGCAAAACAAATATCTGTGGAATGCTATGTAAAGGCATCTATAGATGATGTGCCTCCCTTTAAGAAACCCAATATTTGAATATTTGCACTCATTCATACAAGATCCTCAAGTGCTCCGTTTGGATAATCTGGAGGGTATGAAAACATAGCCAAGATCATGAATTCTTTGGGCATTTGGGCCGCTGCACTGTTGCACCATTTAGACCTGTGATCTGAGAGTGTGAAAAACTCAAGGGATCCTCTGTAAAGTGTCTGCCTTTTTTTCCCTCCTGGGAGGAGCCGTTAGAAGGGCAACATTCTCCTTTCTCCCCCTTGGACGTGTGGGTGTTGGGGCAAGGGTGAGGAGTGACAGAGGTCTCCTGGGAAGACCATAAGATGGGGCAAGCACACCACAGTGAGGAGGGGGAGTCTGGCTATGACTTTAGAATTTCCTGATCGAAATTTCTCCTCTAAAGCTCCCCACCCTACTTGGGATCTGAGGTTATCATCCCCTCCCAGTCCCAAGAACCCTTCTTCCCTTGTTGGCAGAAATCTCCAGGAAGCATGCCCACAGGAACCACAACTCATGAATCAGAAGACAGATAATTAACCGAGGGAGTGACTGAGCAGCTTCAGGGATGAACCGCTTCGTTTTACCCAGCCCTCTCTGCTGCCCACAGAGTGGGCTGCTCCACCCCATCGCCTCTGCTCCCTCTTCCTGAACCTTGGCCCTTCCTGAGTGGGACCTTCATTGTGCCTGATGGAGCTCAGGCCACTAGTGGAAATGAAGGTGGGAGCAGGGAAATGACTCTGTTTAGGGGAACTGCCTATTCCCCGTGTGGGAACTGCTGGCATTTATTGAAACGTGAGACTCTCCAGCAAAAAAGTGATAGCATCTGCCTTTCTGTCCACACACACAGTCTCACCAAAAACACTCTTTTTTTTTTTTTGTTAGATAATTCAGGTATAATTTATGTACAGTAAAATTCACCCTTTTTAGTGCATACAGTTCTATGAATTTTGACAAATGCATATAGTCAAGTAACCATTGCCATCATCAAGATACAGAATTTTTCCATCATCCCCTAAAATTCCCCCAAGCTCTTTTTTTCCCTTCTTTTTCTTTCTAGAGGCAGGGTCTCACCATATTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGAGCTCAGGCAATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCTACTGTGCCAGGTGCCCCCCCAGCTCTTTTGTAATCGATACCCTACCCTCAACCCTCGTCGGTTGCAACTGCTGATCTATTTCCTGTCCCTGCAGTTCTATGTTTTACAAAATGTCATATAAATGAAAGCATGCAGTGTATAGACTTTCAGTCTGGCTTCTTTCACTTAGCACAATACATTTGGGGTTAATCTATGATGCTGCATCTATCAG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Seq C2 exon
GGCCCAACATCTGTACCACGCGAGGTGTGAGCTCCTGCCAGCAGTGCCTGGCTGTGAGCCCCATGTGTGCCTGGTGCTCTGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000259207:ENST00000559488:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.111 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PU(4.0=58.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development