HsaINT0082845 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000056345 | ITGB3
Description
NA
Coordinates
chr17:45331208-45351870:+
Coord C1 exon
chr17:45331208-45331306
Coord A exon
chr17:45331307-45351784
Coord C2 exon
chr17:45351785-45351870
Length
20478 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CCTTTGTCTGTCTGTTGCAGGGC
3' ss Score
12.26
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCGCGGGAGGCGGACGAGATGCGAGCGCGGCCGCGGCCCCGGCCGCTCTGGGCGACTGTGCTGGCGCTGGGGGCGCTGGCGGGCGTTGGCGTAGGAG
Seq A exon
GTGAGTGAGGCTCCGGCTCGGCAGCGTCGCAGCTGCCCCAGGATCTGCGCCCCGGTCAAGTTGCGGACTTGGAGCCGGCAAACGCGGAGGGCTGGTCCCGCGCGTCTGCGCTGGGAATGCGCGTGTCCTGGCTGGCGCGGTCGGAGCCGGGAGCTGGGGACCTTCCTGGCCCGGCGGTGGCGGGGCTGAGAGGTGCCTGGTGCCTGGGAGCGGGTCCTCCGAGACGCCGAAGCCATCAGCCAGGCTGAGCGCCTTCCCGGCCGCCGCGGCGCGCACGGTGCGGTGGGCGCATCTCTGAGCCCCGCGCTCACCCGGGGCTGCGCGCGTCGCGGGTGGTCCTGGTCGGGCCAAGGACGACTGGCCCAGGAGCCAAGGCGAGGTGGGGCTTCCGGGGGTTGTTCCCGCGCCTTGGCAGAGGGATGCCGCTGTAGCTTCCTGGGTGAGAGCGTGCGCGCGCGCGGGTTTGCCAGTTTCCCCACATTTCCAATTTCTCCTGTTACGCTTTCTCCAGAAGGTTTTTTCTTTTCCTTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTACCTTCAACTTGGCTTCCTGCGGGGTTGTTTTGGAGCAGGATGAGGGCTTTGCCTCCTCCAGTGTCCCCAGGTGGCAGCGGTGCCTCTGCTCCCAGGGCAGACCCTGCACCCGAAAAATCTCTAGTGTATTCGGGGAGCCATGAAAAGGCTCCCTTGGGCCGGTGGGATCCTTGGCTTTGTCTCTGGCTGCTGCGCACACCGTCAGCCGTCAGGGCAATTGGCATTCGGCCTCTTTGGTACTGGGGACACAGGTGGAGGGATGGAGCGGGCACAGCCCGGGGTTGCTGCCCGTGGTCCTCTCTGAGTCCTTGGTGATTTTGCCTGGGCTGGAGAGAAACCCTGGCTCCTGGTCTGCTGGGGCCGCCTCTGCCTCAGAGGATGACACAAGAGTGCATGTAAGTATTTTTAATAAAAACTGTAGTACTCGTAAAACAATCTACACCCTGCAGAAGGGATTTGTTATTTTATTTTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGGGTTCTCGGCTCACTGCAACTTCTGCCTCCTGGGTTTAAGCGATTCTTCTGGCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGGCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGCGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAGCTCCTGGCCTCAAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGAATACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCAGGATTTATTTTAAAAAGGGAAGATTTGTTGATAAATTCACTTCAAAGATAAACTATTCGAAAATACTTTAGTGATTCCCGTCAAGACTCTTCTGTGTATGTATAGACGTATAACTCATTCTGGACAGGGCAAGGATATCTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGATGGACTCTCGCTGTCGCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCGCGATTTCAGCTCACTGCAACCTCCGCTTCCCGGGTTCAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGCACCACCACGCCCTACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCCCCATGTTGGCCAGGATGATCTCGATCTCTTGACCCCGTGATCAGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGCCAAGGGTATCTTGAAGGAGGGATTACAGTTGATATGTAGAGGAATATTGCAGTGGTTATTGCTGCATTTCCTATGTGACTGGGACTAAAACAGATCAGCTGATAGTGTTAGCGTGCAGTGAGCAGTCTGATGACTATGACACAGAAATAAGAATCTCCAGCATTCTGCCCTGGGACATGTGGAGCCTTGGGTCAGATGCTGCTGGCTATTGATGCCGGGAATGGAGAAATCCACCAGGGCAACTCAGTAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATACATAATTAAAAAAAGGGTATCCTTGTCCTGTCCAGGATGAGATGCTTGCTTCCATGCACTTACGACAATTTTTGCTGTCATTAAAAAATTTTCACATTCACAGTCTTCTAAATTCACTTTGGAGTGTATTGGATTCCACTGCATTGACATACGTAAGTTTGCATTAAAAGATCCTTTAAGATATCTGGTCAGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGTGGAGGTAGAAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGACCTAATCTCTACTAAAAATTAAAAAAAAATCCTTAGGCGATCTGTTCACAGATTAATCTTGTGATTGGGGCGATTCCAGAAGTGGTAATGGGTTGTGCTGAGCTAGCCCCACACTCTCTCTGAGAAGCAGTGTACAGTAGTGTTTAAGGGCAGGGGCTCTAAAGTCAGACTTCCAGAGTAATACCCCCCCCCCCAACCTCACAAATCAGTTTCTACTATATTTATATCTGCCATCCCAGTGTTGGTGGTAGGGTCTTCAGATCCCTGGGGAAGCAGATGGTGGGATGAGAGTAGGAGAGTTGTGTTGGGACTCCAAGTGTTGAAGGGGCACAGAAAGAGCTGAGTGGCACAGAGAGGTTGTCCCAGAGTAGCGGAGTCTGCTTTGGGGAGAAGAGAGATTGACTGAGGATAGCATCAAGTTTTTCATTTTATGTACAAAGATGATCTTTTTAGCTTCACCCAGGAAGTATGGGTTTTGTGTCTTCCTCGTGTTTAGGTTTTTATTCTGACCTAATTAGGTCTAAGCTGAGGTGCTTATTTCTCTTCTGGAGTTTATATCCTAGAAGCTCTCCAATCGAAGCCCTCTGCAGGTATCCTCAGGTCCTGGAGAAACACAGCAGGAAGGCTTGTTGGCTTCGGAAAGGGAGGGCTATGGTTTAAAGCCAGTAAGATGTGGGTTTGATTCTTGACTTTGTCTCCTGTAGGCTGTGTGGCCTTAAATAAGTTACCTAATCTCTTGAGTCCTCAGTTTCCTCATTTGTAAGGCAGAGGAAACAATGCCTATGATTATGCTGATTAAATGAAACAGAGGCACAAAATAAGTGTTTAATGAATGACAACTACTATTGTCATTATTCTTCCTATCCATGCTATCTGCCATGTATTGGAGGCAAAAGCTGTTACTACTTCATGCATATGCGCTATGCAGGCTTCCAGAATGAAACTGATGGGGTCCCTTTCCCCCACATATGTGAGAGGGGGTCCCTCTTATTTCAACTCGTTCCTCATTGCTGGTTTGGCATATCTCAGCTACTCTAACCCGGCAAGAATCCACAGAAGAAGCCAAGAAGGAAAAAGGCTTATACATTTGCTTTACCCATAAGAAAACCTCAAGCCCTGTATCTGAAAAAAGAGGAAGATAAAAGGATCTATAAGACTTCAAGTTCCATGAGAAGAGGGACATGTCTATTTTGTTCAATACTCTATGCCCACTGCCTGGCACATAGGCAGCAAAACAAATATCTGTGGAATGCTATGTAAAGGCATCTATAGATGATGTGCCTCCCTTTAAGAAACCCAATATTTGAATATTTGCACTCATTCATACAAGATCCTCAAGTGCTCCGTTTGGATAATCTGGAGGGTATGAAAACATAGCCAAGATCATGAATTCTTTGGGCATTTGGGCCGCTGCACTGTTGCACCATTTAGACCTGTGATCTGAGAGTGTGAAAAACTCAAGGGATCCTCTGTAAAGTGTCTGCCTTTTTTTCCCTCCTGGGAGGAGCCGTTAGAAGGGCAACATTCTCCTTTCTCCCCCTTGGACGTGTGGGTGTTGGGGCAAGGGTGAGGAGTGACAGAGGTCTCCTGGGAAGACCATAAGATGGGGCAAGCACACCACAGTGAGGAGGGGGAGTCTGGCTATGACTTTAGAATTTCCTGATCGAAATTTCTCCTCTAAAGCTCCCCACCCTACTTGGGATCTGAGGTTATCATCCCCTCCCAGTCCCAAGAACCCTTCTTCCCTTGTTGGCAGAAATCTCCAGGAAGCATGCCCACAGGAACCACAACTCATGAATCAGAAGACAGATAATTAACCGAGGGAGTGACTGAGCAGCTTCAGGGATGAACCGCTTCGTTTTACCCAGCCCTCTCTGCTGCCCACAGAGTGGGCTGCTCCACCCCATCGCCTCTGCTCCCTCTTCCTGAACCTTGGCCCTTCCTGAGTGGGACCTTCATTGTGCCTGATGGAGCTCAGGCCACTAGTGGAAATGAAGGTGGGAGCAGGGAAATGACTCTGTTTAGGGGAACTGCCTATTCCCCGTGTGGGAACTGCTGGCATTTATTGAAACGTGAGACTCTCCAGCAAAAAAGTGATAGCATCTGCCTTTCTGTCCACACACACAGTCTCACCAAAAACACTCTTTTTTTTTTTTTGTTAGATAATTCAGGTATAATTTATGTACAGTAAAATTCACCCTTTTTAGTGCATACAGTTCTATGAATTTTGACAAATGCATATAGTCAAGTAACCATTGCCATCATCAAGATACAGAATTTTTCCATCATCCCCTAAAATTCCCCCAAGCTCTTTTTTTCCCTTCTTTTTCTTTCTAGAGGCAGGGTCTCACCATATTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGAGCTCAGGCAATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCTACTGTGCCAGGTGCCCCCCCAGCTCTTTTGTAATCGATACCCTACCCTCAACCCTCGTCGGTTGCAACTGCTGATCTATTTCCTGTCCCTGCAGTTCTATGTTTTACAAAATGTCATATAAATGAAAGCATGCAGTGTATAGACTTTCAGTCTGGCTTCTTTCACTTAGCACAATACATTTGGGGTTAATCTATGATGCTGCATCTATCAG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Seq C2 exon
GGCCCAACATCTGTACCACGCGAGGTGTGAGCTCCTGCCAGCAGTGCCTGGCTGTGAGCCCCATGTGTGCCTGGTGCTCTGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056345-ITGB3:NM_000212:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.111 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)