BtaINT0078133 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015910 | ITGB1
Description
Bos taurus integrin, beta 1 (fibronectin receptor, beta polypeptide, antigen CD29 includes MDF2, MSK12) (ITGB1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174368]
Coordinates
chr13:20286402-20292114:+
Coord C1 exon
chr13:20286402-20286482
Coord A exon
chr13:20286483-20290916
Coord C2 exon
chr13:20290917-20292114
Length
4434 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTTCGT
5' ss Score
-4.59
3' ss Seq
TTTTCTTTTTTCTTTCTTAGGGT
3' ss Score
13.14
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAGAAAATCCGATTTACAAGAGTCCTATTAATAATTTCAAGAACCCAAACTATGGACGTAAAGCTGGTCTCTAAATTGCC
Seq A exon
GTTCGTATTTTCTTCATTTTCTGTCTTGGCATGTCTTTACTGCACTGCGTGTCTTTTATCACTATTGTTTTTTTTTTCCGTCCAAAGTCTGGCTTTATTTATATGGCTATACTATGGCTTTTCTTTCTGTGTGTTAATAGTAGTATTTAGAAGGGCTTTGGCTTAAGCTTTATGGTATAGAAGCAGCAACTGTGTTGTAGTGAAAAGAACGTGTGTTGTGATCAGACTGACCTGGGTCGAGTCCCAGCTCTTCTGCTTAGGTAGAATGGCACTGGGTCACTGCACTTCCCAGAGCTTTAACAGGGAGTCAGTAACTACACTGTGTTGTTTTTGGCTAATGACTACAGTATTTTATAGCAGCCTGTCAGTTATAATCCTCACTCGAGTCCTTTGCTTTAGGTGATATTATCATCCTTATATGATAACATCCTTATATATAATATCCTTTATTTAACAAATTATTATTTGTAAGTTTTAGAGTGAAAGTGAACATGAAAATTAAATTTCATGTAGAGAAAAACCCTACTAGAGTTTTAAATAAAAACTTTGCTGAAAATTTCATAGTGGTAATAAAGCTTGGTTCACCTGTTCTCTAAGGTAAGGGAAAGTTATTTTGGTGAGTGTATGCTCTACCTGGGTGACAAATGTATCATTTCCTCTTTTATCAACACTGGACAGGCTTTTTCCTTATAACTGAATTTTCATGAAATGTTTCTAGCATGTTTTAATAAAATTATGTAAGCCCCTAATACTCTGATAAAAAGGTTGTGATTAGAACCAATTCTCCTGACTGGTGATCCTGAACTCCTTCCTTTCCTTTATTCTTATTTCACATATGAGAAGACTGAGGCACAGAAGAGTTCGGTAACTTGACCAAGTTCACAAAACTAGTTAGTGGAAAAGCTGAGATTCAAACCCAGGCCACTGGGCTCCAGGGTCTGGGTTCTTAACCACTGCATTGAACTGGTAGCAATCAACATGTCTTCAGCAGACACTGTTACCTGGTTAGGAGGAGGGAGATCACTATAGGAAATGACAGTCTTTGCTATTTCTAGTAACTTAAGAATGTTAGTGTTACTGTGACACTACTGGATGGGGAAATCACTGTTATACCCAGAAACCCATCAATGCAGATTTGTTTGTTTACTGTGATGAATGAGAGTATACTTACAACAACATGGTAAGATTTTAAAGTATAGAAATGTTTCTTATTTTTAAGAGATACAGGGAGTACTGATAACATTAGAAACTATTATGTGTCCAATTAAGCAGATCTTAAGAATTTTGAAATGGCAAAGTTAAATTTGATGGCAGAAAATTATTGTCAGATCCATCTTGAGTAAGACTTCCCTGTAGCTCAAATGGTAAAGAATCTGCCTGCCATGCAGGAAACCTGGGTTGGGAAGTTCCTCTGGAGAAGGGAATGGCAATCCACTCTAGTATTCTTGCCTGGAGAATTCCATGGACAGAGAAGCCTGGTGGGCTACAGTCCGTGGGGTCACAAACAGTTGGACACGACTGAGCGACTAACATACACATACACCATCTTGCGTGGTCTGGTACATTTTCTTAGTAGTATGAGACTTAATATTCTTTTCTTCCTCAGAGCTTTACAGAATGAATGTCATTTTTAGAAGGAAACTAATTTGCTAGTTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTCCTTTCCAATTTCTGTCATAATCAGATATTGACATTTTATATGGATACTTAACATGAAAAAATTTCTGTATCTCCTATTGAAAGGTGAAATTTTTACCTTGCTATATGTTAAATTGTGTTTTGAAGGAAATTATCAGTAACAGTGAAACTTCATGTTTTTATTGTTAAGTCAATTTTTGGTACACTGTTACTTCGGCCAAAATAACCATTTTGGATAATTCAAGGTGTGAAAGTTTTGTGAAAATTTTTTTATTCGTTAGTGAAATTCAGGAAAATTAATGGGTACTGGTTATTCTGAGATGTTTTCTCAAGAAAAACTAAAGTAGAAATAAACAGTAGATATTAATGAATGAGCATTAAGAAATTAAATCATGGCTTACAAAGCACTTTTCCAGTATGGGACCAAGGTTGCTGGTCAGTTATGTCATTAACATATTTCAGATAAATAGGCAGGCAGTCCTCAGCACATGAGACTATTCATGTAGGTACATTTAAAAAAAATCAAATCATCAACTCTGTTAAAGCTGTTCATATATAAACACATTAAATGTGGGCTGCTAATCTCCCACAGTGGTGCACTGCATTTCTAATATGCAACAGAAATGATGCTGTAACCACATCAGGCCTTCCAGAGTAAGCACGGACGACATTTACTGAGAACAGAGGACTTCCCTGCTGAATGTAACCCTGTTCCTCTTGATTTAAACAGGCTTTGCTTTTTGTTGGGATGGGGAAGGGTTGCACTCTGAACGATGGGAACTAATATGCATTATTTTAGCTTAACCTCCATTTAAGATGATGCCCAACGCAGATGGTTTAATCTCTTACCTCTAACCTTGCATGTTAAAATTTTGTTTGGATGGACTTTGAAATAATAATATATATGAAATAATAAATAGAAATGTGTACATGAAAAGGCAGTGTTTTCTCCAAAGGTAAGTTCTGCCATGTAAATTGTACTTTGGTTTCATCTGTGTAACTTAGGCTTTTTTTTTTCTTCTCCATGTTTTATTACCTCTCTTACAGTTTTTAAGTATTAAATATTAGATTTATCTAATGCATTAAAGAAACTTAATGATAATTTTTTTCCTAGCATATTTGAAAAAAAATGGGAGTTCTAGCCTTGCATGATAGGAAGGTGGAAATAGACTCACTTATTTGTACTTGATTACTCATTAGGAATGTAGTTGCTAGGATCCATACTCCAGTCTCCATTATGAAATGTCTGTTACAATACCATTGGGGATCCAGTTGGGACGAGAGCTCAGAATTTGATATCTGATGTGATTTTTGTCATCCAGATTATATAATGTTTATCTCTGAGGGATCCTGAGTTCTTCTGTGTTTCAGAAATGACCAGGCAGGTTGTGCTTTGTAGGGCGGAGTGAAGGCACAGTGTCAGGTTCCAGACTAACTGCTGAACTGAAGTCAGAGTGGTTTATTTGGTGTTTCTCAAGACACAGCCTTTATATGTTTTACTTTCCCTCAATGAATTCTTAGTCTTTTTAAAGATGGCATTGTCTGCTTTCTCTTTCCCACTCAAGACATACATATGTACCCTTAAAAACTTCTCAACCATATAGATTTCTGACTCTGCATGTGTATATGCTTCTATAGACCTTTCCGTGTTTTATCTGTAGTCAATTTCATTTTGACAATATCGTTAATCTCAGTCAATCCCTTTTCTCTTATGCTGTTCCCATTTTATGTATGTAATTCTCTTGTGTACTGTTTCAGAGTTCTTTATCTTCATGTTTGTCATCCACCAAACTATACCCTTCTAGGAGGAAGAAATTGGGGCAATGAAAGCGATATCCAAATGTAACCTGAAGTAAAGTGTGGATAAAATTTAAAAGCAGAAATTACCCTTTAGGTGCTTTCTATAAATATTTTAAAAATAACCTCAAATGGTTCTATAGTAAAATACGAAACTAAATAGCATTTAAAAATCTTAAAACATTTATTTGATTTGTACTCACTTATTTCCTCTGAGATAGGAATGTTTGCCTGTATTTCTCATTTGACTTTCAAGCCTATCTTCAGTTTTAAAGAATAGAAAAAGAATGCTATAGAAGATATTAAAATGTATAATATAGAATGAGAATTTTTTAAGAAAATTACATGTTTTAAAACATCACTGTCAGTGAAGTTTGACTCTTGAAAGATCTCTCATGTTTATGGCTTGGAATCATTTAACTCTTCAGTAAAATATAGTGTCAAAGATAAAATGTTTCTTCAGCATATAGAAGAATAGCAGCTATTTCATGAAGAATAGTAATGATTTTTGTCTAAGCACATTTGGCACTGTGCCCACTTGTGACAGTCTTCCTCAGCATCTCTGCACCCTGAGTGGCAAAGCCTCAGAAGAGCACCTCCCTCACAGACAAGAAAGCCAAGCACTCTCTTCATTATCAAGCACCTTTGTGCACAATAAGGATTAAGAATCAGGCAGTTGATGGCAGAAGAGTTTGTTAAAAACTAGTTTCAAGACAGTATTCAGAACTAGTTTAAAAAAGAGAAGCCGTTGACAGCAGATCACTAGTGGAGGAAGGACTTTTCAGAAAGGAAAAGTGCCTTTTCAGGGGCAACTTTAGCCTTGTGGGGCAAAGCTTTCATTTTTCATTTTTTGTAAGCTTTTGATATCTGGACAGATCAAATGGAAATGACTTAAGAAAATGGTCTTTAATTTTAATATTGTTTTTTGAAGTTAGAATGACTTTAGTAGAGTAACTGATAATTTTTTTCTTTTTTCTTTCTTAG
Seq C2 exon
GGTGAAAATCCTATTTACAAGAGTGCTGTGACAACTGTTGTTAATCCGAAGTACGAGGGGAAATGAGCACTGCCTGTGTGTACCCACAGCACTGCAGGCAAAGTAGTAATTCCACAGTCACAGTAAGAGAGCTTCAGGGCAGTGTCACCATGGTTCTCTCATGGGCAGGTTCTGAAAATGTACAATATGTATAATTTGAAATTTTTTTTATTATTTTGAAAATAATGTTATAACCAATGCCAGGGACTGACAAAAGACTTGAGACAGGATGGTTATCCTTGTCATCTAAGGTCACAATGTGCCTTTTTGACCTTTTCTCCTGGACTAGTGAAATCCAGCTCTTACTGGATTAAGCAGTATTTCTAGAGTGATTGAAAGGCAGTAGTTAACGAGGATGATATAAGATTTTCTGTTAAGTGTTAAACTGATTTCTAGCTTTGCAGACATGTCATTTTTCAGTTATACAGAATCCAAAGTAATGTCCTTCTAGCTAGTTTAGAATCGTTTTAATGTATTATTTTGCTATTTGCCTGTTAGATATGACTGATGACATACCTGAAAGATGAGTATGCTAGGAGTTACAGGTGTAAAATAGTGAAATATTTGATCTGCAAAGGCCATGGGGAAAGTCAGAGCTAGGAAGGGAAAACATAGCTTTAAAACCTGTGTGCCATTTTAAGAGTTACTTAATTTTGGTAACTTTTATGCCTTCTCTTTGTAAATTCAAGTCTTGGGAAATTTTCTGCAAAAAGTCCTTGATTTAGCATTATCTACATAAAGGCCTTAATTTACATAGTATTTGCTAAATTGAGGACCTCCGGGTGAATTTTATTTTATTCATTTTCTTTTTAAAGCCTGGTGCTTTTTATCACCTCTTCTAATGTATTTGTTTGCAATTTGGGGTAAGACTTTTAAAAAATCAGTACTTTTTCATCGATGTTTTAGCTGTACATTTGCCTTTTTATTGAACACGTGAAGTTGTACTGTGGCTCATGCAATAGCTATCACTTAAGCATTTCTTACTTTCCATTAGTGCTATAACAGACCACTGTATATTTACTTCTCACTGAGTTTCCTGTTTTGTTTCATACTATTCACCTTCTTATTTTAAGTGCCTTTTAATTTTAACAGTTCACTTTTTACAATGCTGTTTTAGTGAAGTTATTTATTAAATAAAGATGCTTAAAATATTTAAATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015910:ENSBTAT00000056716:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF087256=Integrin_b_cyt=PD(42.6=80.0)
A:
NA
C2:
PF087256=Integrin_b_cyt=PD(42.6=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development