RnoINT0076306 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010966 | Itgb1
Description
integrin subunit beta 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2927]
Coordinates
chr19:61718265-61725535:+
Coord C1 exon
chr19:61718265-61718431
Coord A exon
chr19:61718432-61724378
Coord C2 exon
chr19:61724379-61725535
Length
5947 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
GTAATTTGTGTTTGTTTTAGGGT
3' ss Score
10.78
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGTCCTACTGGTCCCGACATCATCCCAATTGTAGCAGGCGTGGTTGCCGGAATTGTTCTTATTGGCCTTGCCTTGCTGCTGATTTGGAAACTTTTAATGATAATTCATGACAGAAGGGAATTTGCTAAATTTGAAAAGGAGAAAATGAATGCCAAGTGGGACACG
Seq A exon
GTAAGTTATGAAACATCTATGAGAAGTAGGTTGGTTCCTGAAGTAAGTGTAACTTACTAATGGTGAGGCTGACCTTTAAAGTCCTCTTTAAATATTTTATTTCACCCAAAGTTCAAAATTCAAAGAAATTGCATTTGCTGAAAACCAGAAGCCTCCTATTCAATTAATAATTTAGGAGAATATGATATTTTGTGTATGTAGTGGCCAATATGTTTTAGTTCTTTAGTAGGTCAGATTCTAACTATTCTCAGCTCATTTGTCTGATATAAAATAGAATCTTAAATGACTTCACCAACATCTCAGGCCACACTGTAGAAAACTCCTCTTCCCCTCCATACATTCATTATGATTCTCTTCATATGATTTCTGGGATACACAACCAAACCAGTATTTCTAAGACTAGCATGAGGGGAGGGCTGACCAGAAGATGGGGTTACAACGGGCCTTCTTAGATGAGGTCTAGGTGTGTTTGTGCATTTGGAAATACTCAGCCTGAACTTTCTTCAGATTGCATTTCTGTAAAATCTTGCTTAATAGAAACACAGGCTTTGACTGATATGTGCTGATAACTGGTTTCAGAATAGAATTGTGTGATTGGATAAATGTTGGCCCTTTAGATTCACATTTTGACACAACAGGGTTTTTTTTTTTTTAATTTAGACATTTTAGAAGTATAGAAATAGAATTCCAGTTTATGTCAATACATATCAATTTTCTTTCTGAAGAAATCACTAGAAACTATTTCTTTCACTTTAGCAAGAAAATCCGATTTACAAGAGTCCTATTAATAATTTCAAGAATCCAAACTATGGACGTAAAGCTGGTCTCTGAGTTTCCGTTCGTATTTCTTTTCACTCTCTATCCTTGCATGTGAATTTCTGTCTGTCTCTCCCTTTTTTTTTTTTTTTTCTGCACCATGTGTGTGTCTCAGCACTACTGCTATTTTTGTTTGGCTTTATTTTATTTTATGGCTATGGGTGGCTTGTCTCATATGTTAACTTAGTGCTTGGAAGGACTTTACCAAATAATAAGGTATAGAGGCTGCCCCTGTGTTGGAGAGAAAGCAATGCTTTGCAGCCAGGCAAGACCTGCTTAAGGAAGTAGAGCAGCCCAGAGCTCTGTTACCTCCCTGAGGCTCCTCTCAAGTCTGCGGCAGGGAGGGTGTTAACTGACGCTGGGCTGCAGTGTACTATCGATCTCCGATGCAGTCCTGTTCCAGAAGGTCATGGCAGATGCTGAATTACTTCCTGAATTGAATAGTGAAACTGTTCACAGTTACAATTCATTTTACCCATTCTAGGAAGATTCTGAGACTTTTTTTGTTCTTGATTATGTGGAAATTCCACTGAGAAGCAGAATACCACCGAGTGTTTCTTTTTAGTTATTACATGGTTCTGACTTTCAAGTTTAAAACTGAAATTTTTGTTGCTTATTTTTATTTTATTATTATCATTTTTTTCTTGAGAGAAGTATTTAATATTTAGCCCTGGCTATCTTTGATCTTGCTGTGTAGACCAGGCTAGCCTTGAACTCACATAGATTTACCTGTTTTTGCCTCTCTTAAAACTTCCATAAAAAAGGCTGATTACATTTAGAACCAAATTATTTTCTTGTGGATTGGAAGAGCCCAGGAGAATTCATGTTTTGTTGTTTCCACTTTCTGTCAACAGAGACAGTGTTGGCAATAGCTATAGGGTTCCCCGTGCTTTAGGAATGGTTCTCAATTCCTTATATTTTTTGTTACTTGTGAGAATAGTGGGGGTTATCTTTATTCTTGTTTTATAGAAGAGAAGACTGAGGCAGAGAAACCAAGTTCACACAGCTAGTCAGTGAAATGATATTTATGTCCCTATCCTCTGCCCTGCACCCATTAGCAATCACATTCTTTAGGAAACAGTTAACCTGGTCAGGAAGAAATAGAACACTTTACAGAGCTGCCCATTTTGACAGCTGTGTTATGATTTGGGGTAATGTAATGAGAATCTCTTACACACTGTGTGACAGCATCACCTGTCACTAAAAAGCCATGGACCTAATAGCTGAGGCAGGAAATATAGAAGGTAGGACATCCAGCAGAGAGGATTCTGGGAAAGAGTCAAGAGCAGGAGATTTACCCTGAAGTCAGATGGATGAAACTGAGAGAAACCAGACATGTAGCTGAATTCAGGTTAGAATAAATGGGTTATGTAAGTTATGAGCTAATTGGGAAACAAACCCATGCTTATGGTTTTATTCATAAATTATTAAGTCTCATGGTCATAATTCTGGGAGCACCTAGGGAGAAAAGCTCATGCTACTCTGTTGGACAAACATAATAGGAGAATCACTTTCCTACTACATAGAACTCAGCACAGCTGTTACGATTACTTTTATTCTGTTATTGAACTTGGAAAGCAAAATTGAAGGGCTTCAGGATGTATAATCACTTAATCTGTGAATCAGTCAGTTAAAAAAATAAGATTTTCAGAAAACCCTAAATAAGAGGATGTTTTATATTTTTAAGGAACATAGGAAGTAACAGCAATACTAGAAATCATGATATTCTGTATCTCTTTTCCTGCTAAGAAGCTTTTATTCAAGGCTAGTTTGTTGGTAGAAAGTTATTGTTAAACTCTTGTGTGTGTGTAACTTGATACATTCTTTCACTCTCACCTGATACTTTACAGAACTTAATTTTTATAGAAAAACTGAATAGCCAGTGAAATTAGTGGGGTTTTATTTATTTTCTTTGTGGACACAATCAGGTATTAACCATTTCATGTAGTTACTTTCCACAGAAGACTTTTCCTGAGATAAGTTATTTGCCCTTCCCGTACATTTAATGGCACTTTGAGTAGTATTAATCAATAGTTACTATTTATATTTAATGTTTATATTCTTGATTTAATTTCTGGCTATCATACACCTTCTTCAGCTAGAATAAGCATTTCATACAATTAAAAAAGCAAGGGTTTCTTAAAATTTATTTATATATTACTGAAATCTAAGAAATTTTATGGCTATAGATTATTCCAGGATGTTTTCTTAATGAATATGAACAGTAAAAATTAATGAGGGCAAAACTATCAGAAAAAAATCACATAAAAACATTTTTTGTGATATGGGACCAAGGGTTCTCACCAATTAATTACACCATTAGCATGCACCGTAATTATGTAAGCATGTAAGACTGCCATGTTGGGACACTGACAGAATTGTTAGGTTTGTCCTTCCCTGCTGTGAATGACAAGCCTCCGAGTTTTCATTGCATACCTCACATAAGTAATTCACAGCCACCACTGCCAGCTGTTCCTAGTAGACCAAGAGGGACTCACTGCAAAGGAACCTACACTTTAGGTGCAAATATGCCTTGGCTTCTTGGGGCAGGGGCTGTCTGTCCCCTGACTGATGGAACTAATCTGATTTACTTTAGCTTACCTTCATTAAACTGATACCTAATACATACGTGAGTTTATCTCTAACTTGCATGTTAAATTTTTGTTTGGTTGGACTTTGACATAGTGAATATAAATGTTAGTGTGTATGGCAAACCAAACTTCTCCAAAGGTAAGTGTTTTCCATATAAATTCTGCTTTAGACTCCATGACAATAAATATTGAACTTCTCTCCTTTTATATTTTGCTTTATGTTTTGTTCACTTACAATTCTTAAGCAGTATTAGATTTTGTTGAATGTGTTAACTTAGAGACAATTAAATAGTAGTTTAGTAGCCTAATATATTTGATGCATTTCTAGCATCACACCCAGGAAGTTGTAAGAAGTTACCCGAAGGAGGGATGCTGTAAGCCAGCGAGCTGAGACCTTGAGATTCTAAGCAGTTTTGTCGTCAGTGTAATAGAATGTTTGTTGATGGCGCTTGTATTACCTACTTTTTCTGTTGGTCTAATGAGAAAAGATTTACTCAGGTTCACAGTTAGAGTGTACAGTGTCATAGTGTTGGAGTTTGGGGCACCTGGTCAAATCAAAGTGAAAGTGACAGATGCTGGGGCTCACTTTCTCCTTTTATACAACATTCAAGCTCAGGAAATGACTCACTTTCTCCTTTTATACAACATTCAAGCTCAGGAAATGATTCTACTCACAGTGGACATCCTGCCTCAATTAATCAAGACAAGGCCAAAGGCCCACATGATTTTATGTTGAGATTAAAGTTTGCATTCTGTTGTAAAATACCATGACCAAAAAGCAACGTGATGAAAGGGTTTATTTTGTTTAACTGGTACAACCTATCATCAGAAGAAACCAAAGCAGGAACATGGGGGCAGTCCCCTGGACACAGGAACTAAAGCAGAGACCTCCAGAGAAGTTCTTACTGCTGTGCATACATTCCCTGGCATGCTCAGTTAACCTTTTGTATACAGCTCAGGCCTACCTGCCCAGGAGTGGCACCACACACAGTGGGCTGGGCTCTCCTAACCAATTAGCAGTCAAGAAAATGCCCACAGGTCAGTGTGTTGGAGGCAATTCCTTAATTAAGGTTTCCTCTTCCAAGGAGACCTTAGTTTGTATCAAGATGACAGAAACTAACCAGCATCCCACTGTTTGAGGAGTGGGAGTGAGTGATCAGGTGTGTGGTCTTGTTCTGCAAGTAATTTACAAAGCTGCTGCTGTCTTGGTAGATGCTGACCTTGATCTTAGGGCTAAGCCCACACTGCTTTCCTCTTCTCTGCTCCATTCCCAGCACCTCAGAACACGTTTTAAATTTCAGATGAAGCATATGTGTCTCTACCTTGATATGGTGTTCTTTGTTCTATACTGTGGCTTGGTATTTGCTTTTTAGTAATTTATTTGTAGTCAGTTTCCCTATGGAAGTATTCTTAAACTTCTCATGTTCATCCCTCTTTCTAGTACTCTTCATATTATGTAATTCTATTTTGAACTGTCAGATCACCTTATTTCATATCTTCACACACTATACTGTACTCTTGTCTTAGTGAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACCGTGACCAAGGCAAGTCTTATAAAGGGCAACATTTAAT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Seq C2 exon
GGTGAAAATCCTATTTACAAGAGTGCCGTGACAACTGTGGTCAATCCGAAGTATGAGGGAAAATGAATCTTACTCAGGCGGAGTTTGCAACACCAAGCTCACAGCAGCAGCATCTTAGTCACAGTAGGGTAGCTTTGGGGCTCTGTGGCCAGGGGTTTATTCACATGCAGGTTTGGAAAATGTACAATATGTATAATTTTTAATTTTTTATTATTTTGAAAATAATGTTATAATCCATGCCAGGGACTGACAGAAGACTTGAGAAAGGATCTTTAATCCTTATCAGCTGAGGTCACAGCGTGCCTTTTTAACCCTTCCTCCCGGACCCTTGGAATCAAGCTCTTACTAGATTGAATGACACTGCTGGTGCTAATGCCGGGCACAGCTGAAGTAGCAGCATCACAGCATCTGAACCATGACTGATTCTCAGCTTTACAGAGTGGCCAGGACTAGTTAAACAGAATCAAAGAACAGTCCTGCTGGTGGCTCTGGGCTTTGTTCACCCTCTGGCTGCCCACTGGGAATTCTCAATGATGCGTGCGGAAGACAAGTGTGTTGACAGTTTCCAATTAAAATAAATTTGACACAGTTGATTTACAAGTCCATTGGAAAAATTCTGAGATGTGGAAAGGAAAACTTAGCTTTAAAACCTGTGTGCCATTGTGAGTTACTTGATCCTGTAACTCCCAACGCCTTCTCTTTATAAATCCAAGCTTGGATAAAAGTACTGGGAACTTCTCTGCTAAAAAGTCCCTGACTTAGCACTATTTACATAAGGCCATAACTTTAGTAGCATTGTGGAGCAGGGGCCTGTTCTGCTTTGTTTTTCTTTAATTCCTGGTGCTCCTTTATCACCTCTAATCTCTAATGTGTCTGTTTGCAATTTGGGGGTCAGACTCTATTATAACCTTTTCTTTTCTGTGGCTGTACATTTGCCTTTTTCACAAATACTGTAAGCCGTCCTGCTGCTTGCAGGACTGTAGGGCCTGGGCAGGGCCCCTCAGCAGCAATTCGACCACTGTGCACCTCCTGCACGTGCCTTCCCTGCTGTGCTCGCCCTGACTCAAGCTAGTCACCACCTTGTTTTAAGTGCCTTTTAATTTTGACAGTGCTGTTAACTGAAGTTATTTATTAAAATAAAAGGCCTAAAATACATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010966:ENSRNOT00000014785:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF079657=Integrin_B_tail=PD(6.7=10.7),PF087256=Integrin_b_cyt=PU(53.2=44.6)
A:
NA
C2:
PF087256=Integrin_b_cyt=PD(42.6=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]