DreINT0083217 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071863 | itgb1a
Description
integrin, beta 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060803-2]
Coordinates
chr24:1116468-1123105:-
Coord C1 exon
chr24:1122939-1123105
Coord A exon
chr24:1117308-1122938
Coord C2 exon
chr24:1116468-1117307
Length
5631 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAGGA
5' ss Score
8.6
3' ss Seq
TTTTTGGCTTTGTCTGGCAGGGA
3' ss Score
8.37
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGTCCGCCGGGTCCAGATATCATCCCCATCGTGGCCGGTGTAGTGGCAGGAATCGTGCTGATCGGTCTCGCTCTGCTGCTCATCTGGAAGCTGCTCATGATCATCCACGACCGACGTGAATTCGCCAAATTCGAGAAGGAGAAGATGAACGCCAAGTGGGACACG
Seq A exon
GTAGGAGAGATATCACTGCTAAAACTGGAGCCAGATATCTGGGCCTGTATTAACGAAATATTTCATCCTACTGCTAAAAGTTTCAGCTCTGGGTATTTTCTTAAAGTCGACCTCTTTTTTTCGTACTGTGAGACGCAGTTTCAAGAGAAACAGAATATTAAATGACAGCAGTGGGCGTGGCTTTGTTTTTTTCCACTGCGAGCTGATTGGATGTAGTAGATAGAGAAAACGGTTTGGGGAGATTTATTTCAACCTAACAGACTCCTCCTCCTCACCATTTCTGTTTGATGTCAAAACTGACAGCTGGAGGGGCGTGGTTTAGTATGTTAGCCCCACCCAATACCTCAAACAGATGTAATCTTAAGAGGTTAACAGAAAACAAACAGGAAGTGCATTTTCAGGTATCAGTTCAAGATTATAAGAGTAAACTATTGTTTTTTATTAATGACATGCACAGATGAATTGCAAAACTAGCAATGAGAGCTAACAAAATCAATATGGTTAGCTCTGATTTCATGTGTACTTTAAGGGAACACGCCACCTTACACGTCTCACAAAGTTAAATAGCAGTCTTGAACCATTTTTGAATCCATTCAGCTGATTTCTTGTTCTGTCGGGGTCACTTTTAGCTTAGCTTAGCATAATGAATTGAAGTGAATTGGACCATTAGCATTTCGTTCAAAAAAAAAAGTTTTAATTATTTTCCTATATAAAGCTCGAGTCTTCTGTAGTTACATGTTGTAATAAAACCGACAGAAACTGAAAGGTGGCTATTTTCTTGGCCAATTTTACAAGAAACTTTACTTTTAATTTGGCACAATTAATACAAATACGATTAATGGGTAATTTAGTAATTAATATAAACAATTCTCTTTATAATTACTGTTTTTACATTACTGTGACGGTTGGCTGTAGTGTTGGGGTAGGGGTAGACGTTAATAAAATAAAGTTAATGGGTAAGTTAGTAAATAATAGAAATAATTCTGGTTATAATTACTGTTTTTACAGTAATATTAGGAGTAGGTTAAGTGTTGGAGTAGGTGTAGACAATTATTGAGTAACTTAATAAACAATATAAATAATTCTCATTAATGTCCGACCTCAGCTGCATCCCTTCTAGCAACAACCGCTGTTCAGTGTGTCAAAAATCAGAGACTCACTGCTGCCTTCTGCTGGTCACTATTAAGACCACAGTTGAGTTTACTGTCCTCATGATCATAATACTTGCAGTGTTTACTTTTGTCAGCACAATCTTACATTAAATAAAGCATTAAAATAAAAATAGCATTAAAATAAAAGCCAGCTGTCTGTTCAGTGTTCAGATTCAGCTGGAAATAAGACACAGAACTGAAGCTGTTGTAAATAAATCAAGCACAGTACTCAACACTTTGTACTTGCAGATAAAATAACATTCACAAATTAAAAGATAACAGAAATGTAGTTTAAAGAGAGACCGTGTGTTACTGAATGCTTTCCGAATGCTTGTCATAATGATGTTCGTTTAGAATAATCACCTTTTTAAGCTAATCTCAGATAAATACACAACATACACCGTTCAGAAGATATGAAGTTATATCGTAACTAACTGTAAATGTTTTAGTTTATTGAGCAGGACCTTCAATCATGATAAAAATACATTAATATAATATTACAAAATTACAAAATTAATTACAAAATTAAGAGGTTAAAAAGCACTCAAAGTATATATGACCAAAACAAAACATTCAATTTACATATACTTTATTGCTTTAAAGTGCATCATTTTTGTAAGAACAGATTTATTTTTAGCATTTTAAAGATATACCTACTTTAAAAGTGAACTTCTCCTCTCAGGGCTGTTTTAGGCTCATGCTACTAATAAAATTACAGTATTTAAGGTTGATTTAATACACATTTAGTGGTGTTACTACAATCTAATTCATTATATTCCAATAAAAATGCTTCATTTCACAATTAACTGGTGACTTGCAGGGTTTTTTTATGGCTACAAGTACACTCCTTTGTTGGTAATGTTTTATACCATGTTTTATAGTATTATACTAGCATTCTGTATTAATAGAGCTCTTGACTTCATCCTCATGCATATTTACACTTGATTCTATTATTGATTTGATATTTCAATTTGCATGTTTCTCCTCTTCCCTTCATGCTCATGAAATCTGTCCACTCTTAAAGAGCCCCTATTATACATTAAAAAGGGTCATATTTCGGTTGTATGGGTCTCCAACAACGTACTGATGTGCATGCAAGGTCAAAAAACACTTCCATGGTCTTATAATAGGAATTTATTTTTACCTAATTATCCCAGCGACTCCTGTATGATTCGTTCAGCGATTCATGTGTTGCTTTGTTGATTTATCTGCGCTGATTGGACCGATGACAGCCTGTTGCGATTGGTCGACAGCGTTCAGCGCGAGACAGTAAAATGTCCAGCATGGTTTGTCAAGCCCCTGGGTTGCCAACATTGGTATAGGATCCGATCTAAGCCCAAAACACGCTTCATAGTAAGCTTACTCAACAGTGTTATTCAGGCACCTCACCCCCGAAAGCAGTGCAGTTAAACACCAGCATATTGCTCTATTCTTAACCATGACACACATTCAGTATTAATCCACACAGCAGCAAAAGCTGGAATATTCTGAAGCTTGACCGCTGCACGTGTGTAGGAGCAGCTGACGGTGGCCAAAGCAGCGACAAACGGCAGTGGAACGCCAGCTCACAAACACATTTAAATCAGTAAACAAAGCCGCACGCGTCGCGTTTTCAACGTGTCTTTAGACGCGATTTGAGAATAAAGTTTAACCAGATACATTGCAAACGGTTACAAGTAACAAAACACATTTAAATACATCATTTCCAAGCTAGAGAAATCAAGGAGACGACCATTTACTTACACTTATGAAATGTGTCATGGGCCAGATCTGATTTCATTAATTATCTTACTAGCTGTAGATCATTTCTATTTGCAGTCGTTGCTGTGGCACCTCTTGTGTGAAGTGTTATATGTTCTCAGGGCTTACCTGTACTCTGCTTTGCCCAACAATCACATCTCCAGCCAGGGGATCCTCACCAGCGCTCCTCCTCAGCGTGCAGCAGGCTGCCTTTGTTTGACTGTGCCTAATAAACTGGCCTTAATTTCCTCGCACCCCTGGTGTATTGTCTATCCCTTACAAAATGGAGGAAGAAATGAATCCAGGAGCTGTGTACTAAAGTTCCTGTCGAGCTCTGTCAAAGTCTCATGCATCAGTAGACTTTTCTGATCCTTCCTTTAACAAACGAATGAATCGCCCATTGTAAGTGTTAGATTGATGAAGCACTCCTTTCCCTCACACTTCCAATAACATCCAAGTAAGCAGAGTGTCTTCATGACTCTTCAGGATCTGTTTGTGTTTGCTGCTGTGTTTGTGGGCGGCGCCGCATGTTTAAATTTTCCCAGGTTTGCGCGCACAACAGTTAAGCGGGGCTTCTGTTTCGTAGCTACGTCACTCCAAAGACTCTTTATAAAGACGCTTTAAAAACTGTCCACTTTCAGATTTAAGCCTTAGCTGGATAGTTCACTTCACTTAGAGCTGTGTTACACACTACAAGGAAGCTCATTCTCAAAAACCCATAATACAGGCTCTTCACAAATAAAGCTTCTTTACTGACATTGATGATTGATAACATTCACGTGCATTGCACTGTACGGTTGGCATCAATTAAGAAGCTTTATTTTTTTAAGAGTACCTATCTGTTTGTTCTCCACTTGTTGTCCATCATTTCCTCTCTCCTGTTGAGCTTCATCTGTTCTTGATCTGTTTTCTGTCCTTCTCCACTCTCAGACAGAGAATCCAATTTACAAGAGCCCCATTAATAAATTCCAGAACCCAAACTATGGACGTAAAGCTGCGGCTCTATGAGTTTGTACATCTGTCCTCTCTCTGCATGGCCTTTCTTCTGTCTGTGTGTGTGTATGCGTGCGTGCGTGCGTGAGTCTGCGCGCACACCTGAGTGTGTGCACCTGGTTGTGTGCGCATGTGGCCGAGTGTGCACATGTGAGTGTGTGTGCGTGTGTAAATTGCATGTGTCAGCGTGTGTGTGTGTGTACATGTGTGTGTTTCTGAAGCTCACAGCTTTTCTTCCATCATTTACAATCAGTTTTTTTCCCCAATTTGCCAGCAAGACATTTTTAATAATCTAAACCAGGGGTTCTCAACTGGTTTGGCCATGGGACCCACATTTTTACATGGTCATCAAGCCGCGACCCAAATTTTTAGGAATTATAATATAATTTTAGAAATTATAATTCAGTTGTATTTATTTGTTAACATAAACAAGTAGTGACAGATAAATCATAAGAAAAAATCATAAGATTATCATAAGATAAATCATAATATTACAAAGTAAAAACAACAAATACTGTAAACAGTGGTTAGGGTAAGGAAAGGTTCAGTTACCATGAACTAAACTGAACTGTTAATAAAACACGTTTTCTGGTTTCTAAATGTTGTTTTAAGTTAGAAAGTTTCATTCTCTCTTAATAGAGCACCTCACTATGATACACTGAGGCTTTAAGTCTTTTTTTGTCTTCAATATATGTAAATCCATAATTAACATATTTGTTGCTATAATTAAATGAAATTTCACATTTCAAACGGTAGAATTGTTGCGTGTGCATTTCAAAATAAAAGTCCGGTATAAGCAAATTAAGTTAAATGAATATTTTGTTGTTGTTTTTTTTGACCACACACTCCACGACCCACTGAAAATGTTCCAAAGTGGGTCGTGACCCACCAGTTGAGAAACACTGATCTAAACTATGATAAAGTGCCATATGTTCACTTACTCTTGCATATGTTAATAAGTACAGGTCAGAATGAGTGTGTTGAGACATCGTTAATAACACTTATGTGAAAATATAGATACAGTTGAAGACAAAGGTATTTGCTCTCCTGTGTAACAAACAACAACAAAAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAATCACTGATTTCTTTTCTCTTTGCCATGATGACAGCACATAATATTAGACTAGATATTCTTCAAGACACTAGTATTCAGCTTAAAGTGACATGTAAAGGCTTCACTAGGGTAAAGTTAGGGTAATCAGGTAAGTCATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGTTGGCAATCAAGCAATCATTTTGACATGTGCAGTTTTTTAGCATTTATATTTATTATTTTTTGTTATTCCAGCCTAAAACTAAAAGAAATAGGACTTTCTCCAGAAGAACAGTATAATATGAAGGACTTTAAACTTTGAAGAATAATTACAATTTCACATGAGGAGGGCTCATATTTACTTCCATTCTTGATTCAAAATCCTGATTATTTCTGAAGTGAGTTTTAAGTGTTCTGTAAAAACCACTAATCAGCTTCAGCATGAGCTTCTGAAAGTGTTGTGTTATATTCAATCAGCGTTTGACTTCATGTTTTGAAGTAATATTTGTTTATAATATTATTGAAAAGCTTCAGAATATCTGTTTGTTCACCAATAAATGTCATATAGCTGCATGTTCTGTGGTTTTCAGGATTATTGCACTCGAGTGTGTTATGTTTAAGGATATTGTGAGACTGAATTACGCATTCTTATGTTTAATTTTTGGCTTTGTCTGGCAG
Seq C2 exon
GGAGAAAACCCCATCTACAAGAGCGCCGTCACAACTGTGATCAACCCCAAATACGAAGGCAAATAATGGCCATCAGAATCACTCACCAGGATGTTTGGCAAGGGATGGGTGTGCGGATTTCCTCCCTATTTCTTTATTTTCTCATTCGTTTAGATCAATACTAGGAAGTTGTATTTCATGTCCGCCTCTCATCCCTTGCAAACCTGTACAGTCTGTATAGTCTTTTAACTTTCATTGGTTTTCCTTCTTTTACACCCTGTGCACATTCACGCAATCTCTCAATTCAGAACCGACAGATATCTGTGCCTTTGCATAAAGCTTTATATAAAAGGGATCCTTAAAAATCCAGACTTAGTGGAAATACAGGCCTACAGTATTGAAAAACATGCAATGCATTGCTCCAGGTACGTTTCGTTGTACGTTTCAGATGACAAATCCACTAGAGGGCGGAAGATTTTTGGAAATTTACATAAGTTAAGGCCACAGTGCAGTTAATTTTTATTCTTAAAAAATAAGTTTAAAGGTGCTCTGACTCTCCTAAAGCATAAAAACACCCTAATATGTGCAGATATTTCAGAAACATGCTCAGTGAACATTCCTGTTTATCTGAAATGCAATGCTGAAGTCAGATATTCTGCTTTGAACTTGTCCGTTACGTCGTTTGTCTTTGTTTTGGTCTCTTTAACCCACCCAGTATAGCCACGTCTATTTCAGAACCCCGGGTTGCCAGATGGTGGAAAACACCGTATTTGATTCATTCAGTCAGAAGGCTCTCAAAGCATGCGTCTGTGACTGAAATACGACGTCTGGTGGACAGTAGCAGACTCCAAAATGAGACGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071863:ENSDART00000039700:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF079657=Integrin_B_tail=PD(6.7=10.7),PF087256=Integrin_b_cyt=PU(53.2=44.6)
A:
NA
C2:
PF087256=Integrin_b_cyt=PD(42.6=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]