GgaINT0095060 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007145 | F1N8N7_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:13993546-14001480:+
Coord C1 exon
chr2:13993546-13993712
Coord A exon
chr2:13993713-14000259
Coord C2 exon
chr2:14000260-14001480
Length
6547 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGC
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
CAATATTTTTCTTTTTCTAGGGT
3' ss Score
9.4
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGCCCTAGTGGCCCTGACATCATACCCATTGTAGCTGGCGTGGTTGCTGGAATTGTTCTTATTGGACTTGCATTGTTATTGATTTGGAAACTACTGATGATCATTCATGACAGGAGAGAATTTGCTAAATTTGAAAAGGAGAAGATGAATGCCAAGTGGGATACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTGAAAATCCTATTTACAAGAGTGCAGTGACAACTGTGGTCAATCCTAAATATGAGGGAAAATGAACACTGCTTGTGTAACTTCACGACACTGTATGCAGCGTAGCAATTTTTGTAGTCACAGTAAGATAGATTTAGGGCAAACTGCAGTGATTTTACTAATTCATTACATATAGGTTTGTTTTCCTGTTCAGGTTTTGAGAATGTACCATATGTAATTTTTTTTTTTATGTTTATTTTTAATTTCTTTTGCAAATAAAAATCAGTGCCAGGGGTCTGACAAAAAAAAAACCAACAAAAACTTGAGACTGTGTAGCTTAGTCAGCTGAGGTCACATGGTGCCTTTTTGACCTTTTCCACTCCCGTGCTGTGAATCTACATCTTCTACAGGGTGTGATAGTGCTTTGACAAGACTGGGAGGGAACTGGTTAAAGCATGAGGGCTCTGCCTAGCCATTTAGCGTTACAATTTGTAGCTTTACAGGGAAATCAGGGCTTGAGTTTGCAGATATATTTAAGCTCATGTAGCATGGAGCTGGTGAATTACTGGGCTTCTGCTTGCTAGACATATGATTAAGTAGATGGTAAGTTGAATGAGTTGGAAATGAGCAGCGTAAAAGGTGGAAAAAGTGTGAGCATGCTTATTTTTAATTGTTATAATTGCTTATTGCCAGGTTATGGTTAAGATGAAAGGGTTTGGAAAGAATTCTAAGAGGGAAAAAAAATAGCTTTAAAACACGTGCCATTACTGAAAAAGTTGCTGACTGGTAACTTGCTTCATTTTTCTTTGTAAATTCAAGCCCTGGTTGGGCAGTATCATGAAGTGCTTTACCAAGACATCCTCAAAACACATAAGGGCCTTACATCATACTGTGTCTTTCTTGTGTAATGTTTCTTTAGTCCGGTGCTTTGTCACACTCCTAATCTTTTTAACGTATTTGGTTGCGATTCTTTGTAATATTTTTGTACCAACACAAGCGTTTTTTTTTTCTTTTTGGGCAGTCTTAGCTGTAAATTTGCCTTTGCCCTGTAGCTAAGATTGCGTAGTTTGTCATGTGACAAGTCACACATTTTTGCCATGTGCCATGTATATTTGCCTTTGACCATTCAAACTGCATTATAGTCATATCCTTGTTTTAAGTGCCTTTTTATTTTAACAGATGTTCACTTTTTACAGTGCTATTCCTGAAGTTATTTATTAAATAAAAGTACCTTAAAATAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007145:ENSGALT00000011573:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF079657=Integrin_B_tail=PD(6.7=10.7),PF087256=Integrin_b_cyt=PU(53.2=44.6)
A:
NA
C2:
PF087256=Integrin_b_cyt=PD(42.6=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]