MmuINT0084059 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025809 | Itgb1
Description
integrin beta 1 (fibronectin receptor beta) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96610]
Coordinates
chr8:128726020-128733200:+
Coord C1 exon
chr8:128726020-128726186
Coord A exon
chr8:128726187-128732022
Coord C2 exon
chr8:128732023-128733200
Length
5836 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
GCAATTTGTGTTTTTTTTAGGGT
3' ss Score
9.98
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGTCCTACTGGTCCCGACATCATCCCAATTGTAGCAGGCGTGGTTGCTGGAATTGTTCTTATTGGCCTTGCCTTGCTGCTGATTTGGAAACTTTTAATGATAATTCATGACAGAAGGGAATTTGCTAAATTTGAAAAGGAGAAAATGAATGCCAAGTGGGACACG
Seq A exon
GTAAGTTATGAAACATTACTGAGAGCAGTAGGATGGTTCCTGAAGTAAATGTAACTTATTAATGGTGAGGCTGACCTTTAAAGTCTTCTTTAAATATTTTATTTCCCCCAAAGTTCAAAATCCAAAGAAGTTGCATTTGCTGAAAACAAGAAACCTCCTATTCAATTAATAATTTAGGAGGATATGATACTCTGTATATATAGTGGCCATTGTGTTTTAGTTCTTTAGTAGGTCAGATTCTAAGTATGCTCCTCAGCTCATTTGTCTAATATAAAAGAGAATCTTAAATGATACCACCAGTGTCTCTGGCCACACTAGAGCTCCTCTTCCCCTCCATACACTCATGATTCTTTTCATATGGTTTCTGGAATATACAACCAAATTGTTATTTCTAAGGCTAGACTGAGGGGAGGGCTGACTAGAAGGTGGGATTACAACAGGCCTTCTTAGATGATTTCTAGGTGTGTTTGCACATTTGGAAATACTCAGCCTGAGCTTAATGTATATTTTACTCTCTTCAGATTGCATCTCTGTAAAAACTTGCTTAATAGAAAAACAGGCTTTGACTGGTATGTGCTGATCACTGGTTTCAGAATAGAGTCAGGTAGTTGGATAAATGTTGCCTCTTATAGATTTACATTTTGACACACTACAGTTAGGTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAAATTTCAGAAGTATAGAAATAGAATTCCAGTTTATAGTGTCAATACACTATACATTCCAATTTTCTTTCTGATGAAATCACTAGAAACTATTTCTTTCACTTTAGCAAGAAAATCCGATTTACAAGAGTCCTATTAATAATTTCAAGAATCCAAACTATGGACGTAAAGCTGGTCTCTGAGTTTCCGTTCGTATTTCTTTTCACTTTCTATCCTTGCATGTGAATTTCTGTCTCTCTTTTTTTTTACTGCACCATGTGTGTGTCTCAACACCACTGCTTTTTTTTCTTTTTTGGGTTTGGCTTTATTTTTATGGCTATGTGTGGCTTTTCTCATATGTTAACTTAGTGCTTGGAAGGACTTTACCATATAATAAGGTATAGAAGCCACCCCTGTGTTGGAGAGAAAAGAATGCTTTGCAGTCACAGAGCCCCAATCTACCCTAGACTTGCTTAGTAAGTAGAGCAGCCCTGAGCTTTGTTACCTCTCTGAGGCTCCTCTTAAGTCTTCAGCAGGGAGGATTTTAACTGACAGCTGGCTGCAGTCTACTATGCAATCTCTGATGCAGTCCTGTTCAAAGGTCATGGTACATTATTCCTGAATTGAACAGTGAAATTGAGTGTGAAATCAAAATGGCAAAACCAAGGGTAAATGACTGTTGTGTAGTTTGTACTGTCACAGTTACAATTCATTTTACCCATTCTAGAAAGATTCTGAAAGTTTTTTCGTTCTTGATTATGTGGGAATTCCATTCCACTGAGAAACAGAGTACCATTGTGTTTCTTACTAGTTCTGATTTTCAAGTTTAAAACTGAAAACTGCTTATTTTTATTATTATCTTTCAAACAATTCTTATTATTTATTTATTTATTTTTGCTTGAGAGAAAGTCTTACTATGTAGCCCAGGCTATCTTGGATTTTGCTGTGTACACTAGGCTAGCCTTGACCTCACAGACATTTTTGCCTCTCTTAAAACTCCCATAAAAAGGCTGATTACATTTAGCACCAAATTATTTTCTATGGATTGGAAGAGCCTGGGAGAATTCCTGTTTTCTTATCTCCATTTTCTGTCAACAGAGACAATGTTGGCAATAGCTACAGAGTCCCGTGTTTTAGGAATGGTTCTTAATATCCTATATTTTTTGTTATTTGCGAGAATAATGGGGACTATATTCTTGTTTTATAGAAGAGAAGACTGAGGCAGAAAAACAGCTAGTTAGTAAAAAGAGATTTAAGTTCAGACTATGGGATTCCAACACTTATGTCCCTATCCTCTGCCCTGGACCCATTAGCAGGTTAGCAATCACATTCTTTAGGAGAGGGTTACCTGGTCAGGAAGAAATAGAACACTTTACAGATCTGGCCATTTTCATAGTGTTGTGATTTGGGGTAATGCTATTGTGTAGAGAAAATCTCTTACACACTGTGTGGAAGCATCACCTGTCAATAAAAAGCTGTTTGCATGAAGCAGGAAATAGAAGGTAGGATATTTGGGAGGGAGAGGGAGAGGGAGAGAGAGGCTTCTGGGAAAGAGCCAAGAGCAGGAAATTCACCCTGAACTCTGAGGAAGTCAGATCTATGAAACTGAGAAGAAACCAGACACATAGCTGAACTCAGATTAGAATAAATGGGTTATATAAGTTATGAGCTAATTGAGGAATAAGCCCAAGCTTATAGCCCTATTTATAAATAAGTCTTAGAGTCATATTTCTAGGTACAAACACCTAGGGAGAAAAGTTCCTGGCTTCCCTGCTGGGCAAACATAATGGGAGAATCACTTTTCTACTACACAGAACTCAGCACTGCTGTTATGCTTACTTATTCTGTATTGACCTTGGAAAGCCAAATTGAAGGGCTACAGGATGTATAATCACTTAAGCAGTGAATCAGTCAATTAAAATGAAAGACTTGCAGAAAACCCCAAATCAGGGAGTGTTGTATATTTTTAAGGGACACAGGAAGCAGCAGCAGTACTAGAAATCATGACTCGCTGTATCTCTTTTACTGCTAAGAAACTTTTATTTAAGGCTAGTTTGTTGGTAGAAAGTTATTGTTAAATCGTGTGTGTGAAACTTGATGCATTCTTTCACTCTTACCTGATACTTTACAGAACTTAATTTTTATAGAAAAGCTGATTAGCTAGTGAGATTACTGTGATTTTATTTATTTATTATCTTTGTGGTCACAATCAGGTATTAACAGTTTCATATAGTTACTTCTCACAGAAGAATTTTCACTTTTTTTTCCTGTGGTAAATTATTTGCCCTTCCTTTAATGACACTTTGAGTAATATTAATCAATAGTTACTATTTAATACTAAATGTTTGTATTCTTGATTTAATTTTTGGCTATCAGGGTTAGGGTTACCTTCTTTAGCTAGAATAAACATTTCATACAATTAAAAAAGCAAGGGTTTCTTAAAATTTATTTATGTATTATTGAAATCTAAGAAAATTTATGGCTATAGATTATCCCAAGATGTTATCTTATGAATATTATAGTAGAAATGAACAATACAAATGAATGAGAGTAAAACTATCAGAAAAAAAATCATATAAAAACATTTTTTTGTGATAAGGGACCAAAACTTCTTACCAATTAATTACACCATTAGCAGACACTGTAATTATGTGAGCATATAAGACTGCCATGTTGGGACACTGACAAAATTCTCAGGTCTGCCCTTCCCTGCTGTGAACTACAAACCTCCCAGTTTTCATTGCATATCTCACATACCTCACATATATAAGTACACATACATAAGTAATTTACAGCCACCACTATCAGCTGCTCATAGTAGACAAAGAGGGACTCACCCCAAAGGATAGCCTACACTTTAGATGCAAATATGCTTTGGCTTCTTGGGGCAGGGGCTGTACCGAGTGATGGAACTAATCTGAATTACTTTAGCCTACCTACTTTTAAACTGATACCTAATGCATATTATAGTGAGTTTATCTCTAACTTGCATGTTAAATTTTTGTTTGATTGTACTTTGACATAGTGAATATAAATGTTAGTATGTATGGCAAACCAAACTTATCCAAAGGTAAGTGTTTTCCATATAAATTCTGCTTTAGACTCCATGATAATAAATCCTGAACTTCTCTCCTTTTATATTTTGCTTTATGTTTTGTTCCCTTATTATTCTTAAGCAGTAAATACTAGATTTTGTTAAATGCTTTAACTTAAAGACAGTTAAATAGTAGTTTAGTAGCCTAATATATTTGAAAACAGGCAGTTCTAGCATCACACCCAGGAAGTTGGAAACCTCTTACCTGAATGAATGCTGTATGAATGAATGCTGAATGAAGGATGCTGTAAACCCCAAACAGCCAGCAAGCTGGGATCTTGAGATTGTGAGCAGTTTTGTTGTCAGTGTAATAGAATGTTTGTTGATGAATCTTGTATCACTTACTTTTTCCATTGGTCTAACGAGAAAAGATTTACTCAGGTTCACAATTAGAGGGTACAGTCTGCCATAGTGGAATAGTTAACAGCAGGTGGAGCTTGGGGCTCCTGATCAAATCAAAGTGACAGATGATGGGGCTCAGCTCACTTTCTCCTTTTATACAGTATTCAAGCTCAGGAAATGATTCTACTCATAGTGGGCATCCTGCCTTAAGTAACGTAATCCAGACATGCCAGAGACTGGTCCCCCAGTTTGCATCATGTTGTTTTATCATAATACTTGTGATAAACATGGTTGTGATAAACACCATGACTTAAAAGCAACTTGAAGAAATGAAAGGGTTTATTTGGTTTACTGGTATCATCAGAGGAAACTAAAGCAGGAACATGGGGTAGGCACCTGGAGGCCTCCAGAGAAGTTCTTACTGCTGTGTAGTAACATACTTTTCCTGACATACTCAGCTGCCTTTTGAATACATCCCAGGCCTACCTGCCCAGGGGTGGCACCACATACAGTGGGGCTGGATTCTCCTAACTAATTAACAATCAAGAAAATGCCCACAGGCCAGTATTGTTGGAGACAATCTTTTAATTAAGATCCCCTCTTCCAAGGAGACCTTAGTTTGTGTCAAGATGACAGAAACTAACCAGCATTCCACCACAGACCCTTTGTGCGCAGAAAAGTTATGTTTGAGGAGTGGAAGTGAGTGATCAGGTGTGCGGTCTTGTTCTGACTGGTATTTACAAAGCTGCTGCCATCTTGGTAGATGCCCTCTCTGCCTTCCTCTAGTCTCTGCTCCATTCCCAGTACCTCAGAATATATTTTTCAATTTCAAATGAAGTGGATGTATCTCTACATCTGGCATTCTTTGTATTTGTTTTTTTAGTAATTTCTATGTAGTCAGTTTCCCTATGGAAGTATTCTTAAACTTCTCATGTTAATAACCCTAACCCTTTTTCTAGTACTCTTTATATTATGTATATAATTCTAATCTGAACTCTCAGATTACCTTATTTCATATCCCTCCATACTATACTCTCTTCAAGGGCAAAATTATGATTATATAATTATGATAGCTGTTGTTCTGATTAAAATACTGTAGTATATTTTTCAATCCTGAGAAATGTTTGTTGTGGTTTCGAGTCCGTTGCTGAATTTGCAGCTGTTCTCACTCAAGGAGTAGAACTGTGATTAACATTACCCTTAGGTTATTGAAGAATAACAATTTCATGAAGCATGGTTATTAGTTAACATTGTAAGCATATTTTTGGATTGTGACTTGATGGGCAGAGTGCCTTGGGTGACACTGGCAGACATATCCAGAAATCAGTTCTATAGAGGTTTCAGGAGCACATCTCCTTCCCTGGATGGAAGCCAGCCACCCTATAATAAGTATTTCTAAGCATTAGAGTGTATAAGTTAGGTTTTTAGGGTTTCCATAAGTTGGTACAAGATCTTCAGAGACTCTAATGGCAGCTGTAAAGGTTCTGTGTGGAGGCCTTTTGTGAGGTAGCCCTCTAGGGATGACGGACTGGAGTCAGAGCACAATATTTTAATAGCCTGAGACTTTTGGGTCAGAGCTGGCCTTCTCACCACTGTGTCGGATTTTATCTTTGCCTTCTAAACTCTATTTGACACTGGATATTGGAAGAGACTTATTAAGACAACTGCAGCTATTAATCTTGTTTTGGAACACTGATTTTAGAGAGTAACTGGCAATTTGTGTTTTTTTTAG
Seq C2 exon
GGTGAAAATCCTATTTACAAGAGTGCCGTGACAACTGTGGTCAATCCGAAGTATGAGGGAAAATGAATCCTACTCAGGCGGATTTTGCAACACCAAGCTCACAGCAGCAGCATCTTAGTCACAGTAGGGTAGTTTTGGGGCTCTGTGGCCAGGGTTTTATTCACATGCAGGTTTGGAAAATGTACAATATGTATAATTTTTAATTTTTTATTATTTTGAAAATAATGTTATAATCCATGCCAGGGACTGACAGAAGACTTGAGAAAGGATCTTTATCCTTGTCAGCTGAGGTCACAGTGTGCCTTTTTAACCCTTCCTTCTGGACCATTGGAATCAAGCTCTCACTAGATTGAATGACACTGCTAGTGCCAATGCAGGGCAGAGCTGAGCAGCGTCGCAGCATCTGAACCATGACTGATTTTCAGCTTCACAGGGTGGCCAGGGCTGGTTATACAGAATCAAAGAACAGTCCTTGCTGGTGGCTTTGTTCTTTGTTTAGCCTGCTGGCTGCCCTCTGGGAATTCCCAGTGATGTATGTGGAAGACAAGAGTGTTGACAGTTTCCAATTAAAATAAAATTGACACAGTTGATGTTCAAGTCCATTGGAAAAATTCTGAGAGGTGGGAAGGAAATCTTAGCTTTAAAACCTGTGTGCCATTGTGAGTTACTTGATCCTGTAACTCCGACGCCTTTTCTTTATAAATCCAACCTTGGATAAAAGTACTGGGAACTTCTCTGCTAAAAAGTCCCTGACTTAGCACTATTCACATAAAGGCCATAATTTTAGTAGCATTGCTGAGTGGGGACCTTTTGGGTTGAGCTTATTTTACCTTTTTTTTTTTCTTTAATTCCTGGTGCTCCTTTATCACCTTCTCTAATCTTTTAATGTGTCTGTTTGCAATATGGGGGTTAGACTTTTTATCATTACCTTTTCTTTTCCTTGGCTGTACATTTACCTTTTTCACAAATACTGTAAGCTGTCCTGCTGCTTGCAGGACTACAGGGCCTGGGCAGGGCCCCCCAGCAACAATTCACCCACAGTGCACCTGCACATGCCTTTCCTACATGCTTGCTCTGTCTCGAACTAGTCACAATCTTGTTTTAAGTGCCTTTTCATTTTGACAGTGCTATTAACTGAAGTTATTTATTAAAATAAAAAGGCCTAAATACATTAAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025809:ENSMUST00000090006:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF079657=Integrin_B_tail=PD(15.4=10.7),PF087256=Integrin_b_cyt=PU(53.2=44.6)
A:
NA
C2:
PF087256=Integrin_b_cyt=PD(42.6=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types