HsaINT1016876 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000150093 | ITGB1
Description
integrin subunit beta 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6153]
Coordinates
chr10:32900392-32908534:-
Coord C1 exon
chr10:32908368-32908534
Coord A exon
chr10:32901636-32908367
Coord C2 exon
chr10:32900392-32901635
Length
6732 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
TCACTTTTTTTTTGTTGTAGGGT
3' ss Score
10.88
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGTCCCACTGGTCCAGACATCATTCCAATTGTAGCTGGTGTGGTTGCTGGAATTGTTCTTATTGGCCTTGCATTACTGCTGATATGGAAGCTTTTAATGATAATTCATGACAGAAGGGAGTTTGCTAAATTTGAAAAGGAGAAAATGAATGCCAAATGGGACACG
Seq A exon
GTAAGTTACAAAACATCCAAAAAGCAAAGTGGCTTATAAAGTAAATGTAATACTCCTAAGACTTATGTATTAGCTGTCAGGCTGATTATTAAAGTCCTTTCTAAGTATTTTATTCCCCCAAAAGTTTCTTACTCAAGGAATTTGCATTTAGTGAAAAACAGAAAGCATCCTAAATATATCCCATTGAAACAAAACATTGATTATAAGCATGTATATTCTGGTTACTGTGGCCAGTATTTTTATTTCTTTAATAGTTTTGATCCTAAATCTGCCTTTTCATCTAATGTGAAGTAGAATCCTAAATAATGTTATCTGTGTAGCAAGCTATTCAATGGAAAGCTGCTTCTTTCTTTAAAACAAACAAACAAAAAAAACCTTCAGTGAAAGCCAGATTCAAAAGGTTATATACCAAGCTTGTCCAACTCGCAGCTCGTCGGCCAGGACATGCAGCCCAGAATAGCTTTGAATGTGGCCCCAACACAAATTTGTAAACTTTCTTAGAAATTGTAATTATTATTATTATTTTTTTTTGGTAACTTTTTTTTAAAGCTCATCAGCTATCGTTAGTGTATTTTATGTGTGGCCCAAGACAATTCTTCTTCTTCCAGTGTGGCCCAGGGAAGCCAAAAGATTGGACACCCCTGCTATATACTATATGATTCCATTTAGAGGACATTCTGGAAAAGCAAAACTGTAGGGGCAAAAATCAGTGGTTGCTAGGGGCTGGAATGGGGGAAAGTGTTGACCACAGAGGGGCGTAAGGGATCTTCCTTGGGATGATCTTGATTGTGGGTGGATTTATGTATTTGAAAACTCACAGAACTATGTACTTTAAAAAGATGTATGTTCCTCTATGAAAATTATATCTCAGTAAACTTTGGCTTATAAAAATCTTAAAAGCCCTAAGTGACCGAAAGGTTATGTTAGCATTGAGTGCTTTGAAATATGGAGTCAGAGGGTGGGGTAACCAAATGTTGGCCTTTGTGTATTCATCTTTTGATACAAGAAAGCAATGCCAATCTTCAGTATTTTTAAATTGTAAATGAATTTTGTAGTTAGTTGCACTTTACTACAATTTGCTTGGGTTTTTAAAAATTATCAATTTTTTAAATTACAAATTTCAGAAGGGTAGAAATAAAAAAAAAGACATTTATAGTGTTCAAACACTATAAAGGGATTTTTTTTTTCTGATGAAATCATTAGAAACTATTTCTTTTACTTTAGCAAGAAAATCCGATTTACAAGAGTCCTATTAATAATTTCAAGAATCCAAACTACGGACGTAAAGCTGGTCTCTAAATTGCCGTTCGTATTTTGTTTCACTTTCTGCCTTTGCATGTGAACTTCTATCTTTTTTACTGCACTGTGTGTCCTTTATCACTATTGCTGTTCTTTTTTTAAGTCTGGCTTTAAATATCGCTATTGTGGCTTTTCTTTTTGTATGTTAACTTCGCGTTTAGAAAGACCGTAAAATAAGTAATGTGATATAGAAACAGCAGCCATGTTGTAGTGAAAAGAGAATGTGCTTTGCAATCAGTTAGACCTCAGGTCAAATCCCACCTCTTCCACTTAGTAAGTAGAACAGCATTGAGTCACTTCACTTCTCTCAACTGTCACAGGGAGTCAGTACTCTGTTTTGTATGGGGTGGTTGTATTTGGCAAATGCACTCCAGTATATGAAATCAGCCTGTCAGCTCTAATCCTCATAACAGTCCTGTGCCTAGAATGATATTATCCTATTATCTTTTGTTCTTTTTCTGTTTATTTATTTATTTATTTTGAGACAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGCCTGGAGTGCAGTGGTGTGATATCAGCTCACTGCAACCTCTGACTTCCAGATTCCAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTACCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCTAGGCTAATTTTTTTGTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCACATTGGCTGGGCTGGCCTTGAACTCCTGACCTCCAGTGCTCTGCCCACCTCGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCCACCAGTATTATCCTTAAATAACAAATTTGTTATGAGTAAATTTTAGGGTTGGATAGTGAAAATTGATCACGAAATCCAAATTGCAAAATAGAAAAATATAACCTACTATGATATTTGTATGGTATGCAACTACAATATCATTATTGGTTCTCAAAAGATTTGAGATCAATTTCTTGAATATAACTTGAAATTTCATTAAAAGCCAGAAGACCATATATATGTATGTATATTATATATATATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTATGTGAGAATGATTCTAATTTTCAAATGTAAGTTTGTAACTGTTCATATCTGAATTTTCATGAAATGCTTCCAGCATATTCTAATAAAATCATGCAAGCCCCTAAAACTCTGATAACAAAGGTTAATTGTGATTAGAACTAAATTCTCCTGACTGGTGGTTGAGAACTCTTCTTCTCTTTCCCAACTGACTGACTGTAATAGGGCCTGGAAGATTTCTGCTTTTCTCACTGCCTACCTTATTGTGCAGATAAAGATGGTATTGGGAACACTTACATAAAAATCACTGTGTCTCAGGCATGATTCTGACCACTTAATCTGTGTTTAATCTTCATAGTGAAAGTTGTAGGAATGTTTTACATATGAGAAAACTGAGACACATAAGGGTTATGTAACTTGACCGAGTTCCCACGGCTGGTTAGTCAGAGAGCTGAGATTTGAACCCAGGCAGTTGGGCTCCAGAGTCCATGTTCTTGTCTATGACATTGTACTTGGTAGCAGTTATGTATCTTCAGAAGTCCCGTTACCTGGTTAGGAAGAGGTAGATCACTCTTTATAGAGATTTACAGCCCTTTTACAATTTGTTGTTACTCTGTCAGAGTTAACACTGCTGCTGTTGGCAAACATCATGTTAGGGAAATCACTTTAATACATGGAACCCAGTGCTGTTGTTGTGTTTTTTGACTATTGAGAGTGTGCTTACAAACTGATCATGAATAAGAGCCTACAGTACAGGAATGTTTAATAGTTACAAGTGATATAGGAAGTGCTGATAACATTAGAAATCATTAACTTGTCAGATTTTTATTTCTAAGTAGACCGTAAGATTTTTAAAGTTAAATTTGATGGCAGAAAATTATATTCAAATTCACATATGGGCAGGTTGGTACATATTTGTATTAGTCTGAGACAATATATTTTTCTCGTTCTCACTTAGTACTTTACAGAAAGTCATTTTTAGAGGAAAACTGATTAGCCAATGACATTGCCAGGCTTTTTTTTTTTTTTAATACATATTTTTTTCTTTAGTTGTAGGTCAAAAATAGTCAAATGTTGACAATTTCATGTGGTTATTTCTCACAAGAGAAAAAATTTCTGTCCTACTGAGGTGAAATTTTCACCCTTGCTGTACCTTTCATTGTATTTTGAAGGAAATTATCAGTAAATGTTATTTAAACTTAATGTTTATAATGTATATATGGCTAAAATGTTGCTAAAATAAGCATTTTATGTAATTCAGGAAGCAGAAGTTTGGTAAAAATTTCTCTATGCATTATTGAAGTCCAGGCAATTTGATGGCTACAGATTATTTTAAGAGATGTTTTTCTCAAGAAAAAGTAGAAATTAACAATTGAAATAAATGAATGAGCATCAAGAAATTACATCATGGATTGTAAGAAACTTTTCTGATATGGACCAAGGTTTGCCAGTCAATTATGTCATTGAAATTTTTGAAATAATGGGCAGGCGCTAATTACTTTGGCAGAAGACTACCATGTAGGAACATTAAGAAGAACATGTCACATTATCAGCTTCTAACTGTTGGAGTGGGTTAAAAAAATGGTCTGTCCTCATCTGCTGCTATGCGGGTTTAAATGTGGCTCCCAAATCTCCCACACTTCTGCATTATGTATTTAATACATTGTAGAGATGGTTCTGCAGCTACCACTGTCAGCCATTCCAGAGTGAGCACAAAGATGACATTTTACTGAGCTTGAGGGCTTCCTTTCATAATATAACCCTGTTCTCTTGCTGCGGGTTTTTTTGGGGTGGGGTGGTGTTGCACTCTGAATGATGGAAACTAATTTGAATTATTTTAGTTTACCTTCATTTAAAATGATGCCTAATACAGATAGTGAGCTTAATTTTACCTCTAACCTTGCATGTTAAACTTTTGTTTGAGTGGACTTTGAAATAATAAATACAAATGTTTGTGTATACGACAAGACAGATTTTTCTCCAAAGGTAAGTTCTTCCATATAAATTACACTTTGGACTCATCTATATAGGGCTTTTTTTCTTTATTTTTTGTTTTCTTTTTTTTTTTTGTCCTTCCCTTATAATTCTTGAGTATTAAATACTAGATTTAGCAAATATATTGTATTAAAGAAATTTAATTAGATGCTAATTTATTTTCCCAACATATTTGAAGGAATGTGTAGCACTTAGCCTCAAATCAGATAGGATATAAATGTGGAGTGTAATTTATTTGCACTCTGGCTTTTTAAGATAGTAGTTGCCAAAATCCAGTTTCCTGACCCCCATTTTGAAATGTCTGCTCTCACAGCTGTATAATGTATTAGCTTCAGTTGGGACTAGAGCTGAGAGTTTGATGTACACAGTTTTGTCATCCACATTATATGCTGTTTGTCTCTGAGGGATCCTGAGTTTGTCCATGTTTCTGAAACAACCAGTCAAGGTGTATTTTGAGGAGAGGGGAGTGAGGGCTGAGGTATGTTGTCTGGTTCTGATTGGTATCACATGAGCTGCTGAGCTGAAATCACAGTGGTTTATTTGGTGTCTTGCAGGACCCAGCCTTTATATGTTAATGTTTTTCCCTCATTGGTATGGGATACCTACAGGATGAAGTTTCAGACTTCATAGCAAGGCCTCTAGGACTGTTCTTCCTTTGTCTCCTCACCTCCAATCATATGCCCCCTTAATTCTTTTTTTTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTTTCGCCCAGTCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCAGCTCACTACAATCTCCGCTTCCCGGGTTCAAGTGATTCCCCTATCCCAGCTTCATGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTACCGTGTTGGCCAGGCTGATCTCAAACTCCTCACCAAAAGTGATCCACCCACCTCGGCCTCTCAAAGTTCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCTGCCCTCCCCTAACTCTAGAAACTTCTGAACTGTATGTATTTCTACTTAAATGTCCCATTCTTTTCCCTACACCTTGACTTTGCATAGATTGCTATTTACCAACCAATAATTTTTCTAGTCAATTTCACAATGAAAATCTCCTTAATCTTCTTAAAGTTAATAACTTTTTTCTTATACTATTCCCAGATTATGTTCATAACTCTATTGTAAACTTCATCAGAGTGCCTTATTTTCATGTCTCTCACCCACCAAACTATACCTTCCTTGAGGGCAGAAATTGTGCCACCAAAAGGCAGATCCAAATACAGTCTGCAATGAAGTGTGAATAAAATTTAAAAACAAAAATTACTTTTAGATCAAAAAATGTTTTAGATGCTTTCTATAAATATTTTTTTAAAAATCACCTGCAGTTGGTTCTATAGTGAGATATAAAACTGAACAACATTCCAAAATCTTAATTTTTTCTTAAAAAAAATTTCCCTGGTAGTTAACAAGTATTTTTTATTTGTACTCACTGTAATTTTCTCTGATTAAGTGTTATTTGGTCACACTTCTCACTTGGCTTTCAAGCCTGCTTTCAATTTATAAGAACAGGAGAAAAAAGAATGCTATAGCAAGTATTTAAATGTAGCAGTTATAGTATAAGAGAATTTTTAAGGAAAAGGGTGATACAGTGATATGTTTTTTTCTGCTTAAAACATCACTGTCAGTATATTTTTGGATCTTGAAAGATCTCTTGTGTTTATGGCTTGGGGCCTGCTTGCTAGGCTTGACTTCAGTACTGTTTACTAAATTATAGCACTGCAATAAGACATTTCACCAATATGATATTGAAGCATAACAAGTTATTTCATAAGGAATGGTAATTATCTAACATTCTAAGCAAATTTGGCAGTGTGACTTGGTGGGGCGCAGTGCTGTCCCTGACACAATGACAGCCTTACTCTCTAAATTAGTAACTTCCGTAGGAGACCCCAGAAGCACACCTCCCTCCCAGCAGTGAAAGCCGAGGATTCCCGTTTTGATTAGCAGGCGCCTTCTGTTCACGATAAAGGGATAAGAATCAGGCAGTGATGGCAGCGGAGTTCATGCTTCATTAAGGCAGGCATTGCAAACTAGTTCAGAGGAGAGAATCCACGATGACAGCACATTCTGTGCCATGGAGAACATTCTTAAATCAAGCCTCCAGTGGAGGAAGGACTCAAGAATGAAATAGCACCAGATAACGGGGCATCATTAGACTTGTAAAGCAAAGCTTCCATTTTCTATTTTTATATAAACCATTATTAATGCCTTTAAAACAACTGTGATATCTGGACAAATAAAATAGAAATGACTTCTTAAGATGATTGCAACTTTTAGTCTTGATTTATAAAAATTATTCTACATAATTTTAGTAGGGTAACTGATAATTTTTCTCACTTTTTTTTTGTTGTAG
Seq C2 exon
GGTGAAAATCCTATTTATAAGAGTGCCGTAACAACTGTGGTCAATCCGAAGTATGAGGGAAAATGAGTACTGCCCGTGCAAATCCCACAACACTGAATGCAAAGTAGCAATTTCCATAGTCACAGTTAGGTAGCTTTAGGGCAATATTGCCATGGTTTTACTCATGTGCAGGTTTTGAAAATGTACAATATGTATAATTTTTAAAATGTTTTATTATTTTGAAAATAATGTTGTAATTCATGCCAGGGACTGACAAAAGACTTGAGACAGGATGGTTACTCTTGTCAGCTAAGGTCACATTGTGCCTTTTTGACCTTTTCTTCCTGGACTATTGAAATCAAGCTTATTGGATTAAGTGATATTTCTATAGCGATTGAAAGGGCAATAGTTAAAGTAATGAGCATGATGAGAGTTTCTGTTAATCATGTATTAAAACTGATTTTTAGCTTTACAAATATGTCAGTTTGCAGTTATGCAGAATCCAAAGTAAATGTCCTGCTAGCTAGTTAAGGATTGTTTTAAATCTGTTATTTTGCTATTTGCCTGTTAGACATGACTGATGACATATCTGAAAGACAAGTATGTTGAGAGTTGCTGGTGTAAAATACGTTTGAAATAGTTGATCTACAAAGGCCATGGGAAAAATTCAGAGAGTTAGGAAGGAAAAACCAATAGCTTTAAAACCTGTGTGCCATTTTAAGAGTTACTTAATGTTTGGTAACTTTTATGCCTTCACTTTACAAATTCAAGCCTTAGATAAAAGAACCGAGCAATTTTCTGCTAAAAAGTCCTTGATTTAGCACTATTTACATACAGGCCATACTTTACAAAGTATTTGCTGAATGGGGACCTTTTGAGTTGAATTTATTTTATTATTTTTATTTTGTTTAATGTCTGGTGCTTTCTGTCACCTCTTCTAATCTTTTAATGTATTTGTTTGCAATTTTGGGGTAAGACTTTTTTTATGAGTACTTTTTCTTTGAAGTTTTAGCGGTCAATTTGCCTTTTTAATGAACATGTGAAGTTATACTGTGGCTATGCAACAGCTCTCACCTACGCGAGTCTTACTTTGAGTTAGTGCCATAACAGACCACTGTATGTTTACTTCTCACCATTTGAGTTGCCCATCTTGTTTCACACTAGTCACATTCTTGTTTTAAGTGCCTTTAGTTTTAACAGTTCACTTTTTACAGTGCTATTTACTGAAGTTATTTATTAAATATGCCTAAAATACTTAAATCGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000150093:ENST00000302278:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF079657=Integrin_B_tail=PD(6.7=10.7),PF087256=Integrin_b_cyt=PU(53.2=44.6)
A:
NA
C2:
PF087256=Integrin_b_cyt=PD(42.6=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains