BtaINT0089779 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010271 | MAPKAP1
Description
Bos taurus mitogen-activated protein kinase associated protein 1 (MAPKAP1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001081603]
Coordinates
chr11:96307558-96323385:-
Coord C1 exon
chr11:96323245-96323385
Coord A exon
chr11:96307696-96323244
Coord C2 exon
chr11:96307558-96307695
Length
15549 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
TCCTCCCCTCGGCCTTATAGGTA
3' ss Score
9.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCAAGGGCAGACGGGGTTTTTGAGGAGGATTCGCAGATTGACATAGCTACAGTACAGGATATGTTGAGCAGCCACCACTACAAGTCATTTAAAGTCAGCATGATCCACAGACTCCGCTTCACAACCGACGTCCAGTTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATCTCTGGAGACAAAGTGGAGATAGACCCTGTCACGAGTCAGAAAGCCAGCACCAAGTTCTGGATTAAGCAGAAGCCCATCTCGATCGATTCTGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCAGAAGAAAAAAGCCCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010271:ENSBTAT00000013577:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(10.1=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(9.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development