RnoINT0089569 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000017583 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1305363]
Coordinates
chr3:13662240-13676306:+
Coord C1 exon
chr3:13662240-13662380
Coord A exon
chr3:13662381-13676168
Coord C2 exon
chr3:13676169-13676306
Length
13788 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CTGCCCCTTTGGCCTTACAGGTA
3' ss Score
11.53
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATCTCTGGAGACAAAGTGGAGATAGACCCTGTTACGAATCAGAAAGCCAGCACTAAGTTTTGGATTAAGCAGAAGCCCATCTCAATCGATTGTGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCCGAGGAGAAGAGCCCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000017583:ENSRNOT00000023889:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(10.1=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(9.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]