MmuINT0095645 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038696 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444554]
Coordinates
chr2:34436712-34453080:+
Coord C1 exon
chr2:34436712-34436852
Coord A exon
chr2:34436853-34452942
Coord C2 exon
chr2:34452943-34453080
Length
16090 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CCCCCCCCTTGGCCTTACAGGTA
3' ss Score
11.99
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATCTCTGGAGACAAAGTAGAGATAGACCCTGTTACGAATCAGAAAGCCAGCACTAAGTTTTGGATTAAGCAGAAACCCATCTCAATCGATTGTGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCCGAGGAGAAGAGCCCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038696-Mapkap1:NM_177345:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=PD(1.3=8.3),PF054227=SIN1=FE(36.7=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(35.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: