BtaINT0091561 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000382 | MED27
Description
Bos taurus mediator complex subunit 27 (MED27), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001040546]
Coordinates
chr11:102008811-102055003:-
Coord C1 exon
chr11:102054910-102055003
Coord A exon
chr11:102008919-102054909
Coord C2 exon
chr11:102008811-102008918
Length
45991 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TGCCCCCTTTCTTTTGCCAGGTG
3' ss Score
11.58
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGTTGACGACGTGATTAGCCGCATCGACCGGATGTTCCCTGAAATGACCATCCACTTGTCCAGACCCAATGGGACATCCGCCATGCTTCTG
Seq A exon
GTAAGTTCTGTCTGACCTGTCTGTAGGGACATGTGCATGTTTCTGTGTTGTCGGAGCTCAGGAATGGAAATTCAGTCCCAGTTAGATGGTGAAGAGTGTGTTTCTTCTCCTTACTGGCATTCTCTAGGTTAAAAATTCTGAATGCTGATTCCTTGCTTTTGAATGAAATCCCAGAGCCCATCTAAGAGTTCCCAGACAGGAAGTACAGTGTAAGACTCCCTCACCTATCAGTTTATGAGTTTTGGTGAATCTGTTTTGTAGTATCCCAAAGACAATGGAAATGCTCATCTGTTGGATCCTGCTGATAAAAACAGCCTCTTAAAACAAAAACAGGTTTTATAGGAAGTCATTTATAAAATTCATTCTGTATTTGAAGCAAGTGTCTGTGACCTTACCACTGACGGTTTCTGATTTTGTTGTTTCTGATGTGACTCTGCTCTGAGCAAGTTGGCCCTGTGACCTCACCACTGATGTTTGTATTCGCATAAATTCACCAAAGACAGGTGTGTTTGAGACTTCAGTGATGAGATGTTTTTCTGGTGCTCTGTGTCCTAATACACACTTGAAGAGCACAGATATTGAGGAGCCTCCACATTTGCAAAAAAGGAGCATTAACTGAGTGAGAGCAAGGTATTTGATGGTCATCATGGAGGCAAGCTTCAGGATTGAGTGTTTTTTACGTCTCGCCAGCACTGCTGCTCTGGGGCCTAGTGTGAATTTCTTGGACTTCAGCATTTTACTTTTGTGAACTTTTATAAATATCCAGTCACCCAGGATGAGTGACTATTCACTCAGTCCATTTACCTGAAGAGGACAGACTTATTGTGTGCGTAAATAACTTTGCTTGTTTGTGGCTGTGCTGGGACTTCATCGCTGGGCAGACTTTTCTCTTGCTATGGTGGGTGGGGCTGCTCTCTAGTTGCAGTGCGCTGGCTTCTCAGTGCAGTGACTTCTCTCGTTACAGAGCACAGGCTGTAGAGCACGAGGGCTTCAGTAGCCGTGGTGCATGGGCTTAATTGCTCCAAGGCATGTGGGATCTTCCAGATCGGGGACCGAAGCCATGTCTCCTGCACTGGCAGGCGGATTCTGCACCACTGAGCCACCAGGGAAGCCCCTCTCTTAAGAGGGGGAAAAGACATAGGATTATTAAATGGGTGGGATTTCATGTGAGAAAAAATTAAGTGACATTCATCTGGGTGACATGCTACTTTTCTTTAAAATTCTTCCAGTTAAAAAATATAGTGAATGAGATAACATGGTGTTCTTTCACTCGAAAAAGAAAACAGTTTGTACCTGTCTACAAAACATGCGGTATTTTCTGCCCCCTGTTAAAGGTACAGATTGTCTACATGTTAAGATCCTCTAAACCCAGTGGCCAAAACATAAATCCTGCTCCCAGGATGCTTGACAGGGACCAAAGAGTTAATGAAGATAAAAACGAAAGCGTCTGCAGCGAGATAGGTTTGCTCAGATTATTTCTGGGTCGTTGGGCTTCCATTTCCTGATGAAGGTAGGAATTTGGCGTTGATGGGAATGAGCAGAGAGAACAGGATTCTGGGTAAACAGGGTTAAGATATTAGAGTTACTTCCACGTGAGAGAGTGGGCTTTTATTTCACCGTGACCTGTCAGACTCATCTGCTTTCTCACCAAGCTTCTCTTTTAATAGGCTGATGAGAGTTTAGGGGCTTGAGTCAAGGGCAGAATTCTATTTTATACACACCATTTTGACTGCCATGAGTGGCTAATTCAGATCACTGTGCATCTGGCCAGCTAGCTGTCATCTTCCCCAGTTGACATGGGAATTCACACGAGGTGGGGCCTATTTACAGGAAGAACACTGGGTGATCTGATTCAGAATCAGATTGCCAGGTGGATAATCATACTTTTAACATGATGGCTTTATTTGGCTTTTACTTTTAAAAGATGGTATTTTATTAGATGGCAGGTTTCTGTTCCACTGCTGCCACCCACGTCTCTGAGGTCGAAAGGAATTTTCCCTGGGGTGGAGAGCAGGACCGGGGCCTGCCACCTCCCCTCCTACCCTTGCCAGTCGCCTCTTCCCTGGGGCGGTGGAGGAGGTGTGGGGCCCGTGCTGTAGGCAGTGGGGAACCACTGCATGAAGTTCAGGCAAGAGGTCAAAGCTGTTTTCTGGAGCGTCTTCTGAAGTGAGCTTTGTGAATCTGGGAGGCAGGTACCCTGAGAGTTTGGGAGGCAAGTGAGATTGAAGGGGAGGCCAGCCAGGCTTCCGTGAGTACAGGCAACAGAAGCCTCCTCTGATGAACTTAAAGACGAAAAGCCTTGCCTTTTGTCTTTGTTTTGCTCTTTACTGATGCTGGCTGGTCACAGACATGAAGATAGAGCTGCTCTGTCAGGAAGAAGAGAAAGCAGGATGGCTCCAGGGTGTCAGGAGCAGGACTGCATCCCTGGGGACCCTGTGGCCCAAGTGATTGGGCATCAGCTGCCTTCCATCCTTTTGCCCATGCCTGTACTCATGCATCCAGGGAGAACACTGCCGCTGGCCTAACCTGGGGTTGGGGGGGGGGGGTCCTGCTTTGGTAGGCCCCCAGAACCACCGTGGAGTAGAGGGGGTCATTCCCCCCAGGGAAGGGAAGCAGGGCCAAGAAAGCAGCAATCGCTGACACAGTAAGTGTCCCCGTCCCTGAGGAGGCTGGGGTTTACCTAGCCTCATCTCCTCTCACCCTCATCATGCCCTCGAGGGAGGCAGCACCGATTGTTTTCATTTTACAAGTGAGGAACCCGAGGTGGTGGTTTCTCCTGGGTCGTGGGGCCAGGACACTGCTCCCAAGCCTCCAGGATGCTCCTTGCTCCCATCCCTGATTGTAGTTCATGGTGGTGCTGAGTGAGATTTGGACGACCAGGGGACTTCCCTGGTGGTCCAGTGGTTAAGACTCCAAGCTTGCACTGCAGGGGGCACGGATTCAATCCTTGGTCAAGGAACTAAGATCCCACATGCTGCACAGTGTGGCCAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGATTTGGATGACCAGAATTACCAGGCAGGTAATTTTTCCTTATTATTTTTTAAGTCATGTCATTTGTATGTCAGTTATAAAGTCTAATGTTGAACACCTGAGCTCACATCCAACCTAAGAAGCAGAGTATAACCACTGTGCTCTTCTCCTCAACCCCCACCCTTCCCAACAACATCACCACCATCCTGATAATCATCTCCTCTTCCTTTTCTAAGTGTGAGTTACCACGTGGACATGTATCCCCATATGTATCCCCGAGTAACGTATCATTGAGTTCTGTTGAATTTTGAACTTTATAAGAACAATATCATATTGTGTGATTGTTTCTAACATGCAGCCATGTTGGTGGTTGTGTGTGACAGTCTGATCATCTTCTTGGTTGTGTGATGGTTCAGTCTGTAACCATGCACACTTTATTCTTTCTCCAGTCACTGTGTGTTTGGGTGGTTTCTGGTTTTGCTTTTTAAATAATGGTAGTATAAGGACTTCCCTGGTGGTGCAGTGGATAGGAGTCTGCCTGCCAATGCAAGGGACACAGGTTCGATCCCTTTTCCGGAAAGATCCACATGTTGCGGGGCCACTAAGCCCGTGTACCGCAACTACTGATGCCTGCGCGCTCTAGGGCCCGTGAGCCACAGCTACTGAATCCTGTGCGCCCTAGAGCCAGCACATCGCGACTGCCGAGCCTGAGTGCTGCGACTCCTGAAGCCCACGCTCCTAGAGCCTTGCCCCACCAGCAAGAGAAGCCACTGCAATGAGAAGCCCACACACACAGAGATCCTCTGCAGCTGGAGAAAGCCCGCATGCGGCACCGAAGACCCAGCGCAGCCAGAAATAAGTTAAAGAAATAAATAGAGCCGTGTGTACGTGTCAAAAGTAAATAAATAAATAATGCTGGCATGAGCATTCTTGTGCATACACCGGGATGTATTTTTAAGCTTTATCCCAAGCCATTGAGCCAGTGCAGAGCCCTGTCTAGCAGAGGAAGGGGCATGTTGGGAGCACTGGGGTAGATAGCTTTCCAAAAGTCACACAACTGTAAGGTACAGCGGTGTGCTGCCCACGTCCAGAAATGACTAGTTACTTCTCCACGATCAGCCTGTTCCCTGGTTTTGTCATCAGTATAGATCTCTTCTGCTTTTGGTATGTGAGTGCACAGGGGCTTTTGGATTTTTTTTTGTGCACGCATGGGGAAATGGCATAAAGTCACTGAAGTCTAGAGCATTCCGTGAACAAGAGGCAGGCTTGGTGACCCCGTTTGGTTTCCTCCTTCAGCAGGCAGTCCCTGCCAAGAAGCAGCAGAGTGCCTTTGATCTATAGACATCGGTTCCTGGGAGTCCCAACCTGTCATCATAGCTTCTTTACAGTGTAGGAGGGGAAAGGAAAAAATGAGGGCTGTATATAGAAAAGGTGCGTTGTAAGGCAATTTGGGATCAATGTGGCTCCTCTAAAAGCTCAGCCTGCCTTTCCTTGTCCTGGAGGCATCAGGCTTCAGAGCCTGTGAGACTTAGGAGCAATCACTTGTGGGCCCGGGCTCTGTGCTTGACCTGGAAGCCCAGGCACACACCTGCTGATGGACCCACGGGGAGCAGGGCACAGGAGACAGGGTGGAGGAGAGAAAGGGGGACCGACAGAGGCGGAGTCAGGGTTCGCTGTGTGACCCCACGAGTGACACAGAAAAGCGTCCTTCCCTTCTGAGTGTGTCAGTCTCTCCCCACTGCTGCAAGGAGGACCTGTTGCTTAGGGGAGATGGAGCAGGCCTCAGTACTAGCCTGCTTCCAGAACTCTCCGGGCAGTTATCATCTGAACTGCTCCTGGCGTCTCTGTGAGCCTGGGGTCACCACCGACTGGAGCCTGGACAGCCCAGTCGTGGCTAATGCGAAGTCTAAACTTTCAGCCTCTTACGTAAGCCTTAATTGCTGTGGCCGGCTCTGTTCGGGGGCTGTTTCATGTTGTGTAAGTTAATAACTTATGATACAATGAATCCTGCT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Seq C2 exon
GTGACCTTGGGAAAGGTGTTGAAAGTGATCGTCGTCATGCGGAGCCTGTTCATCGATCGAACGATAGTGAAGGGGTATAATGAAAACGTCTACACAGAAGATGGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000382:ENSBTAT00000000493:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF115713=Med27=PU(3.4=8.3)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development