HsaINT1022725 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000160563 | MED27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2377]
Coordinates
chr9:131893885-131939474:-
Coord C1 exon
chr9:131939381-131939474
Coord A exon
chr9:131893993-131939380
Coord C2 exon
chr9:131893885-131893992
Length
45388 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
GCTTACATGTGTTTTGGCAGGTG
3' ss Score
8.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGACCTTGGGAAAGGTGTTGAAAGTGATCGTCGTCATGCGGAGCCTGTTCATTGATCGAACAATAGTAAAGGGATATAACGAGAATGTCTACACAGAAGATGGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000160563:ENST00000292035:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115713=Med27=PU(1.2=3.1)
A:
NA
C2:
PF115713=Med27=PU(3.4=8.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains