MmuINT0097505 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026799 | Med27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1916225]
Coordinates
chr2:29326813-29355846:+
Coord C1 exon
chr2:29326813-29326906
Coord A exon
chr2:29326907-29355738
Coord C2 exon
chr2:29355739-29355846
Length
28832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
GTGTACTCGTGTCTCCACAGGTG
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGTCGATGACGTGATCAGCCGCATTGACAGAATGTTTCCAGAGATGTCCATTCACTTATCGAGACCCAATGGGACTTCAGCAATGCTTCTG
Seq A exon
GTAAGACCTGCTTGCCTGTTTGTGGGGACGTGTGGAGGAATAACCTGTCTTCAAATTCAGCTCCCTTTGTAAGCAGAGGAGATGGCACAGTCAGTAAAGTGCCTCACTCAGGTTGAATCCCTAGGCTCATGTGCACAGCCCAAAGCTGTGTGTGGTAACTGTAAGCCCAGTGCTGGACAATGGAGGCAGGAGGGCCCTGCAGCATGCTGGCATGGTGGCCCAGCTGAATGGGTGACAAACCTTGTCTGAAAAAAGATAAGGTGGGGGGTGACAGCTGGCTTCCACCTCTGGTCCCCACATACCAACCTATATGGTTTCTCATTCTGAGGCTCACTGGGAGCATGCCAGTCCACTGCACACACAGAGCTGGCTCTGCTCCCTACATAGGACACCCTGCCAGTTCACTGTCTACCCACACCAACATAACCATAAAATCATAAAATTGCCTTTGTTGCTACTTCATAACCATAGTTTTGCTACTGTTTTACATTGTAAGGTAAATATCTGTTTTTGATGGGATGGAGACCCACAGGATAGAGCCATTGCTCTAGCATAGACACTACACTCTGTGTCTATGTGCTTTTGAGCACATTGCAGTCCCAGGTAAGAGTTAGAGAGAGGTACTATAAGCTGCTTGACCTCGAGTCAGACCACATGACAGCCTCCCCAGCAGCATTGGGTAAATTTTATATTTTCTCTAAGAGATTATACTGGGTGATTCTCAGCTGGTCTCCTGGTAAAGAAAATGGACACACTGTGGCCTCGGGACTTTGTGGTCCATGAAAGTCATTTACCACCCTCACATGTTAAAAGAAAGCCTCTGGCTCTTTGCTACCACTGACTTCTGATTCTGTTGTTTCTTTGGGTTTGCACCGAGCGTTCTGGCCTCACAGACCACTGATGTTTAAATTGACCAAAGGCAGTGTGCTTGGAGTCCAGTGGCCTAGGGATGTGTTGTGGTATCCATGAGAAGGTTTCTGGTATCCATGTGGTGGTCGGCACCTGAGGGGCACCTCTTGGGACACATGTTTCATGGCAGTATGTGCAAGGGGATGGGCTTTGGTGGATATCGGGAAGGCAAGGCTCTGCATGTAGTGTTGCTGCCTTAGATGCCCTGGGAACTCCTACTGCTATGGCATTCTCCTTATGGGTCACCATCACCCAGGTAAGCCGTTCTTCACCCAGCCCCTCCCATCTTGGAAACGCTGATTGTTTATGCATGTTTCTTTTGACTGGTGAATGGAAAGGATGTGAACTTTCTAATTTTGCAATATTTCATGTATGTGTGTATTTGATATATAGATGTAGATAGATTTCTGAAGTCCATTTGAGCAGTTTTCTCATCGTGGACTAAAATATAAAAAAAAATATACAATACAGTATTCCTTTGATAGAAAAATAAAGCAGTTTTCTTTATATAAAAGGTATTCCCTGCTTCCCTCAAGCATGCTCATCATGCATGTAAGGTCTCCTTAGACCTCACAGCAGTGCACAGATCCTGTTGGCAGATCTGACAGGGACCAAAGAGTTAATAAAGATAAAAACGAAGCATCCTCAGCGAAATAGGTTTGGTCACATTATTTCCAGGTCATTGAGCTTCCACTTCATGAAGAGGATAAGAATTTGGCATTGAGTGGGATGAGCGGGATTAGAGGCAGGCAGGCAGAACACTTAGTTCTACCACCTGACAAAGCAGGCAACTTGGGCCTGTCAGCCTCAGCCACGGACTCATGGAGCTTCTGTTCTGATAGGCCGATAAGAGAGGGTGGGGCTCCATGCAAGGGGAAGAACATGCTTAACTAACAAGGACTGTTCAGGTATATGTGCCTCTGGCTGGCTTGTGTCACCTATCTTCAGTGACACAGAACTGCAGTCAGTGGCACTTGTTTATAGTGGAGGTGGGTGACTCAGTCAGAATCTCATGGCAGGTGAGTGACTGTACTTTGGCCATACCTCTTTTATTTGGCTTCTCCTTGTAAGCAATTGCCGTAGTTTTGCAATGTTCTAAGACTATGTGTATGTGCTATTCATACCCCATCTTCTGGATGGAGGTGGGAGGTGACTGTCACCTTGAGGGTGAGGGAGTCAGGACCAGCCCCTGCTGCCTCCTCACTAACTTTGCTAGTCACCCATTCCCTGACACACTTGAAGATATGTAGTGCATCACCACAGGAGACATAGGCAAGAAGAGAAAGACTTCCTGGAGATGGCTCTCAAAAATTGGGCAACAAGCGGGACTGGTAGGAAGGGGCAACTGGTAGTTGGGGGACTTGGAATAGGACAGGCCAGTAGTCTCCCTCCCTTGCCAGAGCCTGCACTTCACCCATGCTTTGTAAGTGAGGTGACATTTCATCCCAAAGCGAGCAACAGAGCCTGTCCAGATCACATAAGCAAACAAAGCTGTTTCATGATACAGGGTGCTCACATAGTAGAGATCCAGCTGACCTACCCAGTGGAACAAATACCAGGGCTCCATGAAGCTCCAGACATGGGATGCAACAGCATCTTTCTAGTACTCTGCCTGGGGTTTGTTATCCAGCCTCCCACCCTTACCACCCTGAAAGGAGCTTCCTGGTAGCCTCACCTGAAGTTGCTCCCCTCTCTTTGTTGGGGTGGATAGTCAGGACTTGGATGCCCTACACAGTGTGAGAAGAAGAGAGGAAGTAATTCCCTAAGGGGCTGAGAAAGCAACCCTGCACTTGATAAATGAGCTGTGCAGCACTCAGCTGTCCTCCCAGCAGCCCCAGCTGTGTTCATCTGACTAGGACTCCCTCCCCATCCTGTCAGCAAGCCCCCAGGGTACGTCATCTGAGGACAGACGACTCATTCTGATGGCATAAACACATCTTTAGACTACTGGGCACTGTGCTGGTGACTTTTTTTTTTTAATGTAATTGGATAACTACAATGATCAGTATAACATATATGTAAATTATAAAGCTCACCACTTAGCTGAGAAGCAGGACAGAGCCAGCGTGTGTTGTTCCCCTTAGCTTTGCCACCTGAGATTATCTTCCTGAGAACAACCGTCCTTCTCCCTTGCACACCAGTGTGCTCTATGTGCATGTGTCCCTAACTGTCATGGAGTTGTGAGCTGTATAAAAATAGTACCATGCTATATGCGTTGTTTCTGCCATGTATACTGTTGTCCAATACAGTCCATCTCATGACTCTTCACATGCTATTTCTGTTACTGAGATATGCTGGGATTCTTTCTAGCTTTGCATTTTATATCACATGCATGCATGCATGCGCAGAGTCTTAAACCCCAGTCAAAGCCTCATTTCCCCCAATTTCACTGATGTTAGAAGTCTCCAGTTTCTGCTGTGTGAGTAGAGAGAAGGTTCTTGCTTCTACATCTGCATGGGAATCGGCAGAGTCACTGACACAGGCATGGTCTGGGTGAACCCATTTTGGTGTTCTTACTCTCTAGGCAGTCTGAAACTGGAAATCCCACAGCCATAGTTGACAGCCTTTCCACTGTGTAGAAGGCACAGGGGAAACAGGGCAAGTTGACACTTTCTGGTGCTTTGATCTTAAGCAGTTGGAGTCTGCTTGGCTCATCCAAAGCCAAAGAAACTCTGTTGGTTTGTAAGCATCAGGGCTTCAAGCCCCTCAGAGGTAGGAGCCATCACCATCCACCCAGGACATTTGACCTGGGAGGACACACTAGGACCTTCTTTACCACCAGGGTAGCACAGGCATGCAAGCTGTGATGAGCTAGAGGCAAGTAGGTGCCTAGTAAATACAGAAAGGACAGAAATTGTGGTCGGCCTCACTGATATGCTTGGTCTACTGGCAGAGTAGAGCTCTACCCCTCTACCTCCACCCTGACTCCTTGAAGGGGACCAAACTGAAACCAGCCAGCCGACTGCTGGGGATGTCTCCTTTGGTGTCTTCATGAGCCTTAGGTCATCACCTGTGGCCTGTACACCAAACTGTAGCTACTGTGCCTCTTGTGTGCAGCATGCATGCTCTGCTTGCTGGGAGTGGTCCTGCTGCTGTGTGAGTTGGTAGCTCGTGGTATAATGAGGGCTGCTGCTGTTCTCGGAAGGATGATCTCAGTCATCCAGAAATAAACCTAGCTGTGTTGATATTTAGTCTCAGCTAATCTACTGCCTAACATCCCATTATTAATTTTCCTCCAACAGTCAAAATATTGTAAGAGCTTAACTGAGTCAGACTGGAACAAGCTGCTGGCTTCTCGCATCGCTTAAAGCAGTATCATCTCCAGTTTTTGACTGATAACTAGGTATAAGAAAATAAGAAAATGGAACTTTCGCTGTAATGTTTGAAATTACCCTGGTAGTTTGTAATGTTAATTTAGATGTTAATTTGGTTTATCAAAACCTCAAGTTTGTGTACACATCTCTCCAGAGCTACACCTTAGCCCTCCTGCCTCGATGATACCTCCTTCCTTAAGCTGTTGGACAAGCTACTCCATGCCACTCTGCCCGTTATGTGAGGTTGGGAGACTCCCTAACACCTAAACTGTTCCCTGCTGCTGCCACTGGACTTTCAAACTGAGTTCAGTAGCTCTGGTGCTTGAGCAGTCCTCAGGCCCACGGGGTAGTTTCCCACAAATGCACATTCCTTGCAGGCTACTTAGAAATCCTGAGTTGCTGGCCTTATGCAGACCCCTGGATCTCCATGTGCCCTGTTCCCCAAGAGCAGGTTAACTCCTAGGAAGATGACAACCCGTCCACATACACATTGAGAACCACTGCCTGCACCCAGCAGTTGTGCTTCTATAAGTGAGTCCAAGAGAAACTTTCCTGGGATCACTTGGGATACAAACACAGGGAACTAATCAGACACCAACTAGAGTTCCCTGGAAGCCCAGCCTTTTGGCATGTCCCTGCCCTGGTGTCAAAGTGACCGTGAGCTGTGCTGGAGAAGAAGCCCATCCTACCATTCAGTGAATTCTCTCTACAGCACCAGGCAAGAAGGGCATAGACCTCGGTGCTGGAGTTCCCACGCTGCCAGGTTTGCCAGTGAGT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026799-Med27:NM_026896:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.004 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF115713=Med27=PU(3.4=8.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: