DreINT0094899 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009681 | med27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1601]
Coordinates
chr8:11867667-11897106:-
Coord C1 exon
chr8:11897013-11897106
Coord A exon
chr8:11867775-11897012
Coord C2 exon
chr8:11867667-11867774
Length
29238 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
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3' ss Score
10.95
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF115713=Med27=PU(3.4=8.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]