MmuINT0097505 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026799 | Med27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1916225]
Coordinates
chr2:29471293-29500326:+
Coord C1 exon
chr2:29471293-29471386
Coord A exon
chr2:29471387-29500218
Coord C2 exon
chr2:29500219-29500326
Length
28832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
GTGTACTCGTGTCTCCACAGGTG
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGTCGATGACGTGATCAGCCGCATTGACAGAATGTTTCCAGAGATGTCCATTCACTTATCGAGACCCAATGGGACTTCAGCAATGCTTCTG
Seq A exon
GTAAGACCTGCTTGCCTGTTTGTGGGGACGTGTGGAGGAATAACCTGTCTTCAAATTCAGCTCCCTTTGTAAGCAGAGGAGATGGCACAGTCAGTAAAGTGCCTCACTCAGGTTGAATCCCTAGGCTCATGTGCACAGCCCAAAGCTGTGTGTGGTAACTGTAAGCCCAGTGCTGGACAATGGAGGCAGGAGGGCCCTGCAGCATGCTGGCATGGTGGCCCAGCTGAATGGGTGACAAACCTTGTCTGAAAAAAGATAAGGTGGGGGGTGACAGCTGGCTTCCACCTCTGGTCCCCACATACCAACCTATATGGTTTCTCATTCTGAGGCTCACTGGGAGCATGCCAGTCCACTGCACACACAGAGCTGGCTCTGCTCCCTACATAGGACACCCTGCCAGTTCACTGTCTACCCACACCAACATAACCATAAAATCATAAAATTGCCTTTGTTGCTACTTCATAACCATAGTTTTGCTACTGTTTTACATTGTAAGGTAAATATCTGTTTTTGATGGGATGGAGACCCACAGGATAGAGCCATTGCTCTAGCATAGACACTACACTCTGTGTCTATGTGCTTTTGAGCACATTGCAGTCCCAGGTAAGAGTTAGAGAGAGGTACTATAAGCTGCTTGACCTCGAGTCAGACCACATGACAGCCTCCCCAGCAGCATTGGGTAAATTTTATATTTTCTCTAAGAGATTATACTGGGTGATTCTCAGCTGGTCTCCTGGTAAAGAAAATGGACACACTGTGGCCTCGGGACTTTGTGGTCCATGAAAGTCATTTACCACCCTCACATGTTAAAAGAAAGCCTCTGGCTCTTTGCTACCACTGACTTCTGATTCTGTTGTTTCTTTGGGTTTGCACCGAGCGTTCTGGCCTCACAGACCACTGATGTTTAAATTGACCAAAGGCAGTGTGCTTGGAGTCCAGTGGCCTAGGGATGTGTTGTGGTATCCATGAGAAGGTTTCTGGTATCCATGTGGTGGTCGGCACCTGAGGGGCACCTCTTGGGACACATGTTTCATGGCAGTATGTGCAAGGGGATGGGCTTTGGTGGATATCGGGAAGGCAAGGCTCTGCATGTAGTGTTGCTGCCTTAGATGCCCTGGGAACTCCTACTGCTATGGCATTCTCCTTATGGGTCACCATCACCCAGGTAAGCCGTTCTTCACCCAGCCCCTCCCATCTTGGAAACGCTGATTGTTTATGCATGTTTCTTTTGACTGGTGAATGGAAAGGATGTGAACTTTCTAATTTTGCAATATTTCATGTATGTGTGTATTTGATATATAGATGTAGATAGATTTCTGAAGTCCATTTGAGCAGTTTTCTCATCGTGGACTAAAATATAAAAAAAAATATACAATACAGTATTCCTTTGATAGAAAAATAAAGCAGTTTTCTTTATATAAAAGGTATTCCCTGCTTCCCTCAAGCATGCTCATCATGCATGTAAGGTCTCCTTAGACCTCACAGCAGTGCACAGATCCTGTTGGCAGATCTGACAGGGACCAAAGAGTTAATAAAGATAAAAACGAAGCATCCTCAGCGAAATAGGTTTGGTCACATTATTTCCAGGTCATTGAGCTTCCACTTCATGAAGAGGATAAGAATTTGGCATTGAGTGGGATGAGCGGGATTAGAGGCAGGCAGGCAGAACACTTAGTTCTACCACCTGACAAAGCAGGCAACTTGGGCCTGTCAGCCTCAGCCACGGACTCATGGAGCTTCTGTTCTGATAGGCCGATAAGAGAGGGTGGGGCTCCATGCAAGGGGAAGAACATGCTTAACTAACAAGGACTGTTCAGGTATATGTGCCTCTGGCTGGCTTGTGTCACCTATCTTCAGTGACACAGAACTGCAGTCAGTGGCACTTGTTTATAGTGGAGGTGGGTGACTCAGTCAGAATCTCATGGCAGGTGAGTGACTGTACTTTGGCCATACCTCTTTTATTTGGCTTCTCCTTGTAAGCAATTGCCGTAGTTTTGCAATGTTCTAAGACTATGTGTATGTGCTATTCATACCCCATCTTCTGGATGGAGGTGGGAGGTGACTGTCACCTTGAGGGTGAGGGAGTCAGGACCAGCCCCTGCTGCCTCCTCACTAACTTTGCTAGTCACCCATTCCCTGACACACTTGAAGATATGTAGTGCATCACCACAGGAGACATAGGCAAGAAGAGAAAGACTTCCTGGAGATGGCTCTCAAAAATTGGGCAACAAGCGGGACTGGTAGGAAGGGGCAACTGGTAGTTGGGGGACTTGGAATAGGACAGGCCAGTAGTCTCCCTCCCTTGCCAGAGCCTGCACTTCACCCATGCTTTGTAAGTGAGGTGACATTTCATCCCAAAGCGAGCAACAGAGCCTGTCCAGATCACATAAGCAAACAAAGCTGTTTCATGATACAGGGTGCTCACATAGTAGAGATCCAGCTGACCTACCCAGTGGAACAAATACCAGGGCTCCATGAAGCTCCAGACATGGGATGCAACAGCATCTTTCTAGTACTCTGCCTGGGGTTTGTTATCCAGCCTCCCACCCTTACCACCCTGAAAGGAGCTTCCTGGTAGCCTCACCTGAAGTTGCTCCCCTCTCTTTGTTGGGGTGGATAGTCAGGACTTGGATGCCCTACACAGTGTGAGAAGAAGAGAGGAAGTAATTCCCTAAGGGGCTGAGAAAGCAACCCTGCACTTGATAAATGAGCTGTGCAGCACTCAGCTGTCCTCCCAGCAGCCCCAGCTGTGTTCATCTGACTAGGACTCCCTCCCCATCCTGTCAGCAAGCCCCCAGGGTACGTCATCTGAGGACAGACGACTCATTCTGATGGCATAAACACATCTTTAGACTACTGGGCACTGTGCTGGTGACTTTTTTTTTTTAATGTAATTGGATAACTACAATGATCAGTATAACATATATGTAAATTATAAAGCTCACCACTTAGCTGAGAAGCAGGACAGAGCCAGCGTGTGTTGTTCCCCTTAGCTTTGCCACCTGAGATTATCTTCCTGAGAACAACCGTCCTTCTCCCTTGCACACCAGTGTGCTCTATGTGCATGTGTCCCTAACTGTCATGGAGTTGTGAGCTGTATAAAAATAGTACCATGCTATATGCGTTGTTTCTGCCATGTATACTGTTGTCCAATACAGTCCATCTCATGACTCTTCACATGCTATTTCTGTTACTGAGATATGCTGGGATTCTTTCTAGCTTTGCATTTTATATCACATGCATGCATGCATGCGCAGAGTCTTAAACCCCAGTCAAAGCCTCATTTCCCCCAATTTCACTGATGTTAGAAGTCTCCAGTTTCTGCTGTGTGAGTAGAGAGAAGGTTCTTGCTTCTACATCTGCATGGGAATCGGCAGAGTCACTGACACAGGCATGGTCTGGGTGAACCCATTTTGGTGTTCTTACTCTCTAGGCAGTCTGAAACTGGAAATCCCACAGCCATAGTTGACAGCCTTTCCACTGTGTAGAAGGCACAGGGGAAACAGGGCAAGTTGACACTTTCTGGTGCTTTGATCTTAAGCAGTTGGAGTCTGCTTGGCTCATCCAAAGCCAAAGAAACTCTGTTGGTTTGTAAGCATCAGGGCTTCAAGCCCCTCAGAGGTAGGAGCCATCACCATCCACCCAGGACATTTGACCTGGGAGGACACACTAGGACCTTCTTTACCACCAGGGTAGCACAGGCATGCAAGCTGTGATGAGCTAGAGGCAAGTAGGTGCCTAGTAAATACAGAAAGGACAGAAATTGTGGTCGGCCTCACTGATATGCTTGGTCTACTGGCAGAGTAGAGCTCTACCCCTCTACCTCCACCCTGACTCCTTGAAGGGGACCAAACTGAAACCAGCCAGCCGACTGCTGGGGATGTCTCCTTTGGTGTCTTCATGAGCCTTAGGTCATCACCTGTGGCCTGTACACCAAACTGTAGCTACTGTGCCTCTTGTGTGCAGCATGCATGCTCTGCTTGCTGGGAGTGGTCCTGCTGCTGTGTGAGTTGGTAGCTCGTGGTATAATGAGGGCTGCTGCTGTTCTCGGAAGGATGATCTCAGTCATCCAGAAATAAACCTAGCTGTGTTGATATTTAGTCTCAGCTAATCTACTGCCTAACATCCCATTATTAATTTTCCTCCAACAGTCAAAATATTGTAAGAGCTTAACTGAGTCAGACTGGAACAAGCTGCTGGCTTCTCGCATCGCTTAAAGCAGTATCATCTCCAGTTTTTGACTGATAACTAGGTATAAGAAAATAAGAAAATGGAACTTTCGCTGTAATGTTTGAAATTACCCTGGTAGTTTGTAATGTTAATTTAGATGTTAATTTGGTTTATCAAAACCTCAAGTTTGTGTACACATCTCTCCAGAGCTACACCTTAGCCCTCCTGCCTCGATGATACCTCCTTCCTTAAGCTGTTGGACAAGCTACTCCATGCCACTCTGCCCGTTATGTGAGGTTGGGAGACTCCCTAACACCTAAACTGTTCCCTGCTGCTGCCACTGGACTTTCAAACTGAGTTCAGTAGCTCTGGTGCTTGAGCAGTCCTCAGGCCCACGGGGTAGTTTCCCACAAATGCACATTCCTTGCAGGCTACTTAGAAATCCTGAGTTGCTGGCCTTATGCAGACCCCTGGATCTCCATGTGCCCTGTTCCCCAAGAGCAGGTTAACTCCTAGGAAGATGACAACCCGTCCACATACACATTGAGAACCACTGCCTGCACCCAGCAGTTGTGCTTCTATAAGTGAGTCCAAGAGAAACTTTCCTGGGATCACTTGGGATACAAACACAGGGAACTAATCAGACACCAACTAGAGTTCCCTGGAAGCCCAGCCTTTTGGCATGTCCCTGCCCTGGTGTCAAAGTGACCGTGAGCTGTGCTGGAGAAGAAGCCCATCCTACCATTCAGTGAATTCTCTCTACAGCACCAGGCAAGAAGGGCATAGACCTCGGTGCTGGAGTTCCCACGCTGCCAGGTTTGCCAGTGAGT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types