BtaINT0096204 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015325 | MTOR
Description
mechanistic target of rapamycin (serine/threonine kinase) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3942]
Coordinates
chr16:43298768-43308893:+
Coord C1 exon
chr16:43298768-43299018
Coord A exon
chr16:43299019-43308806
Coord C2 exon
chr16:43308807-43308893
Length
9788 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TGACCTCGTCTCTGTTTCAGTTT
3' ss Score
10.11
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTCTGTTCCAGCAGCTGGGAATGTTAGTGTCCTTTGTGAAGAGCCACATCAGACCTTACATGGATGAGATAGTCACGCTCATGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015325:ENSBTAT00000020386:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF118653=DUF3385=PD(7.6=44.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development