DreINT0098816 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053196 | mtor
Description
mechanistic target of rapamycin (serine/threonine kinase) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2974]
Coordinates
chr8:46254453-46257410:-
Coord C1 exon
chr8:46257160-46257410
Coord A exon
chr8:46254540-46257159
Coord C2 exon
chr8:46254453-46254539
Length
2620 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAA
5' ss Score
5.13
3' ss Seq
TCTCTATTTTGTTCCTTTAGTTT
3' ss Score
9.5
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGACTACAGCACCAGCGAGATGCTGGTCAACATGGGCAACCTGCCGCTAGACGAGTTTTACCCAGCAGTCGCCATAGTGACCCTGATGCGTATCCTGCGTGACCCGTCGCTGTCCAATCACCACACCATGGTCGTTCAGGCCGTGACCTTCATTTTCAAATCTCTTGGCCTCAAATGTGTGCAGTTCCTGCCTCAGGTCATGCCCACCTTTCTCAACGTCATCAGAGTGTGTGATGCCAGCATCAGAGAG
Seq A exon
GTACAATACTGTCCCACTGCATTCTACGTTATCTAAAGTCACCTTAATAACTAAATGAATAATTTGGTACAATCCACTTATTATGTACATACCTGTTTTTACATTGTACTTATATTTGAAAAAAAGATTTGCATGTAATTTACATCTCTAATTCTTTTGTGTTTTTAAAGTACACTGTTGTACACCTTAATCAATCGTTAAACCTACCCACACCACTAAACATGTCTCTAACCTTACCTGTCTCACCTAAGTAGCACCCCAATTGTAGTGCATTACAATATGAAAAGTACATTGCACTTATTTTTTGAGGCGAATACACAGTAAAAATGCTGCATGTAAGTTTTTGACTGTAAAGCGTAAAACTACTTTAGACAATTGTGCACGTCACTGCTGAGGTCATTGCTATTTAGCAGTGGTTCTCAAACCTCAGAAAAAGATTATCTTTCTAAGTAACCGGTATTGAAATATAGTAGCATAGTAGGCCTAATTAAGCAGCTACAGCACTGCACAATTCAAAAACCTGGCAGATGAATTCCTATAATAAAGAATATGTGGTCCCACTTTATATTAAGTGTCTTTAACTACTATGTTCTTACATCAAAAACATAAATACAATGTACTTACTGTTTATAATGTATTTGAGAACACTTGTGGTGCTTTTGAGTTGGGATAGAGGTTGGGTTATGGACAGGTTTGGTTGCATGGGTAGGTTTAAGGGTGGGTTAAGGTGTAAGGGATGGTCAAAAATGTATTTACAAATGTAATTACAAAAGTTAATTACAGATGTAATTACATACATGTATTTAATCAAGCATAAGTGCACAGTAAATACATGTATTTACACAATAAGTACATTGTAACAAACTATTAATTCATATGTAAGTACATATTAGTTAAGGCCACTTAATATAAAGTGGGACCGAATATGTATTATTGTCAGCCACTTTCAACATTATAAATAGTTTGAACATTAAATTGCGGACAAAACAAAAATTCTATCAAATAAAATGTGCTTTTGAAAGTTAATTAAAATGGTTCTGTTCTTAAAAAGTAAAAAGAAAACTGTTGTAATTGTAAAGTATTAATGCATAGTAGCTTATTCATCAAAACCTGGAAATGTTGCTTGAACCTATACGTATGTGTATATTTACACATTTTTTATACGTTTTGAAATATTAGCTGCATGAACATATGACATATGCAGATATCTTTGAAATCGAAACATAACTTGTATTTTAATATGATTTGGAATTACATATTTATATGAGAAATTGGCTCTGTTGCACATCAATTACAGTAGTCCTATGTGTGTCAGAAAAGTGAGTGATTAAATGCATATATATAGTGCTTGACCAACTCATACGTGCTGTATTTTTGTGATTTGGCGCCAATGAGATCACATCTTAGGTGAACGGCGAAGTTCACGCTAAACGATTACTGACCACTGTTTTGAAGCAGACTCTGGTTCAGTCTAAATCCTAAATCTGAGGTAACAAACTAAACCAAAAGCCACGCTCCTTTACAAAACAGATAACTTTATATATCGAAAAGACACATTATTTTACACAACTACGAGCAAATGTTTTAATACATTTGTAATAATGATTTTACCAGTGATGCAGCATGGGAAAATTCCCAAGTTGCAGAAGGGCTTTCTAGCACATGTGTTTCTGCTCCGCAAGTGCCGCGCACCTCTTCCTCTGGCTCTGCGCCAAGCAGACTGATTTTTAAAATCTGATGGCGCTAAAGTAAACATTCTAAGCACACTGGTGTAATCGTACGCTTCAGGGAACAGCCAACGTTGTCTGATCACTCGAGTCTCAGTGTTATGATTTGCATCAAAGGGTTAAAAGTGTGTTCATTTGATTTTTTTTATTATTCAGTAATTCTTCTGCGTACCACTAGAGGAAAGCCCGTGTACCACTAGTGTTATGCGTACCACAGTTTGAGAACCACTGTTATATAGTATTTTATGCTGTTGTACAGCCGTGAATAATTAAAAACATTTCAAATTTAAGGTAATAATTGAAACAAAAACTTAACAAAAAAAGACAAAAACTTGGTGTCATCAATCTGGCAACCTGCATTTGTGTGAAGTCATCGGAGGAGGTGCGGGGTGAAGAAGTGTTTAAATGTTTGCGTGCAATACCTAGTTCAACCACTGGGTGTCAAACTTACATACTGCACTTTTAAGGTCACTTAATATAAAATGGGACCAATTAAATTTTTATTCAGCTTTTTGAATTTTGTAATAAGATTTCACTTTCAACAACAACAAAAAAATTAACATTAAAGCATAAACTAGATGAGAACAAGATGTTTATCACTAGAATTCGTAAGTTGTATTATTCCTCCATGAAAATGATCAATTGTCTGTTAACAGACAGAAGTTGAAGTTACAGCAGTAGTCTGAGTTTATCACAAACTAAGGTAAACTTTTAGAATTTATGGCAAAATAATTATCATTACCTTAAAGTCTCTTTTAAATGCTTAAAATCAGTTTTAAATAGGTGAAATGTAAAGTAATTTAAAAAATAATTATTATTTAGGCAGTCAAGTTTCCATTGACCATGTCCTGTGTTCTCTTTCTCTAATTTTCCTCTCTATTTTGTTCCTTTAG
Seq C2 exon
TTTCTTTTCCAGCAAATGGGGATGGTTGTGTGCTTCGTCAAAATCCACATCCGGCCCTACATGGATGATATCTTCACACTAATCCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053196:ENSDART00000122801:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF118653=DUF3385=FE(48.5=100)
A:
NA
C2:
PF118653=DUF3385=PD(7.6=44.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]