HsaINT0106371 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198793 | MTOR
Description
mechanistic target of rapamycin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3942]
Coordinates
chr1:11216148-11228918:-
Coord C1 exon
chr1:11228668-11228918
Coord A exon
chr1:11216235-11228667
Coord C2 exon
chr1:11216148-11216234
Length
12433 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TGACCTCTTGTCCATTTCAGTTT
3' ss Score
10.4
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGACTATAGCACTAGTGAAATGCTGGTCAACATGGGAAACTTGCCTCTGGATGAGTTCTACCCAGCTGTGTCCATGGTGGCCCTGATGCGGATCTTCCGAGACCAGTCACTCTCTCATCATCACACCATGGTTGTCCAGGCCATCACCTTCATCTTCAAGTCCCTGGGACTCAAATGTGTGCAGTTCCTGCCCCAGGTCATGCCCACGTTCCTTAACGTCATTCGAGTCTGTGATGGGGCCATCCGGGAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTTTGTTCCAGCAGCTGGGAATGTTGGTGTCCTTTGTGAAGAGCCACATCAGACCTTATATGGATGAAATAGTCACCCTCATGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198793:ENST00000361445:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF118653=DUF3385=FE(48.5=100)
A:
NA
C2:
PF118653=DUF3385=PD(7.6=44.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development