MmuINT0102045 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028991 | Mtor
Description
mechanistic target of rapamycin (serine/threonine kinase) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1928394]
Coordinates
chr4:147846023-147855060:+
Coord C1 exon
chr4:147846023-147846273
Coord A exon
chr4:147846274-147854973
Coord C2 exon
chr4:147854974-147855060
Length
8700 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TGATCTCTTGTCTGTTTCAGTTT
3' ss Score
10.75
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGACTACAGCACCAGTGAAATGCTGGTCAACATGGGAAACCTGCCCCTGGACGAGTTCTACCCCGCTGTGTCCATGGTGGCCTTGATGCGGATCTTCCGAGATCAATCCCTCTCTCACCACCACACCATGGTGGTGCAGGCCATCACCTTCATCTTCAAGTCCCTGGGGCTCAAGTGTGTGCAGTTCCTGCCCCAGGTCATGCCCACATTCCTTAATGTCATCCGAGTCTGTGATGGGGCCATCCGGGAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTCTGTTCCAGCAGCTGGGGATGCTGGTGTCCTTTGTGAAGAGCCACATCCGTCCCTACATGGATGAAATAGTCACTCTCATGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028991-Mtor:NM_020009:19
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF118653=DUF3385=FE(48.5=100)
A:
NA
C2:
PF118653=DUF3385=PD(7.6=44.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: