RnoINT0095452 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009615 | Mtor
Description
mechanistic target of rapamycin kinase [Source:RGD Symbol;Acc:68371]
Coordinates
chr5:165287190-165295993:+
Coord C1 exon
chr5:165287190-165287440
Coord A exon
chr5:165287441-165295906
Coord C2 exon
chr5:165295907-165295993
Length
8466 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TGATGTCTTGTCTGCCTCAGTTT
3' ss Score
7.46
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGACTACAGCACCAGTGAAATGCTGGTCAACATGGGAAACCTGCCACTGGACGAGTTCTACCCCGCCGTGTCCATGGTGGCCTTGATGCGGATCTTCCGAGACCAGTCCCTCTCTCACCACCACACCATGGTGGTTCAGGCCATCACCTTCATCTTCAAGTCCCTGGGGCTCAAGTGTGTGCAGTTCCTGCCCCAGGTCATGCCCACGTTCCTTAACGTCATCCGAGTCTGTGATGGGGCCATCCGGGAA
Seq A exon
GTAAGTACTTAAAAACCCTTCCCTGCTCACCTCTGCTGCACTGCACCATGCAGACTTATCTGTGCCTCGGCTTCCTGACGCCACGCCCAGCTTGCACTGACACTGCCTCTCCCAACATGGCACCTAAGTGTTTAGCTGGGTCTGTCCGGTTGTCTACTTCATCCCCACTGGATATAGAGAATGAATAGCCCCGTGGAAGGGACAGCATTGCTCTGTAGCTCAGCTGTGGAAGGAACTGCAGGCCAGATTTCTGCTTGTTCCTCATGGCTAGACTTAAATCAGGCTGGGGTGGTTGTTGTTGTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTGTTCTTAAGGTTTATTTTTATAAATTTTAATGTTGTGTAGTTGTGGGTGTCTGTGTGGTGTGTACATGTGCCCACAGAGGCCAGAGGCATTGGGCACCCTGGAACTGGATGAGCCTGGTGGGCGCTTTGGATCACACTTGGGTGCTTTGGCAAAGATGCGCTCTTATCCCCTGAGGCCTTTCCAGCCCAGACCACCGTTGGATTGTACTCAGGGCCTCTGACCTGCTAGGCAAGGACTCTACCTCCAGCTGTAACCCTCTCGCTTTTATTCTCAGATAAGAGCTCGGTAAATTCTGTGAGCTGGCTTTGAGCTCGGAGCCCGAATCAGCCTTAAACTTGCAGTCCTCTTGCTTCAGCCTCCCTAGTATCTGAGGAAGGCAAGACAGAATCACATTTTTAGGGACAGTACTATACAGATGAAGTCACATAATTCTTACCAGGTCTAATGGTGTCAGTCTATCCTGTTATGGTTCATTCTAAATCAGAGCATGTGACCAGTACCTGGCAGTGAGCCCTCTCATGTAAGGCTTGCCTTGCTTTGTCACTGATCAGTAATCTGAGGTCACTCTGGAGAGTGACCATGCTGTTCCCTAGCTACATTTCACCCGGTGGCTTTTAGTATTCCTTGGTAACCCTTGAGTCTGGTGCTAAGCTGGTAGCTGCATTGTGGCTTTGTAGTTCCGTGATATAAGGAGTGGATTCATGATGCCTGTACCCATGCATGCATGGTGTGTGCACCACCAACACACACACCTCACTCTGGGGTCCAAGGCATGGTGTGTGCACCACCAACACACACACCTCACTCTGGGGTCCAAGGCATGGTGTGTGCACCACCAACACACACACCTCACTCTGGGGTCCAAGGCATGGTGTGTGCACCACCAACACACACACCTCACTCTGGGGTCCAAGGCATGGTGTGTGCACCACCAACACACACACCTCACTCTGGGGTTCAAGGCCAAGTGCAGTTCCTACTATGTTAGAATGGCCCCTGGGGGTTTGTAGGCTGTGCTCTGCTTGAAAGACTGTGCTTAAGTCCATTGTCTTCCCCTCCGTGAAAGACTTAGAGGAAGGCTGTAACTTTATAAACTGCTTCCTGACTTTGTGGCTAAGGTACAGAAAGGGTGGGGTTTTGTTTTTTAATCCCTTTTTAGGACAGGATCTCTATGTGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAATTTCTGGTCTCAAGGGAATCTTCCTACCTGTCCGGGAAGCCATGACTTGAGTTCTCTGCCGCCATGACGGGTTTTCAATTCACTTTTGTGCTTTGGTCTTAGAATTGTCAACCTCATTAGATTTTTAACTCCATTAGCTACAAATGCTCCCAGACTTTCATTCTAGATAGTTACACACTCTGAAAAATACAGGGAGTTTGGATGTTTTTCATTCTAAGCTGTAAATCATTCACTAGTATTTTCCGTGCGTCGCTGGGTCCCCCCTGCAGTGCTGTTTGAGTGGAAGGCGACTGCAGAGATCTACCCGCGGTGGTGATTTTCATGCTGACTTTTAACTGCTGTTTCGATTTTACCACTAGTTACAACTGTTCCTGTTGTAGGGTTTGAATTAATGGTTTTCAGAGTTTTTAAACATTCCTTTATAGTCTTAAATTATTAAAAGATTTTTTTTCTTTTTAACTATGAGTTGACACTGGATTTACCAAACACCTTTCTTTCGTTTTAATAATCATCCATGTCTTTTTCTCCTTTAGTGTCTTGGTATGTTACATTATGTTGAAATAAGTTCTAATATTCTTCGTGTTCATACTACTCTGGTTATGAGAGATTTTTAACCTACCAATACTGTATCTGATATTAAATTTAGAATTTTTTCATGAAATAGAATTAGTCTGTTATTTAGAAACAGCAGACTCAAGATTCATTTAGCTTTTTTCTCATTCTTAGGGGGTCTTAGGACAGCTTCAGTCTTGTCTGTGGAACAGTGGCTCTCCTAGATGATAGCACTGTCATTGTGAGGACGCTCTTGTCCTGCTGATGGTTTATATCTCCGTTTCTTGCTGGAGATTCACCGTAGTTTGGTTTGTTTATAGATAACAATTCTGTTGTATTTCTGTCTTGTATCTTTGGTTTTTTATCTCATGAATCTGTTCTTTATTATTAGTTTCCTCAATCTACTTTTTTTTTCTACTAAAAAAGTTAGTACTCCTGAAATGACAGAGCAGATAAAAATGTTTCTCACGTGAGCCTCACGACCAGAGTTTCTTTCTCAGAATCCCTGTAAAGGTGAAAGGAGAGCGCTGACTCCCTAGAGCGTCATCTGGCCTCTGTATGCGTGCTGTGTGGCATGCTCATACCATTCACCCACAATAATAAACAATTGTTTTAAAAAAAACAGCCATGTCCTGGCCAGTGGGTGTGCACAGACTGACAGACAGACAGACCCAGTCAGGTGAGGCCTGGTCATGTATTCCTGTAATCCTGGTACTGATGGTGCCGCAGGATCAGCAGTCTAAGGCCAGTGTGGTCCACATGTGACTCGCAGGTACAGAGCCTTATATTAGACAAGTAGGTCTCTGTTACCCTTGTTTCTTTCTTATTTTTGTTTTTTTCTAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGATCAAGCTGGTCTCAAACTCAGAGATCCACCTGCCTCTGCCAGGATTAAAGGTGTCACCTCTGCCCAGCATAAACATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTTGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCAACATCTTTTTTTTAAATGTGTGTGTCAGGGGGAATGTTCTTGGGGAGGGAAGAAGGTGTTTGATCTCCTGAAGCCTTGTTTGATCTCTTAGAAGCTGCCCAACATGGATGCTGGGAACCAAAGTAGGTCCTCTGCCAGCTTCGTGAACCTCTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTCCAGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGTGGTTGCTAGGCGAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCCAGCCCCCTTCATGAACCTCTTAACCAAGAGGTTATCTCCCACTCCCTCTTTCCTCCTTTTAAACTCAGTCTGTTAGAACTCTAAGTTTATGGGAGGCAAACTCCCAAGGATTGCCTTGCGTAGCTGCTTTTAAAATATTTTAAACTTTCAGAGCTTGGGAGATGGTTCAGTGCGTAAGAGGACTTGCTTGTGCAAGTTTGTGGACCTGGGCTTGGGTCCCCAGCACATACATGTGTCTGTTTAACTTAGCTATCTCCACACTGGGCTGAGGCAGAGGAAGGATGGCTGGGACTCATTGTAGACTGCCTAGCTGGAAAACAGCTTCAGGTACAGAGACATGTACATATACCACTCAGAAATGACACATGTTCTCGTGTATGCAAGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTTACTGTTTAAACTCTGAGGTAAGGGTTTAGGGAGATTCCACAGTTGGTAAAAATTCTTTGCTATGCAAACATGAAGACCAAAATTTGGATCATCAGAACCCATGTAAATAAAGGCTGGATGGACATGGCAACTCCTGTGATCTTTGTGCTCACCAGGCAGAGACAGGGCCTCCCCACAACAAGCTTGCTAGCGAAATCAGCAACCTCCAGGGTTAATTGAGAGGCTTTGCTTCAGTGTGTAAGGTAGCAAGTAACCAAGGAAGACACACTATATCAACCTGTGGCCTCCACATGCACACCCACACATATGCATACATACCCCACGCGTGTCTTTTTATGTGCATGAATGTTTTGTCTGCATGAACGTTTTGTCTGCATGTATGCATGTGCACCACATGTGTGTGTGCCTGATCTCTTGGAATTCAGAAGAGGGCATTGAATGCCCTGGGACCTGAGTTTTAGACAGTAGTGAGCTGCCATGTGGGATTGAACACATGTCCTCTGGAAGAGCCAACTCTCCAAACCCCTCCACATGCATCTTCATGTGCAAACATACCATGCACATACACATACCCCTCAGAAATTCTTTAAGATAAAAATGACATACTGTAAAGTTGGCTGTTTTGATTAAAGTTCATTGGGTTTTAAGGCATCAGACTGTGCGGTCACTACTAACAGTCTTAAGAATGTTCCCAGAAATCACTGCGGCCGTAAACCTCCTCTCCTGGTGGCAGCCATTCCCATTCCTGCTGCGTCCTAGAGCAGCCACTCATCCCCCCGTGTCCCTGAGTGCCACTTCTCCGAAGAGTTCATACGACTGATGGAAAGATGAGGCCTCTTATGTCAGGCCTCTCTCTTCCTTTCTCTCTCCCCGCTTTTAATACAAGGTATCTTGTAGCCCAGACTGGCCTTGAACTTACTCTCTAGCCAGAAACCCTTGATCTTCCTATCCCCCTGCCTCTGCTTCCGAGTGGTTGGCTTACAGCTGTGTGTATCAGCCCAGTTCCTGCAGTGCTCGGATGGAACCTAGGAGTCTGTACACACTAGACATTCTCCCAACGAGCTCCATCTGCAGTCCTGTGTCTAGCTTACTTACTCAACATAGTGCCTCTGGGCTTGGTCCATGTAATATACATTA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Seq C2 exon
TTTCTGTTCCAGCAGCTGGGAATGCTGGTGTCCTTTGTGAAGAGCCACATCCGTCCCTACATGGATGAAATAGTCACCCTCATGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009615:ENSRNOT00000014167:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF118653=DUF3385=FE(48.5=100)
A:
NA
C2:
PF118653=DUF3385=PD(7.6=44.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]