BtaINT0098283 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003955 | MYO7A
Description
myosin VIIA [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7606]
Coordinates
chr15:57385390-57395504:+
Coord C1 exon
chr15:57385390-57385617
Coord A exon
chr15:57385618-57395333
Coord C2 exon
chr15:57395334-57395504
Length
9716 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TGAGCTCTCCCCCTACCTAGGAG
3' ss Score
7.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTCCTCCCTGGGCAGTGGCAGCGACCACGTCATGGACGCTATCTCCCAATGTGAACAGTACGCCAAGGAGCAGGGTGCCCAGGAGCGCAACGCCCCGTGGAGGCTCTTCTTCCGCAAGGAGGTCTTCACGCCCTGGCACAACCCCTCAGAAGACAATGTGGCCACTAACCTCATCTACCAGCAGGTGGTGCGAGGGGTCAAGTTTGGGGAGTACAGGTGTGAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003955:ENSBTAT00000005191:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.013 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF093795=FERM_N=PD(47.3=56.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development