BtaINT0104235 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012137 | NTN1
Description
netrin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8029]
Coordinates
chr19:29219728-29254545:+
Coord C1 exon
chr19:29219728-29219781
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr19:29254471-29254545
Length
34689 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ACTGTGATTCCTACTGCAAGGCCTCCAAAGGGAAGCTGAAGATTAACATGAAAAAATACTGCAAGAAGGACTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012137:ENSBTAT00000016103:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0175916=NTR=PU(7.5=30.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development