DreINT0106966 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000105112 | ntn1a
Description
netrin 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-169]
Coordinates
chr6:23344479-23355171:-
Coord C1 exon
chr6:23355118-23355171
Coord A exon
chr6:23344554-23355117
Coord C2 exon
chr6:23344479-23344553
Length
10564 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
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3' ss Score
9.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTGTGAATCCTACTGCAAGGCATCCAAAGGCAAGCTGAAGATCAATATGAAGAAGTACTGCAAGAAAGATTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000105112:ENSDART00000157527:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.140 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0175916=NTR=PU(7.5=30.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]