HsaINT0116384 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000065320 | NTN1
Description
netrin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8029]
Coordinates
chr17:9182916-9221242:+
Coord C1 exon
chr17:9182916-9182969
Coord A exon
chr17:9182970-9221167
Coord C2 exon
chr17:9221168-9221242
Length
38198 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAC
5' ss Score
8.14
3' ss Seq
CCCCCCCCACCCCCCTGCAGACT
3' ss Score
10.17
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAACGGCCCCCTTCGCTTCTCATTTCCCGCTTTTGCTGGGTGGTGGGGTGGTGGGGTGGGTTAATGGGGAAGGGGCATTGGAAAGCCCAGACTCCTCTAACCACTGTCCGGGCTCTGCTCCGTATGAGTGGCATCCTGGGTTGCATTGAAGAAGCTGGAGCTATAGGACACTATTTTGTGGCTTTCCCTCTGAGAATCAAATGGAGGAGATTTTAATGATGCCTCTCTCCCAAGCCTGGAACCCTAAAAACTGAGCTCCTTCTACTTGTCCACCAGCTGCCCGCCAGCCCAACACCTTCCAGGCTGAGGGGTTGTCACTCCTTCCTGGGGCTGCAGAGAAGGAAGGAGCCAGATGCTGGGGATACAGAAGGAGGCTTGGGCACAGGGTCGCACAAGCAGAATGCAGGGGGCCCAGGAGCTGGGCGTGGGGGAGAATCACATCTTCATTTTCATTCGCCTCTAACTAAAAATTTAGCATTTCCTCCATGGCAAAGAGAGGCCGCAGACCGCAGCATGCGGCCAAGCCTGCACCGTGGTCACTGGCGGAAGTCACAGCGGTTTACACATCACATTCTAGCTGGTGCAGATATCATAAATATCGTTCATGCTGGTTATTGCTTCTCAAAACGACAGAAGTTACTAGACCTGCTGCTAGATCCTGATTTATAATCATTAATAAAGAAGCACTCGCGTAACGTAACCATACCATCAATCTGGGTCTTTAAAGATATTTGGGCAGCAGCATTTCAGTATTATTAATTTCCTTTGTAGACCTGTATATTTTATTTTAGCATGGGGAAATGTTTGTCTGAGGAAGGGTCCACAGGCTTCACCAGTCCTTGGCACAAGAAATGTTGCATAGCTCTGGCTGTCGGCACTCAGAGTGTACCGAGCCCTGCCAGATGCCCTGCTGAGAGCATCTCAGGCCTGCACCCAGAGTCCTGGTCCTGGGATCACACAGGACTTTTGTGTACTGGTACTTGGGGTAGAAGAGGGCAGAAAGTGACAGTGGGGCACCCCAGCATGGACATTCATGCTGGTGCTGGGGACTCTTTGCCTCCCCCAGAAAGGACTGTAGCGAGGGATGGGGGAGCTTGCAAACCCATGTGGCCCCCTGAATATTTTAGGATACAGACTGGATTTTGGAGAGTATTGGCAGTGCGCTGGAAACTTGAGGGAAGACAGATTCGGCACTTGCACAGGCATGGTCCACAGCCAGCAAACAGGAAAGGACAGAAATGCGTTTCAGGGAGTGCCAGAGGCAGCTCTGGGAAAGCCAAAGACAGTTGAGTCTTGCGTTGTTTGCAGAGCCTTTAGGGACTTTTGGTTGAGCCCCATGCAGGGGAAATGGCGAAGAGAAGGGATTGAAGGAAGCAGCATGACAGGGAGACTGGATGACAGAGCTAAGGTGGGAGATGAGGAAGCTCTCTCTGTCACAGCACAATTCAAAGGAACATCCTAAATTACTTCAGCTCTAGGGGAGAGCAGTTTTGAAGGTAGAAGACACTTAAATGAAACTTCGATTCTTGCTCTCTTTGATGTGACATTTGTCCTTGCCTAACTGAGACTCACCTGGACAAGATTTTAAGGCTGTGCACACCGCGGGGGGCTGAGGCTTCCGAGCAGGGGCTGTGTGACAGCTCATGCAAGGGCAAGACAGACCTCAATGATCTATCTCTCCATCTCCGTCTTTGTCTCTCACTCCCCCCATTTCTCTAGTCCTTGTAGCTTGACTTTGAGTTTCTCACAAACCCACAAACCCTTGATTTTGAATTTTTCCCCTTCCAAGTCAGAAATGGGCAAATGGGGAAAAATGTGGAGGGGAGGGATCTCATGAGGTTTCTACATAGGCTACAAGAAGCTGGTATAAAACTTCCGAGGTTCTTGGCTCCGCCAGACAAAAGATTCCGGAGCAGCCGCTTATAAACACTGGCAGCCTCCTTTTTTGAAATGTCTTCTTTGAGTTGTTTAACTTTTCGGACTGCTTTTGATTTTGTTACTGTTTATTTCCTTTCCTCATTCTGAACCTTTAAAAGCATGGTTTAAACCGAAGCGAGCAGTAAATAAACACCCTTATAAAATATCTTCCTCAGAGAGAGGCTGAGTGAGCAGGTTGGAAGCCTGTAGCAATGTTTGTAGCTTTGACCAGACCTGCGCTGCCCTACTCTGGGGGTCCTCGGATGCCCAGGGTGTCTGATGCTCTCCCCAGAGAACCGGAGCCATCTCTGGGACACAAGTGCTGGACCGTGGGGCCTCCTACCACAGGGAGGCTGGGTATGCCTTGTCTCAGCGTCTGAGACATTGCAGGCAGGAGGCCAGGAGGGCCCCCTGGGAAGCGGGGCCCGGGAGCTCAGCGCTCTCAAACCTGTCCACTCTTGCCGTGTTTGAATAGGGGAGGCCTCTGTGCCAGGCTGCCTGAGAAAAGCTTGTTTACTTTTGCCTGCGTACCAGAGGAGAATTAATAAGCTGAGAATTTGTTCTGAAAGCTGATGGACATAACCTTCCCCTGAACTCATCCCCTTGAAGGGCCAGCTCACTCAGGGAATGTTCTTTACCTGCTCACAAAGCTAGCTGGTAAGCCGTCATGGGGCAGGGAGGTGAGGAACGTAGTGTCTGTGGGGGTCTGGGGCCGGGTAGGCCAGGAGGGAAACAGGGAGGAAAGGAGAGAGGGACCACCCACTCAAAAAGGGCATGGTACCCAAGGCTCCCCTGGCACTCACCTACTTGTTGGTTGTAGAGACCTCAGCACTCAAGGAAAAAAGACACCTGCCTTCTCTCCCTGTACCACCCCTTCCCCACCTATCAACTCAAGGGGAGTTCTTGATTTGCAAATTGTTTGTTTGGTTTTGTGGTGGCCATTTGGTTTGGTGGGAGGAGTCTGGTATGGAGCCAGGAGACCTGGGGTTTGCCCTGCACTGACTCTGAGGACTTGGACAATGCAATGGCGTCTCCTTTCTGCCTTCTGGAAGAATGAAGGGGTGGACCCAGTGCTCCACAGGCCCTTCCCTCCCTGGCTGGCTGTGGCAGGAGTGAGCTCCTCCTGCTGGGGTTTCCTCTTCAGAGGCACCTGCTTGTTCTCGGTCCGCCCCTGAGGATCCACTTCTCCCACATCCCAGGCAGAGGCCTGTGGGCGGAGGTGCTGGTAAGTATTTAGCAACTGCCTGGGGCAGGAGGTGGGGCCAATGTGTAGCATCTGCCACTTCCCTTGGTGTCAATACTCCCTCCCTGGCTGGTTTCTGGCTACCCAATGAGATGTCATTGAATGTGAAGTTGGGAGAGGTGCATGACTGGCCCTCAGAGCCCTTGGCAGCTGATTCCACCTCACCACTGCCCATGGGCCTTCCAGCAGAAACAGAGCAAAGAGGTCCAGAGGCAAGAAAGGCTGCCTTTGATGGCCTCCTTGGTTTGAGGGATCACAGCTGCCTTTGCGTGGAAGCTGGACCCAGGGCTCTGGGGTTACAGGAGCATGGAGCCAGCCAACTTCTGGGCTCCCTCCACCTCCCAACAGGGATCCCGGGTCCTCTCTCCTAACTCTGTCTTCACGAGGCACTCACCCCATCGGGGCCTTACCTGGTACCTTTGGCTAACTGCCCCAGCAGCCCCAGCCTGGGGTGGGAGTGGCTGCCAAGGGCACCCTTGCACATTACCTTGATGGTAGTCTGAAAGGAAAACTCCACAGAGCCCGGCAGCTGAACCTCTCCGAGAAGCTCCACACTCAGGTGCTACCAGGCCTGTGTGGTGGGGGTGGGGGTTGACCTTAGAGAAGTCACTTCCGGTGGCCTCTCGGCACCTCCACTTTTTCACGGAAGGAAGTTGGGTTTATGTAGACCTGCAGCCTGGATAAGCATGGATTATTCTCTTGTTTAGGCTTTTGTTTGCCAAGATAGGGAATAGGTTGGGTGAATACAGGAAAATGAGTTGATGGGACTTGAATGCGGCATTAGCGAGGGGTTGTGGGGAGGGAGAAGAGGGAGAAAAGGGCACTAAAATGGGCACCTGAGGGCTACTTGATCCCTCTCTCGGATTCTTCATTTGTGAAATGGGGTAATCGCAACCCTGCCACTAGGGCTGTTGTGAGGATTAAATGGGATGATCTCAGTAAAGCCTGTGACTCAGTGGAGGGACTGTTCAAAGTTCTTGATTAAAAAAACAATACATTGACATGAAAAATACAAATGCCATGGTATAATGAGAGGTTGAGCCAGCTTCTCCATCCAGAAAGGCGGGATTGGGGTGGGAGTTGCTGGCGTGAGGACAGGCGTGGAGAGTCAGCTTGATTGGGCTTTTGAAGACCTTGGGAAGTCACAAGTTGGACTGCCCGAGGCAGGGAGCAACTGAGGCAACTGCATGGTGGGCTTGTCACAGCCTTCCAGCAGCTCATGGTAGAGCCTGAACCAAGCAGAGAGGTAAGAACTAGAAACCAGTTAAAGGTCAAGAGCTTCACTTCATGATAGCCAAAAGGTGGAAACAGCTCACCTGTCTATCATCGGATGAACAGATACACAGAATGTGGCATATCTATACAGGGACTATTATTTAGCCATAAGAAGAAATGAATGGCCAGGTGCGGTGGCTCACGCCCATAATCCAACCACCTCGGGAGGCTGAGGTGGATGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGTTTGAGACCAGCCTGTGCAAAATAGTGAAACCTCATCTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATTAGCCAGGCATGGTGATGCACACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGGTAACCTGAGCCCAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCGTGATTGCACCACTGTACTCAAGCCTGGGTGACAGATTAAGACCACATCTCAAAAAAAAAAAGAAATGAAGTTCTGACATGTGCTACAACACAGAAGAACCTTGAAAACATCATGCTGATTGAAAGAAGCCAGACCCAAAGGCTGCATATCATATGATTCCATTTATCTGAAATGTCCGGCAAAAGCAAA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Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development