RnoINT0103696 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003947 | Ntn1
Description
netrin 1 [Source:RGD Symbol;Acc:619809]
Coordinates
chr10:54775822-54806625:-
Coord C1 exon
chr10:54806572-54806625
Coord A exon
chr10:54775897-54806571
Coord C2 exon
chr10:54775822-54775896
Length
30675 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATCTGTGTTCTCCCCTGCAGACT
3' ss Score
12.49
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTGTGACTCCTACTGCAAGGCTTCCAAAGGAAAACTGAAGATGAACATGAAGAAATACTGCAGGAAGGACTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003947:ENSRNOT00000005255:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0175916=NTR=PU(7.5=30.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]