HsaINT0116384 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000065320 | NTN1
Description
netrin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:8029]
Coordinates
chr17:9086233-9124559:+
Coord C1 exon
chr17:9086233-9086286
Coord A exon
chr17:9086287-9124484
Coord C2 exon
chr17:9124485-9124559
Length
38198 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAC
5' ss Score
8.14
3' ss Seq
CCCCCCCCACCCCCCTGCAGACT
3' ss Score
10.17
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAACGGCCCCCTTCGCTTCTCATTTCCCGCTTTTGCTGGGTGGTGGGGTGGTGGGGTGGGTTAATGGGGAAGGGGCATTGGAAAGCCCAGACTCCTCTAACCACTGTCCGGGCTCTGCTCCGTATGAGTGGCATCCTGGGTTGCATTGAAGAAGCTGGAGCTATAGGACACTATTTTGTGGCTTTCCCTCTGAGAATCAAATGGAGGAGATTTTAATGATGCCTCTCTCCCAAGCCTGGAACCCTAAAAACTGAGCTCCTTCTACTTGTCCACCAGCTGCCCGCCAGCCCAACACCTTCCAGGCTGAGGGGTTGTCACTCCTTCCTGGGGCTGCAGAGAAGGAAGGAGCCAGATGCTGGGGATACAGAAGGAGGCTTGGGCACAGGGTCGCACAAGCAGAATGCAGGGGGCCCAGGAGCTGGGCGTGGGGGAGAATCACATCTTCATTTTCATTCGCCTCTAACTAAAAATTTAGCATTTCCTCCATGGCAAAGAGAGGCCGCAGACCGCAGCATGCGGCCAAGCCTGCACCGTGGTCACTGGCGGAAGTCACAGCGGTTTACACATCACATTCTAGCTGGTGCAGATATCATAAATATCGTTCATGCTGGTTATTGCTTCTCAAAACGACAGAAGTTACTAGACCTGCTGCTAGATCCTGATTTATAATCATTAATAAAGAAGCACTCGCGTAACGTAACCATACCATCAATCTGGGTCTTTAAAGATATTTGGGCAGCAGCATTTCAGTATTATTAATTTCCTTTGTAGACCTGTATATTTTATTTTAGCATGGGGAAATGTTTGTCTGAGGAAGGGTCCACAGGCTTCACCAGTCCTTGGCACAAGAAATGTTGCATAGCTCTGGCTGTCGGCACTCAGAGTGTACCGAGCCCTGCCAGATGCCCTGCTGAGAGCATCTCAGGCCTGCACCCAGAGTCCTGGTCCTGGGATCACACAGGACTTTTGTGTACTGGTACTTGGGGTAGAAGAGGGCAGAAAGTGACAGTGGGGCACCCCAGCATGGACATTCATGCTGGTGCTGGGGACTCTTTGCCTCCCCCAGAAAGGACTGTAGCGAGGGATGGGGGAGCTTGCAAACCCATGTGGCCCCCTGAATATTTTAGGATACAGACTGGATTTTGGAGAGTATTGGCAGTGCGCTGGAAACTTGAGGGAAGACAGATTCGGCACTTGCACAGGCATGGTCCACAGCCAGCAAACAGGAAAGGACAGAAATGCGTTTCAGGGAGTGCCAGAGGCAGCTCTGGGAAAGCCAAAGACAGTTGAGTCTTGCGTTGTTTGCAGAGCCTTTAGGGACTTTTGGTTGAGCCCCATGCAGGGGAAATGGCGAAGAGAAGGGATTGAAGGAAGCAGCATGACAGGGAGACTGGATGACAGAGCTAAGGTGGGAGATGAGGAAGCTCTCTCTGTCACAGCACAATTCAAAGGAACATCCTAAATTACTTCAGCTCTAGGGGAGAGCAGTTTTGAAGGTAGAAGACACTTAAATGAAACTTCGATTCTTGCTCTCTTTGATGTGACATTTGTCCTTGCCTAACTGAGACTCACCTGGACAAGATTTTAAGGCTGTGCACACCGCGGGGGGCTGAGGCTTCCGAGCAGGGGCTGTGTGACAGCTCATGCAAGGGCAAGACAGACCTCAATGATCTATCTCTCCATCTCCGTCTTTGTCTCTCACTCCCCCCATTTCTCTAGTCCTTGTAGCTTGACTTTGAGTTTCTCACAAACCCACAAACCCTTGATTTTGAATTTTTCCCCTTCCAAGTCAGAAATGGGCAAATGGGGAAAAATGTGGAGGGGAGGGATCTCATGAGGTTTCTACATAGGCTACAAGAAGCTGGTATAAAACTTCCGAGGTTCTTGGCTCCGCCAGACAAAAGATTCCGGAGCAGCCGCTTATAAACACTGGCAGCCTCCTTTTTTGAAATGTCTTCTTTGAGTTGTTTAACTTTTCGGACTGCTTTTGATTTTGTTACTGTTTATTTCCTTTCCTCATTCTGAACCTTTAAAAGCATGGTTTAAACCGAAGCGAGCAGTAAATAAACACCCTTATAAAATATCTTCCTCAGAGAGAGGCTGAGTGAGCAGGTTGGAAGCCTGTAGCAATGTTTGTAGCTTTGACCAGACCTGCGCTGCCCTACTCTGGGGGTCCTCGGATGCCCAGGGTGTCTGATGCTCTCCCCAGAGAACCGGAGCCATCTCTGGGACACAAGTGCTGGACCGTGGGGCCTCCTACCACAGGGAGGCTGGGTATGCCTTGTCTCAGCGTCTGAGACATTGCAGGCAGGAGGCCAGGAGGGCCCCCTGGGAAGCGGGGCCCGGGAGCTCAGCGCTCTCAAACCTGTCCACTCTTGCCGTGTTTGAATAGGGGAGGCCTCTGTGCCAGGCTGCCTGAGAAAAGCTTGTTTACTTTTGCCTGCGTACCAGAGGAGAATTAATAAGCTGAGAATTTGTTCTGAAAGCTGATGGACATAACCTTCCCCTGAACTCATCCCCTTGAAGGGCCAGCTCACTCAGGGAATGTTCTTTACCTGCTCACAAAGCTAGCTGGTAAGCCGTCATGGGGCAGGGAGGTGAGGAACGTAGTGTCTGTGGGGGTCTGGGGCCGGGTAGGCCAGGAGGGAAACAGGGAGGAAAGGAGAGAGGGACCACCCACTCAAAAAGGGCATGGTACCCAAGGCTCCCCTGGCACTCACCTACTTGTTGGTTGTAGAGACCTCAGCACTCAAGGAAAAAAGACACCTGCCTTCTCTCCCTGTACCACCCCTTCCCCACCTATCAACTCAAGGGGAGTTCTTGATTTGCAAATTGTTTGTTTGGTTTTGTGGTGGCCATTTGGTTTGGTGGGAGGAGTCTGGTATGGAGCCAGGAGACCTGGGGTTTGCCCTGCACTGACTCTGAGGACTTGGACAATGCAATGGCGTCTCCTTTCTGCCTTCTGGAAGAATGAAGGGGTGGACCCAGTGCTCCACAGGCCCTTCCCTCCCTGGCTGGCTGTGGCAGGAGTGAGCTCCTCCTGCTGGGGTTTCCTCTTCAGAGGCACCTGCTTGTTCTCGGTCCGCCCCTGAGGATCCACTTCTCCCACATCCCAGGCAGAGGCCTGTGGGCGGAGGTGCTGGTAAGTATTTAGCAACTGCCTGGGGCAGGAGGTGGGGCCAATGTGTAGCATCTGCCACTTCCCTTGGTGTCAATACTCCCTCCCTGGCTGGTTTCTGGCTACCCAATGAGATGTCATTGAATGTGAAGTTGGGAGAGGTGCATGACTGGCCCTCAGAGCCCTTGGCAGCTGATTCCACCTCACCACTGCCCATGGGCCTTCCAGCAGAAACAGAGCAAAGAGGTCCAGAGGCAAGAAAGGCTGCCTTTGATGGCCTCCTTGGTTTGAGGGATCACAGCTGCCTTTGCGTGGAAGCTGGACCCAGGGCTCTGGGGTTACAGGAGCATGGAGCCAGCCAACTTCTGGGCTCCCTCCACCTCCCAACAGGGATCCCGGGTCCTCTCTCCTAACTCTGTCTTCACGAGGCACTCACCCCATCGGGGCCTTACCTGGTACCTTTGGCTAACTGCCCCAGCAGCCCCAGCCTGGGGTGGGAGTGGCTGCCAAGGGCACCCTTGCACATTACCTTGATGGTAGTCTGAAAGGAAAACTCCACAGAGCCCGGCAGCTGAACCTCTCCGAGAAGCTCCACACTCAGGTGCTACCAGGCCTGTGTGGTGGGGGTGGGGGTTGACCTTAGAGAAGTCACTTCCGGTGGCCTCTCGGCACCTCCACTTTTTCACGGAAGGAAGTTGGGTTTATGTAGACCTGCAGCCTGGATAAGCATGGATTATTCTCTTGTTTAGGCTTTTGTTTGCCAAGATAGGGAATAGGTTGGGTGAATACAGGAAAATGAGTTGATGGGACTTGAATGCGGCATTAGCGAGGGGTTGTGGGGAGGGAGAAGAGGGAGAAAAGGGCACTAAAATGGGCACCTGAGGGCTACTTGATCCCTCTCTCGGATTCTTCATTTGTGAAATGGGGTAATCGCAACCCTGCCACTAGGGCTGTTGTGAGGATTAAATGGGATGATCTCAGTAAAGCCTGTGACTCAGTGGAGGGACTGTTCAAAGTTCTTGATTAAAAAAACAATACATTGACATGAAAAATACAAATGCCATGGTATAATGAGAGGTTGAGCCAGCTTCTCCATCCAGAAAGGCGGGATTGGGGTGGGAGTTGCTGGCGTGAGGACAGGCGTGGAGAGTCAGCTTGATTGGGCTTTTGAAGACCTTGGGAAGTCACAAGTTGGACTGCCCGAGGCAGGGAGCAACTGAGGCAACTGCATGGTGGGCTTGTCACAGCCTTCCAGCAGCTCATGGTAGAGCCTGAACCAAGCAGAGAGGTAAGAACTAGAAACCAGTTAAAGGTCAAGAGCTTCACTTCATGATAGCCAAAAGGTGGAAACAGCTCACCTGTCTATCATCGGATGAACAGATACACAGAATGTGGCATATCTATACAGGGACTATTATTTAGCCATAAGAAGAAATGAATGGCCAGGTGCGGTGGCTCACGCCCATAATCCAACCACCTCGGGAGGCTGAGGTGGATGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGTTTGAGACCAGCCTGTGCAAAATAGTGAAACCTCATCTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATTAGCCAGGCATGGTGATGCACACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGGTAACCTGAGCCCAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCGTGATTGCACCACTGTACTCAAGCCTGGGTGACAGATTAAGACCACATCTCAAAAAAAAAAAGAAATGAAGTTCTGACATGTGCTACAACACAGAAGAACCTTGAAAACATCATGCTGATTGAAAGAAGCCAGACCCAAAGGCTGCATATCATATGATTCCATTTATCTGAAATGTCCGGCAAAAGCAAA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0175916=NTR=PU(7.5=30.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)