BtaINT0105998 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014405 | OSBPL6
Description
oxysterol binding protein-like 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16388]
Coordinates
chr2:18543513-18564896:-
Coord C1 exon
chr2:18564795-18564896
Coord A exon
chr2:18543606-18564794
Coord C2 exon
chr2:18543513-18543605
Length
21189 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
GTATTTCCGTGTATTTTCAGAGC
3' ss Score
8.79
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCATCCACATACTGGAGAGGACTTCTTCCACGAGCACCGAACCCTCTGTAAGTCGGCAACTGCTGGAACCAGAGCCGGTGCCCCTCTCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014405:ENSBTAT00000019160:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.839
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]