RnoINT0105806 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010812 | Osbpl6
Description
oxysterol binding protein-like 6 [Source:RGD Symbol;Acc:1308887]
Coordinates
chr3:63379031-63394534:+
Coord C1 exon
chr3:63379031-63379292
Coord A exon
chr3:63379293-63394441
Coord C2 exon
chr3:63394442-63394534
Length
15149 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
GGGTTTCTGATCATTTGCAGAGC
3' ss Score
7.63
Exon sequences
Seq C1 exon
TTATAGGAAGTTTGGACACATCATCAGTGGCCAGAGCTTTCCGAGTCTCGTCCGATCCGAGGGAGATGGACTGAAGCCACAGACTGTCTGGTTCTTTGTCTGGGAGTTGGAAGGAGGATTGGGATGGTCTCACGTGCACATCCCTAGACTAATTGCAACCATGAGTTCAGACGAGAAGGGCATATCCCCTGCTCATAAAACATCCACTCCGACCCACAGAAGTGCCTTGTCGTCAACATCTTCTCAGAGGGAAAGCAGACAG
Seq A exon
GTAGGAGAAGGTTTTAGTGCTTTTTTTTAAATCGTTTTCTGCCAACAGAGCCCCGTTTGGATGGCGTGGATGGCTGAGCCTGAAGGTTTGCTGTGAAGTGCTTGTGCCACAGGTCACTCCCTTATTTTGTGTAGCTATGCTTGATAGTGAGAAGCTGTTACACTGGCTTCTCTGTCTTGTTTTGTTCTGGGTTTTGTCGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGGATTTTCTGGGGGGAAGGAAGAAGGGATGGACTTTGGGAGTGCAGACCATAGCATGGAGCAGGGTTTCTCCAGGAAGCCTGGTGACCTCCTCACTGTGGGCACCTGGCTGTGGAGCCAGCATCAAGACCATCAAGACTGTGATGTTCAGGTCTCTCTTCTTCATGGACGTGCAAAAGGACCCCAGGACCATCAGGAGACTTTCTGTAAGACTGACAGTGCTCTACAAGCCCTAACACCTGAGAGGCTCTGTGGAACCTGGGCTCTGTCACACTCAATAGTTTGGAAGCAAATGAAATTGTAGTATCCGGGAACTGTGAGCAGCATGGATTGAACAGTTTTTAAAGGCAGCAGTGGAAGCGAGGTGTCGGAACTTAATTATGGTAGAAAACACCTACTGTCTCCTCTGATCCTGTCTGTAAAGTTCCTTTTGTTGGCAATTGCTGCGTTCATGTTTTGGGGACCACCTTGCTGTCAGGGTTGTGTGGGGATCCGTCATATAAATGCTGGCCACTGACAGAACAGTGAGTGGTATTTCGGCGAGCACAGATAGGATTAATGGTTTCCCATAACAATGTGTAGTAGTAATTTGTGGAAATTTACAAGTACGTTGTCAACCTTTTATGGGAATTTTCCTTTGTGATTTTTTTTTTTTGCTTTTCCTTTTTTGATATCGTATCTCACGTGCCTGGTTGGTCTGGAACTTTTTGTAGACCAGTCTGGTCTCGAACTGTCAGCCTCCGGGTGTTAGCAACTACAGGTATTAGCCATGGTGCCAGACTGTGCATCAGCCACCAGTAATTCATTGTACATGCATTTTAAATGGAGAGCTCAGATGTGGATTCACAGCAGTGGGAATGCATTTCTGTGGGTGCCACCGAGAGAACCCCCAACCTCACAGCCCTCTGAGCACACCCCTGCCAGTTACAGTGAGAAATTCTGGGGCAGCCTGTACAAACCGGTGATTTCTTATGTGTATATTTTTGACAGACCCTAATGCAGATATCTCTCGTACATGGTCCTGGGAAGTTTTTAAGGATACTATGTATCCTTATGTACTATGTCAGAAGTACTTCTGTCGTTAACTAAGCCTGTGATTGCCGGCTGCTCTATTATTTAGTGCTATGCATTTGTCGATTCTCGTAGACTCGGAGTACTGTGAATGAGAACGCTTTGTGCACAGATGCCCTCTGTGTTGGCAAGTCCACCCTCTGCCTCTCTGTTCTTTCCTGTTAAGGACTCTCCATTTTTCTCTTCCTCCGAGCATTTAAACTGAGAAATTGTAAGCCCGCATGGCCTTCGTGGTTGCTGAGGGGCAGGAAGGGATTGATCCAGCTCACCCTGGAGACCTGTAGTAAATAAAAGAAAGACTGATGACTGCTACAGAAACAGCTGGCAGGCCTTGTTGATCTGCCCGCTGCACCTGCGCTCCAGGCTTTGCATGCAAAGACCAGGGACACAGGAGACCCTGGCCTGGAACCTAAAGGTAGAAAGGATGACGCCTGATGGGCTTGTGAGTGGAAAGTCCAGTGATGAAAAGAAGGTGCGTAAACGGATCATGAATTTTAGACAATAGACACAATACCAAGAAAAGGTTGCTTTGGTTTGTTTGTTTTGGGACAGGGTACCACTATGCCACATGCCTTTAACCCCAGCATTCTGGAAGCAGAGGCAGGCAGATCTCTATGAGTTCAAGACCAGCCTGGTCTACGTACCAAGCTCCATGCTAGTATTAATTTTTCCAGGTGCCTACTAATTGTGAAGGTGACAGTTTACTTTTGTCCCCGTGTATCTCAACAGGTGGAAACACTCCCAAAGACATTCTTCTCTCCTTGCTTACTGACTGCTATTTTGTATCTATACATCTCCCTCAAAGAGGAGGATGATAAAGAATAAAGACAGATCCCTCTCCCCCTTGTCTCAGTCACTGCCTAAAACTTACTGTAAATGTCGAGAACGTGGAAGTTTGACATGTGCAGTGGTGTGGTGTGGTACTTCTTATATGCATCTATGTAGTACAAGGACCCAGAGGAAGTGTGATAAATTGGTCTTCGCTCGATCTTCTCTTCCTGCTGGTTGTGAGCGTCGTCTTTAATGGCTGAGCCATCATCTCTCCAGCCCCTGATTTGACAGGCATCTATGCAAATGCTGCTGTGTCGCACAGTCCACCTGTCTTTCTCCTAGTCACATGAGTGAACGATATAGCACACAGCAGAGAATGTAGTAGTCCTTTAATGCACCTTATTTAGTTCACAGGTTCTAGGTGCAAACTGCTGACGGTCTGCTTAAACATTTCTGCTTAGACGTCCCACTCTCGGACTTGGACGTAATCCAACATGTGTAAACCAGTTTGCTATCCTCGGTGACGTGGCATCTACCCTATGCCTTTCTCCTTGGCTTCATGCGCAGTCCATAGAATTAACTCTGTAGATTGTATTCTTCCTCTAGAGTATCATTTCTTTTCCTTCCTACTGTCCACTCCCCAGCCCAGACTCTGGCCACCTCTCTCAGCCACTGCTAAGGTCACTGGCCTCACCAGCACCTTCAGGACCTCATCATTTCAAATTCCTTGAATATGGCAAAGTCATGAAACCCTCCAGTGGCTTCCTGTTCCCCACACAGGTAAAGCCAGATTTCCTTAGAGGTTGGATGTCCAGAGGAGACCGTAGACTGGTGCAGCCCCATTGCACAGCACTTACATCGCCTGCTGTAATTCGGAAATCTGCCCCATTTGTATCTCTTTCTATCTCTGCCCCATCTTCCCCTGAGCAGAGTCCTACCCCCGTCCACCCCCACACTCGAATACTCCATTGGGATCAAAGACTGGCTCATGGGACACTCTCACTGGCCATTCAGAATGACTTCCCCGTCTCCTCCACTGACCTTGTCACGAAGATTTTGGTTGTTTGCTTTGTTGATCTGCCTGTTGACTTTCATCGTGTCGTAAACTTTTCTAAGCGGTGTTTTTGAAGACCCACATTGATATTAGTCTTGTCCTTTTTTTAATTACAAATTTTCTATGCCAGATTTATTTGCCTTCCTCTCTCTTCTTCCAGGATAAATAAAACGGAGAACATCTGTGCATAGTAGCACTTGGCTTCCTTTCCTGCCTCTCAGTGCTGTAGTGCAGCATATGAACGATGAAAGGTGCTGGGGACGTAAAGAGACACAGTGTCTGGGCTTTTGCTAAGCGTTTCTTGCTCCAGTGAAAGGATCAGGGCTCCATTTAGTCCTTAAGAAGCTTGAAGCCTTCTGTACCTTCTCCGCTAGAAGTTCTCCTCCACTCTGTTGCTAGATGGTAGGACACCTAATGCAATTGCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCAGCCATATCTCACAAGTGTCACCAGATAAGGATGCCATGAGACTTTCCAAAAAGATTAACAATGGAGTTTATTAGACATCTAAGGCTTTCTCATAAGCAAACCTTCTGCAAATAAAACTTGACCCTGGAGGTGTATGGAAATAAAGGTTTTTCTTATTAAGTAATGAGAGAAATGCTAAACAAAATTTCCTTGGTGCTGTAGTAAGATTGCTGTTAAGTTCTGAAATAAAACCTCTAGTTAGTCGAACACTTCTAGAATTTAGTAGATTCCAAAACTTCTTTTTCTTAGAAAAAGCATCCAGATTCTTATAAACTGAAAGACATAAAGCCCCTGTGCCCTGATCGTCTCAGTAGTGGCTTCTAGTTTAGATGGGGGCATTTTCTAGCCAGAGTCCTTATCTGTCAGTTATCTCAGTACTTATTTTTATGGACTGCCTGGTTCCTGAAAGATCTGAAATTTGTGAACTTTGACCCCGGATGTCAGTAGGCCTGTTAAGTACCTTACTTAGGGAGATCCCCCATGATGCTATTGGATCTTAAGGGGTCCCAAACCAAATTTATCATTCTCCTCTCAAAGCTGCCTCTGTCCAGTTTCCTCCTCAGGAAATAATGATTCTCATTTCTATGGATCTATCCCGACTCCAGGAAATGTCTATCACTCATTCTGATTCCCACCAACAGAGACCACTGTAGATTTTCCTTTCTCTGGGGTCTGGCAGCCGCTTTCCCCTCCATTCTGGTCTGAGCCGCCACGTTTCCTCATCTGGATTGTTTGCTGCAACTTGGTCTTCTGGTTTCTACCCTTCTCCCATCACACGGGGCATTCTTTACAGGATAATCAAAATGTTCCCTTGGAAAGCCCTTCTCCACCCAGCCCTGAAGGAAGTATGTATGTATAGAGATGTTTGTATGACTAGGTTTTCATGTGAGTATGCATGTGGACTTTCAGTACAGGCGCACATGTATGTTTCCATGCTTGTGGATGGAGGTCAGGGGTCAATGCTGAGTGTCTTCCTCTGCTGCCCTACATCTCAGTTTTTGAGACAGGGTCTCTCACTGAACCTGAAGCTCACTGATTGGCTAGACTGGCTGGCCAGTGAGCTTCAGGGATGTGCTTTTGGCCTCTCCCAGCATTGGGATAACAGACACAGGGCGGGGAACTTATTCTGCTGCAGATCCGAACTGAGAACCAAGAGTTTCGTGCTTCTACAACAAGCCCCTGATTAACAGAGTCATCTTCCAAGTCCTTAGATTAGCTGCCTTTCTTGTTGCTAAAACAAAATCCCTGACAAGAGGCAAGGTAAGAGGAGAAGGGTTTATCTTGACTTACTGTTGTAGGGGAAGAGTTTGTTGTGCAGAGAGGAATGGAAGGTCTTCAGCTTCTCTCTATCAAAGACTCCATGGA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AATGCACAGCGACACCCTCCTTTCCACACAGGAGCCCAGGCTCTGCTAACATTGCTTTTCTCCCCATGGGTTCTCCCACTGTCCTATGGGACCTTTTCTGGACACTGTTTAGCAGAAAAGTATGTCCACTTAACTGTCACTTTTAACAGGCTGCTGCTTTCTCAGTGTAAGAAGGACAGTTGCTGCTAACTCGGTCAGTATGGCCTTGTGGTTTTGGTGACCCCAATACACTGGTTCTCAACCTTTGGGTTATGACCCCCTTTGGGGTTGAATGGCCTTTTCATAAGGGTCACTTAAGACCATTGGGAAACACAGATATTTATTTTATGATTCGTAACAGTATCAAAATTACAGTTTTGAAGTGGCAGCGAAAATACTTTTATGGTCAGGAGAGAGATTGATAGCCACTGGGCTCATGCTTTATGATATGGCAATGAAAAGTGTTCCTTGGAATAAATTGATTGAGATGACATCAAGCAAGTACTTGAACCCCTACTATTTCAGGCATTCAGGAGGTCGCAGAGTCTGCAGGGCACTGCTGTGATTGGCTTCGCTTTGCGAGTGTGTATGACATTTGCCTCCACTCATATTAATAGGTTGCACGGTGAACTCTGATGCATTTGTCATGCCGTGGTCCTGACTAGCGTTACAGACTTGGCTCACTAGTAAGTTAGCACAGTTGTGGGCATCCTCCTATTTCCAGAGGAATGCGTGGGCTACCTGATTGATGGTGTAATGTTTATAGTGAGATAGTGGCTACCATTGAGTGTCAGCTGTGTACCGGTGTCTGGGCAGTGCATTGTATACACTAAGCGCCAATGCTGGGTCCTACAAGGAGAGCTGTTATCTCCACCTTACAGTGGCAGACTTGAAGCCGAGCCCGGTTAGCGGTTCTGTCTGGCATTCGGTAAATAGAATGAGAGGAGCATCCTGATCTAAAAATGTTTTAGCACTCGCTCCGTGTCATCATCCATGGTCCCACAGCTAAAGTCAGCTGACTCTGCCTTCTCAAAATTAGAAACTGGATATTGCAGGACCTCAAGGTTAATTTCAGGGTTGTCCAAGAAATTAACCTTGAGGTTGTGTGATATTTCAGAGTTCCGGGACCTTTCCCTTTCCTTGTCACTCATGTCTACGTCGGAATCCAGGCGAGGTTGTGTGGTAGAGGGAGCCTTGCCTTGTGTTGTCTGAGAGGCAGGGTTATGTCTTTGAAGTTGCTATAACTCATGTCGTCCAGTATTCGTGTTGACGTCAATAAGAGGTAATATTTAAAAGCATGGGCCCCTGGATCAAATCTCAATCAGCATTCCAACCCCAGTGCTTACCGACCACACCGCTCTGGCTCCCTGTCCTCACTATCCAATTAGCCATAAAATAACTTTGTCAGTGTACAAAGGCTTGACTACACGTAAACAATCCATGCAGAGATTGGGAATGGCGACCTGGTAGGCACACATGGGAATTCACTTCTGGTTGGTGGCTGCACTACCTAATTAGGTCACTAATATGACTGACGTACTGTGCTGGGCCAAAATACACCACCACACTTAGAACAGAGTCAGGACTGGTAGCCAGAAGAGTAATGGAAACTCTTTGGAGATTTCTGACTTATTTGGATACTCTCCTTTGAAATTACTTTGTATAAACTGTAAATATAAATCTATCTTCGAGGGACTGAGGAGACCGCAATCCCAGCACCAGGACCTGAATCCCAGCCCCAGTGTGCATGCAAAAGGCTGGGCAGGGGTGCTTTGCAGGCTTGTGGTCCCAGCCCTTGAGTATGAGGCGAGGTGGATTCCGGGGGCTGGTGGACCGCCAGCCTAGCCCCACTTGGTGGTATCAGTTACAGTGAGAGACTTTGTGTCAAAAAAAATAGGATTTTTAGTCTTAGGAATTATACTGAGCATGAACTCTGGCCTCCACAGGTACACATACTACGGGCAAAGGCACACAGACACACAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACCACAGAATAAGTAAAATAGTATGGTGACAGTTTTGGACAACTTGACATAAACTGGGGAATCTGCAAAGAAACCTCTGTTGAGGAATTGGCTGTATCTGACAAGCCTGTGGGCATGTGTGGGGGGCATTTGGTTAATTGGTAATTAATAGTTGGTGGGGCATGCCACCTCGAGGGCAGCTGGTCCTGGGGTACATTGGACAGCAAACCAAGCAATCCAATGGAAGCAAACCAGCAAGCATCATTGTTCCACGGTCTCTACCTCAGATTCCGCTTCCAGGTTCCTGCTTCAGTTCTTGTGCTGATTTCCCTCAAGACTAGACTGTGACACAGACGAGTAAGACAAATAGATCCTTTCCTCCCTACGTTGATTTTAGGCAGTGATTTCACCGCAAAAGAGAAGCAAATTAGAACAATTCAGTGGTGTTGACATTCAGAAAGCAGTGGTCTGCTTGTCTTCATTTGTGCCCTGGACTTGGATGAAGAGTGAGTCTATACAGGAATTGGTAGCCACGGCCTAAAATATTCCCAGATAAAGATAAACCTCGCTTTTGTGTCTTTGAAATAAAATTAACTAGAAGCCCTGACCAGCAGCCCTTTGGCTCAAGCTTTTCCCTGGGTGAGTTGTCCTGAGCTGTTGAGCTATTATGCAGAGTCTCATTGTCTATTTACGGATGTGGAGGAAACCAAAGGACACAGTCATGGAGGCAGATTTCCTCTTGCTGCCCAGGAGGTGTTGAGACCTGTGAACTCTAGCCAAAAGAGCAGACTTAGCAGGCTGGAGAGCTACAGGCAAGGTTACATTCAAGAATCTTGGCCTGAGTTCTGTATGCATCAGGTCCCTTTGAGCAGGGATGGGTAGATACTCCCACCAGTGTGTGTTCTGAGTGCCTGAGGTGGCTGGGGGTGATGCTTAGTAAGAGTTAAGTCCTTGCCTCATGTTTATAAGGAATGGGTCGCATCAGATACAAAGGAGTACATGCATGCACACACTCTCACATGTACACACACATATGTACACACACATACACATGTACGCATGCGTGCACACACATGTACACAAACCACACATATACACCACACACACCACACACCACACACCACACACACACACACCACACATACCACACCTACACACCACACACCACACATACCACACCTACACACCACACATACCACACACATACCACACATACCACACACACACACACGATCTGGAAATTAAGTAGTAATTTTAGGATTTGAGGGAAAGCTTTTTTTTTTTTTAAAGAATAATGAATGTGCTTATGTAACCCTCTATTTGTGTCGCTTATATAACGTGCTTAACACCTTCAGTGTAGTGTATGTTTCCCAGCCATCGTGAAAGGAAATGAGAGTGTTGAGCTGGTAAAAGAAGGAGGGGACAATGACAGCAAAAATGATGATCGTAAAAGAAATGATATGAAAAGATCTAACTTTGTATCTGCAGATTTAAGGACAAAGTTGATGTTTCTCTACTGACCCGAGCCTTCCTTCCAGTAAACAAGAGATGGGAATTAAAAGTTAAATTCATTAAATGTTGTCAGATGTTCTGTTGTCACAGAAATCTAACTTTTACAGTTCCAAAAGAAGGTATTTAAACACCCAGCCCCATGACAGAGCTCTAAAATGTAAACAGAAAACACTGAAGAAATTATCTTTTAGAACCTTTTACCCCCCTTTTGTGGTGCTGGGAATCAAATCAAGGCCTTTATGCATGTTAAACACACACTCTTCCACCGACTTCCACAGAGCTGTGTGAGGTTGAGGTGAAATTGTTATTCTAAGCACTGCTCCCTCCAGGAAGCAGTCTGGCAGGATCCTGAGACTAGGCACATAATTCTCAGCGTTCATAGCTGCACGCACTAAGGACATACCATTCAGGACTTTTCCCTTATAAAAATGAGCAGTGTACAAGTGCAAACCTGAAGGATTTGCTTCTTGTTTTAAAAAAAAAGAAATGCGAATTTGAAGCCAATTCTGGGTATTGAGTTGGGTTAATTTTATTCTAGGATAAACAGTGTTGTTTGGGTTCTGATAATGTGCAAATCACAGAATGGATGTTTGTAAGAGAAGTGTTGTTTTCTTAGCATACTGGAGGGTAAAGAGAATAGCTTATTTTAGAACTTAGTTACCAATTACAGTACTTGGTGTCAGTTGGCCGTTTTATCAAGCATGCTTTTATTTTTTAGTACTACACGTACATGTGGAAAATCTGTTACTGCATCAGCAAATGTTTTTTTTTTTAAAAAAGTCAACAAAATGTGAGGTTTAGATTCTTTACTCATTTTAGTATGTACTGACACTACTGGCATGTAGTGAATATTGAAAACAGATAAGGTTCTCTTCTTTTCATGATAGAAAAAAAAAGTCGAGAAGAGAAGAAATGGATACGAGTTCTCCAAGCCAAGCACACAGGAGGCTGTTTTCCAGATGCTGATACTGAGTCCCATGGTGTTTCTCCCTTCTAGTCCACAAAATGGAGTCAACATTTTAACAGTCTGCTGCTACCTATAGATGCTGGAATCACATGCATTGGACTTTATGCCAAAATGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGATGTGTAAATTGGAGAATCTGGTTTCCCTTCCCTGCTCAAATGGCTTGAGTTAATTCTTCATGCCCTGTGTATGTGCTTACATGCTACATAGTTGGCAATGTTTCTCTGTAGCCTTTGGCTTCTGACCACATTAGGGGCCAATGAGGGGAAGTTGGTGATGTAGATACAATGTTGTCTGTCATCAGACATATTCAGTGTTTTTCTGGGTCCTACAGGGTTCCTTTTTTTTCCAGATAGACCCCTATGATTCCTTCAGTAAGGTCGAATCCAGCACTCAGGAAGAGGTTCAGCATAGAACCTGTGAGAAGAAAGACCTGTGCCAGTGTTGTTTTTCCTCCATGCTACTGCTGGGCTTGGCCTCAAAGCCACTCGCCATCTCCTGGCAGCTCGCTCTTCTGCTGGGCTCTGTGTGATCTTTTCTCTGTGTTCACCGATGTGAGAAATGGGGCTCTAACCCTAGCTGGGTTTCTGATCATTTGCAG
Seq C2 exon
AGCATCCACGTTCTGGAGAGAACTGCTTCATCCAGCACGGAGCCCTCCATCAGTCGGCAGCTGCTAGAGCCGGAGCCCATCCCCCTCTCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010812:ENSRNOT00000068199:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.800
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]