GgaINT0047045 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009172 | OSBPL6
Description
oxysterol binding protein-like 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16388]
Coordinates
chr7:14967280-14977668:-
Coord C1 exon
chr7:14977433-14977668
Coord A exon
chr7:14967376-14977432
Coord C2 exon
chr7:14967280-14967375
Length
10057 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
GGGTTGTTTGTTTTTTTTAGAGC
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAGTTCAGCTGAGTTTGAAGTCTTTTGGAGGTCCGTAAACTGTGAAACAGAAGAATGCAGAAGAGTATCCCTTGCATTTTTGTACATGAGTGACAAGAGCACAAAATCGTTACTGCTAGTGTGCTGCGAAGATGAGTTCGGAGGAGAAGAGTATATCTCCTGCTCACAAAACTTCCACACCATCACATAGAAGTGCCTCCTCTTCATCATCATCTCAGAGGGATAGGAGGCAG
Seq A exon
GTAAGGAAAAAATTCTGACCTTTGAGATGTCTGGTGGAATTATTTATTCCTGTAGAGTGGTCATTCATTATTGCTGACTCTGAATTCTTTTGCTCACAGCACTGGACGTGGTCACTATAGCCAAGAGTTGTTGCTTCTTCCCCCCCCACCCCCATGCATTAGTTTAAAAAAAGATTCATAAGCACCATAGGCACTAAGCATAGTACTGTAGCAAGAAGAATATAATCATGTGAACAAACAGGAAATGAGCTCTGACATCTCTTGGAAGCGGGTTCTTTGGCAGTATGAGCCTACAGTTGCTCAGACTGTTTTTCCTTATGTATAAATATCTCTTTGTTAACTGAACTACAGAGATGTGTCACCTTTTCTCAAGATTATATTTCAATTCAATTTAAATGTTATGTTATTAGTCCTCTATGGAAGCAGTTAAGATTTTAAATATAATTCAGTTTTACTACAAATTTACCCTGCTTGCTAGTAGCAGTCCAGTTATGTTAGGCTTTCGTCTATATGAGTGAATCACATTTTTTTCTCTAGGATCCTTCTCAGACATGGTCTGTATTACTTCCTCTCAAAGCAACCTATGCATTCCTGTGGGTTTTTTAGTGAGCTGGCTGCACAGTCCTGCTTCAGCATCAGGGGCCTTTTAGAAAGCATCGGAGCTATTATTACAGATCATAGTTTGTAATAAATGCAATATTTGGGACTGAAAATTTGGTTAGAAAAAAACCATACTTTGAAACTTGGACTTAATGGAAATCTTAAATACTAAATGAGCTTTTAAGTTAACATCATCCTGTTTAAAAAGAACTGTGGAAGTATTTTCACTAATGCAATACTTTTTTCTTTTCAGCTTAACAAGAGAAGGAGGCAGGAAAAGAACTTTAATTAGTGTTTGTGTGGTATGCATTTACTTGAATGACTGTAGCTTAAGAAGGTTTTCCCAGCCACTTGAATGCCAGCTGGGATGCTTTTTTACTCAGCTGCTGCTGCAGTCTTTTTTTTTTTCGAACCTGAGTTGTGAAACTCTGAAGACAAAGTATTTTGGCAAATGCTACAACATTTATGGCCTTGAATGTAAATAGTCTTACTATCAAGTATATTTAATGTTAAACAGTGAGAAGAATTCTGGTGTGTTTGTTAGCAGGCAGAAAATGTCTGGAATTTAAAAAGAAAATTATTTCTAATGCCTTTCAATTCAGGCAAAAGATGTTTGTTGATAGGTGATGCTTTCCCTGGTGTGGTGTATAAAAATAGGGATAGCTGTATTCAGTTACATTCTAGTAACTGTATGGTATCCTCTTAATTTTTTTTGCTGATATCATTTGAAATCCAGTTTTGATATCTTTTGTTTGGAGCATCAGTATGTTTTATCTTTCTGCAGTTAAACCCAAGGAATGCAGGACTTGTGAGGGCTGCTGAGCTCAGCTAAGAGCATATCCTCCAAATATTGTTTGCAATTAGGTACTTCAGTAGGATTGTGCATGGGAGAATTAAAAAAAAAATTGCCTTTGGGAATACGTTACCATAAATCCAGCAACTACCATATTTGTTACCATGGCAACGGGGTAGTGTAAGGTATACCTGTCATTACAGTAAAATGGATGCTTAACTTTAAGTCCATACTTGGTCACTGAAACGTGAAGCATGAATTTAAAGTAGTCTGAAGAGGTTGATGGTGTGATGGTGCATCTGGAACTATCTTGGATTCAATAATGTCTGAAGGTGCTTAACCAGTATATTGATGCATATAAATGTGGAATGGAAAGGGAAAGAATGCCAGGCATTCATTTTGGTGTTTTTAGTGATAGAGGCAGACAAATACTGAGAATGAATGGATCAGCAATTTTCTTCTGCAGCTGGAGTGAGCAATACAGCATGAGATACAATGGTACTATACCCAAGGAAGTGAACATGCAAGTGGTTCCTTTGTGTGTATTCTCAGATGCAGCAAATCACGCATATTCTTTGTACCATCTGCTGTGACAATCGTATATCTAATTTCTTTCCTCACTTGTGGCATTATTTGTACACATTTCGTTTTTTGCAGGATTTCCCCAGAACATAATCATGGTTGGGGCTGTATGGGATTTTGGTTCGGGGGCTCTTGGTTTTTTGCTTTGAAAACGCTTGAAAGTTCTGTCTTACTGCCTCCTTGAACTCTTCGTAGGAGCTGGGAAAAAAGCACTCTCTCTGAAGGGGTAATCTGTATGGATACGCAAAGTGATGTGACTGGGTAAAGTGTCAATGTAGCTTTCATTGTCATATGTGAGGATAACACTTGATATTTCTAGATGGTTAATGATTGAAATCTTCCCATCATATAATTCTTGTCAAAGTCACACTAGCAATTATGGAACAGTTTCCCAATAAATTATGGTGCAGGAGGCTGAATGAGTGTGAACATGACTATGATAAATCATCTCGGGGAGAGTGGAAAATGTCATGCTGTATATAATGCTGGCATTTTAATGTAGCTTTCTTATTTGTGCGATATACATTACCTAAGAGAATTAGCAGTCAGCAAAAGCTTTGACATTGCCAATTTGCAGTCTCCATGACTAAGTAATTGATAAATGAACGGAATGTATTGAAGCCAGCAATAGCCAAAAAATTGGGATCAAACTTTCGTCATCGTAGGAACTTCACTGTCATTTTGTTCTCAGCAAAATCTTGGTTAATTTGGATGATCATAGAGGCCCAGGCCAAACCTCTGTTGTTTAAACCTTGGGCTGAGCAATGCTGTAGGGCAGTTGTGTTGTCCTGATGGGAACACTGCAGAGAGGAGCAACAGAGCATAGAGTCTCCATCAATTGCAGGAAAACTAGCGCTGTATGTAGGAAGTACGGTTACATTTTGTAAAAGCTTATGTTATGCATTCAATCTGGTGATTGTATAGTCTTTGTGAATGTTCCCTACGTTAATTCTTGACTAAGTACACAAGTCATACTGCAGTCTGTATTGTTATGTATTCACTGCAATGTATAGGCAGAAATATTGTGCTGAGAAGGAAAGTATGTAGTAGGTATGTAGTAGGTTAACATTGTGCAGGTTAGTAAATTGGGGCCTGACCCTTGGCTATTAAACCTGTAGTCACAGCACAAAGTGTGTGATATAGGAGAAGAGTAATAGTGGTGAAATTTTGAACAAAGATGAGTTTTTTGACTTTTCTGACTTCTGTCTTAAAAGGTAGCTAATATGTGATGGAAAGTGAATTTAGCAGTGTCTGCTGTTCTCACTGTGGAGGTTTGTCTTCTAATGTCTCAGTTTTCTTTTTATTCTTCTAGGAAGGAGGCATGATCAGCTGTTATCTCTTTCTGATGCTTTCTGTCCCATTACGGTTTCAACAAAACTTTGGTTCTTTTCCCATACAGCAAACACAGAAGAATAGCTTTTAGTCCTGTTGCATTTAGCCTTGTATGGTCATCTCTCTATTAGGAGAGCTTTCATATTTCAAATGATACTGTATTTCAGCCATATGCTTAGACTGAAAGATGGAGGCTATGAAGGGAAAAGGGATTTTTTTGATTGTTTTTAAATAAGTATTTCAGCACCTTTTGCTTGATAATCTAGGTTGGCAGAATGAGACACATCACATACACAGGTTCATCTTGGTTGCTGACAATTCAAGTTGTTTGAAATAATCTCTTTTCATTGCAGTATTTCATTTAGCATATTTGGTGTTTTTTCTGGGACACTCAGAGTAACTGGATGTGTGAGAGCTGATGAAAGGACTAGAGGGAGTGTTAACGCTTGCATAGTTGCTTTTTTTAGTTTTATTTTTAGTACATTGAGTTACCTCAAACTCAGCTTTCTCTTTATGACTGCTTATGATCGGTGCTACAATATCAAAGACATTTTTTTGTCTCTGAGAGATTTCTGCCTCATAAATAATGACGATATAGCTGATGGCTCTTTTTACCATCCCTGCCTGTCTGTTCAGTGTGTGTCAGACATTGTTGCTCACACAAGATTGCAGCACAGTATAATATAATATATTCCATGTAGAGGCCTGAGGACATTTATATCCTGTATTTGAGTAGAAGCTCAATTAAAGTACTCTTGCTCACTGCTGACGGCCTGATGTGACACGGTGAAAAAAAAATTGTGATGGTTACCTGTAAATTTCATTTGCTTTCGTCACTTTAAAGGAAAGGAAGTCAAGGACAGGTAGCTGCCCAGTAGTTACATACAGACCTGACAACAGTGAACTTTATTCCTAGCTTTGTGCTGCAACAAATGTAGACTTTTGTAAGTAGTTTAGCTTCTCAATAGTTTGTGAGAATTTTTTCAATAATAATTGCTAATCTCTTTGAGAATTTCAAATAGAAGATGTTATTAAATTCCATGTACTGTTGCAGTGAAGTAATTCTCTTTTGCTCTCTTTTTCCTAATTAACTGTCTTCAGGATAACACAGATGAAGCAGCATTAGTGCAGGAAGTGTTAAATACTTTAAATGGCAGTAACTCACTGGAGCAAACAATTCTTCTGAGGGAGCTAAAGAATGAAGTGGTAAAACTGGTAACAAAAACATGCAATTACTTTTTTAAGCAGCTGACTGTTGCTACTCTAAGTTTTTGTTATAATTCTCTGCATTTAATAAAGTCTGAAAATGTTTGTTATGGTCAGAAGACAGTGGCTTTTATTTCAGCATCTGAAAAAAAAATGTCTGAAAGGAGGAATGGTGATATAGGACCACTCCTGTTCAATGACATAGCACTTGTCTTGAAGGAAATCATAACTCCCAGGCCTACTAGATTTCTTGTTTGACACTTTTTTTTTGTTTTTAGTGAATTAGGTTTACAGTGAATTCAATCCATGAGCAATTGTCTACTAGTGATCCAGTTGTTGAGAGTGATTGTGTACATACAGGCAGTGTTGTCCCATTGGGCCATATGTGTATCTTGTCTGAGCCCACCAATGTGGCTGTTGGAATTACCTTGGCTCTAGAGCAATGGGGGCATACTGGGTTCACAGGTGTGAATTGGAGAGATTTCTT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TTTAAAGTTGCCTTTGAATGATAAGTGGTCATCGTTAGGGTTGTTTGTTTTTTTTAG
Seq C2 exon
AGCGTTAATCTTTTGGAACGGAAGGCTTCGTCAGGAAGCACAGACCCTTCCTTAAGCAAGCAGTTCCTGGAAGCAGACCCTATCTCTCTGTCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009172:ENSGALT00000014942:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.656
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]