GgaINT0047045 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009172 | E1BQU1_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:16564709-16575097:-
Coord C1 exon
chr7:16574862-16575097
Coord A exon
chr7:16564805-16574861
Coord C2 exon
chr7:16564709-16564804
Length
10057 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
GGGTTGTTTGTTTTTTTTAGAGC
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAGTTCAGCTGAGTTTGAAGTCTTTTGGAGGTCCGTAAACTGTGAAACAGAAGAATGCAGAAGAGTATCCCTTGCATTTTTGTACATGAGTGACAAGAGCACAAAATCGTTACTGCTAGTGTGCTGCGAAGATGAGTTCGGAGGAGAAGAGTATATCTCCTGCTCACAAAACTTCCACACCATCACATAGAAGTGCCTCCTCTTCATCATCATCTCAGAGGGATAGGAGGCAG
Seq A exon
GTAAGGAAAAAATTCTGACCTTTGAGATGTCTGGTGGAATTATTTATTCCTGTAGAGTGGTCATTCATTATTGCTGACTCTGAATTCTTTTGCTCACAGCACTGGACGTGGTCACTATAGCCAAGAGTTGTTGCTTCTTCCCCCCCCACCCCCATGCATTAGTTTAAAAAAAGATTCATAAGCACCATAGGCACTAAGCATAGTACTGTAGCAAGAAGAATATAATCATGTGAACAAACAGGAAATGAGCTCTGACATCTCTTGGAAGCGGGTTCTTTGGCAGTATGAGCCTACAGTTGCTCAGACTGTTTTTCCTTATGTATAAATATCTCTTTGTTAACTGAACTACAGAGATGTGTCACCTTTTCTCAAGATTATATTTCAATTCAATTTAAATGTTATGTTATTAGTCCTCTATGGAAGCAGTTAAGATTTTAAATATAATTCAGTTTTACTACAAATTTACCCTGCTTGCTAGTAGCAGTCCAGTTATGTTAGGCTTTCGTCTATATGAGTGAATCACATTTTTTTCTCTAGGATCCTTCTCAGACATGGTCTGTATTACTTCCTCTCAAAGCAACCTATGCATTCCTGTGGGTTTTTTAGTGAGCTGGCTGCACAGTCCTGCTTCAGCATCAGGGGCCTTTTAGAAAGCATCGGAGCTATTATTACAGATCATAGTTTGTAATAAATGCAATATTTGGGACTGAAAATTTGGTTAGAAAAAAACCATACTTTGAAACTTGGACTTAATGGAAATCTTAAATACTAAATGAGCTTTTAAGTTAACATCATCCTGTTTAAAAAGAACTGTGGAAGTATTTTCACTAATGCAATACTTTTTTCTTTTCAGCTTAACAAGAGAAGGAGGCAGGAAAAGAACTTTAATTAGTGTTTGTGTGGTATGCATTTACTTGAATGACTGTAGCTTAAGAAGGTTTTCCCAGCCACTTGAATGCCAGCTGGGATGCTTTTTTACTCAGCTGCTGCTGCAGTCTTTTTTTTTTTCGAACCTGAGTTGTGAAACTCTGAAGACAAAGTATTTTGGCAAATGCTACAACATTTATGGCCTTGAATGTAAATAGTCTTACTATCAAGTATATTTAATGTTAAACAGTGAGAAGAATTCTGGTGTGTTTGTTAGCAGGCAGAAAATGTCTGGAATTTAAAAAGAAAATTATTTCTAATGCCTTTCAATTCAGGCAAAAGATGTTTGTTGATAGGTGATGCTTTCCCTGGTGTGGTGTATAAAAATAGGGATAGCTGTATTCAGTTACATTCTAGTAACTGTATGGTATCCTCTTAATTTTTTTTGCTGATATCATTTGAAATCCAGTTTTGATATCTTTTGTTTGGAGCATCAGTATGTTTTATCTTTCTGCAGTTAAACCCAAGGAATGCAGGACTTGTGAGGGCTGCTGAGCTCAGCTAAGAGCATATCCTCCAAATATTGTTTGCAATTAGGTACTTCAGTAGGATTGTGCATGGGAGAATTAAAAAAAAAATTGCCTTTGGGAATACGTTACCATAAATCCAGCAACTACCATATTTGTTACCATGGCAACGGGGTAGTGTAAGGTATACCTGTCATTACAGTAAAATGGATGCTTAACTTTAAGTCCATACTTGGTCACTGAAACGTGAAGCATGAATTTAAAGTAGTCTGAAGAGGTTGATGGTGTGATGGTGCATCTGGAACTATCTTGGATTCAATAATGTCTGAAGGTGCTTAACCAGTATATTGATGCATATAAATGTGGAATGGAAAGGGAAAGAATGCCAGGCATTCATTTTGGTGTTTTTAGTGATAGAGGCAGACAAATACTGAGAATGAATGGATCAGCAATTTTCTTCTGCAGCTGGAGTGAGCAATACAGCATGAGATACAATGGTACTATACCCAAGGAAGTGAACATGCAAGTGGTTCCTTTGTGTGTATTCTCAGATGCAGCAAATCACGCATATTCTTTGTACCATCTGCTGTGACAATCGTATATCTAATTTCTTTCCTCACTTGTGGCATTATTTGTACACATTTCGTTTTTTGCAGGATTTCCCCAGAACATAATCATGGTTGGGGCTGTATGGGATTTTGGTTCGGGGGCTCTTGGTTTTTTGCTTTGAAAACGCTTGAAAGTTCTGTCTTACTGCCTCCTTGAACTCTTCGTAGGAGCTGGGAAAAAAGCACTCTCTCTGAAGGGGTAATCTGTATGGATACGCAAAGTGATGTGACTGGGTAAAGTGTCAATGTAGCTTTCATTGTCATATGTGAGGATAACACTTGATATTTCTAGATGGTTAATGATTGAAATCTTCCCATCATATAATTCTTGTCAAAGTCACACTAGCAATTATGGAACAGTTTCCCAATAAATTATGGTGCAGGAGGCTGAATGAGTGTGAACATGACTATGATAAATCATCTCGGGGAGAGTGGAAAATGTCATGCTGTATATAATGCTGGCATTTTAATGTAGCTTTCTTATTTGTGCGATATACATTACCTAAGAGAATTAGCAGTCAGCAAAAGCTTTGACATTGCCAATTTGCAGTCTCCATGACTAAGTAATTGATAAATGAACGGAATGTATTGAAGCCAGCAATAGCCAAAAAATTGGGATCAAACTTTCGTCATCGTAGGAACTTCACTGTCATTTTGTTCTCAGCAAAATCTTGGTTAATTTGGATGATCATAGAGGCCCAGGCCAAACCTCTGTTGTTTAAACCTTGGGCTGAGCAATGCTGTAGGGCAGTTGTGTTGTCCTGATGGGAACACTGCAGAGAGGAGCAACAGAGCATAGAGTCTCCATCAATTGCAGGAAAACTAGCGCTGTATGTAGGAAGTACGGTTACATTTTGTAAAAGCTTATGTTATGCATTCAATCTGGTGATTGTATAGTCTTTGTGAATGTTCCCTACGTTAATTCTTGACTAAGTACACAAGTCATACTGCAGTCTGTATTGTTATGTATTCACTGCAATGTATAGGCAGAAATATTGTGCTGAGAAGGAAAGTATGTAGTAGGTATGTAGTAGGTTAACATTGTGCAGGTTAGTAAATTGGGGCCTGACCCTTGGCTATTAAACCTGTAGTCACAGCACAAAGTGTGTGATATAGGAGAAGAGTAATAGTGGTGAAATTTTGAACAAAGATGAGTTTTTTGACTTTTCTGACTTCTGTCTTAAAAGGTAGCTAATATGTGATGGAAAGTGAATTTAGCAGTGTCTGCTGTTCTCACTGTGGAGGTTTGTCTTCTAATGTCTCAGTTTTCTTTTTATTCTTCTAGGAAGGAGGCATGATCAGCTGTTATCTCTTTCTGATGCTTTCTGTCCCATTACGGTTTCAACAAAACTTTGGTTCTTTTCCCATACAGCAAACACAGAAGAATAGCTTTTAGTCCTGTTGCATTTAGCCTTGTATGGTCATCTCTCTATTAGGAGAGCTTTCATATTTCAAATGATACTGTATTTCAGCCATATGCTTAGACTGAAAGATGGAGGCTATGAAGGGAAAAGGGATTTTTTTGATTGTTTTTAAATAAGTATTTCAGCACCTTTTGCTTGATAATCTAGGTTGGCAGAATGAGACACATCACATACACAGGTTCATCTTGGTTGCTGACAATTCAAGTTGTTTGAAATAATCTCTTTTCATTGCAGTATTTCATTTAGCATATTTGGTGTTTTTTCTGGGACACTCAGAGTAACTGGATGTGTGAGAGCTGATGAAAGGACTAGAGGGAGTGTTAACGCTTGCATAGTTGCTTTTTTTAGTTTTATTTTTAGTACATTGAGTTACCTCAAACTCAGCTTTCTCTTTATGACTGCTTATGATCGGTGCTACAATATCAAAGACATTTTTTTGTCTCTGAGAGATTTCTGCCTCATAAATAATGACGATATAGCTGATGGCTCTTTTTACCATCCCTGCCTGTCTGTTCAGTGTGTGTCAGACATTGTTGCTCACACAAGATTGCAGCACAGTATAATATAATATATTCCATGTAGAGGCCTGAGGACATTTATATCCTGTATTTGAGTAGAAGCTCAATTAAAGTACTCTTGCTCACTGCTGACGGCCTGATGTGACACGGTGAAAAAAAAATTGTGATGGTTACCTGTAAATTTCATTTGCTTTCGTCACTTTAAAGGAAAGGAAGTCAAGGACAGGTAGCTGCCCAGTAGTTACATACAGACCTGACAACAGTGAACTTTATTCCTAGCTTTGTGCTGCAACAAATGTAGACTTTTGTAAGTAGTTTAGCTTCTCAATAGTTTGTGAGAATTTTTTCAATAATAATTGCTAATCTCTTTGAGAATTTCAAATAGAAGATGTTATTAAATTCCATGTACTGTTGCAGTGAAGTAATTCTCTTTTGCTCTCTTTTTCCTAATTAACTGTCTTCAGGATAACACAGATGAAGCAGCATTAGTGCAGGAAGTGTTAAATACTTTAAATGGCAGTAACTCACTGGAGCAAACAATTCTTCTGAGGGAGCTAAAGAATGAAGTGGTAAAACTGGTAACAAAAACATGCAATTACTTTTTTAAGCAGCTGACTGTTGCTACTCTAAGTTTTTGTTATAATTCTCTGCATTTAATAAAGTCTGAAAATGTTTGTTATGGTCAGAAGACAGTGGCTTTTATTTCAGCATCTGAAAAAAAAATGTCTGAAAGGAGGAATGGTGATATAGGACCACTCCTGTTCAATGACATAGCACTTGTCTTGAAGGAAATCATAACTCCCAGGCCTACTAGATTTCTTGTTTGACACTTTTTTTTTGTTTTTAGTGAATTAGGTTTACAGTGAATTCAATCCATGAGCAATTGTCTACTAGTGATCCAGTTGTTGAGAGTGATTGTGTACATACAGGCAGTGTTGTCCCATTGGGCCATATGTGTATCTTGTCTGAGCCCACCAATGTGGCTGTTGGAATTACCTTGGCTCTAGAGCAATGGGGGCATACTGGGTTCACAGGTGTGAATTGGAGAGATTTCTTTTTAGACTGTCAGTTTGATTAGAAATGGCCTGTGTAGCTATCTTGTGTTACAAAACACAGGAAATTGCTTGCATAAAGCTCAATTACCCATGCAAATTAAGATAGATAAAGTAGTATTTTTAGAACATGTTCACTCCTGCTCTCCTGGTCTCATTTTTTCTCCTCTGCTGTGCTTACACCTGCACAGGCATGTCTCTCTTTTATTGACAGAGTAAACTAAAAGGTCAGCTTGGACATAAACAAATAAAATACAAAACAGTCATACTGTTCAAGTGTCCCCGAACGCTGATTGAGATTATTATGGTATGCACTCATTTTCTAACTTGATCCCTAAAGGGCTGCTGATTGATGAGGAGTGTGTGCACAAACAAACACGCATGAATTCTGAGGAGTCCAGTGCTTCCGAAGTGACATTTATGATTTCTTCAAAAGGAAAGGAAACATTTTTGGTTTCATTTCTTCAGTGGAGATAAGAGACAAAAAAAAAAGAGAGATGATGGCAGGCATGATATGAAGGCTTCTGTTTTCAAGACACTTGTGCAAGATTGGAAGGATCCACGTTCAAGACATAGCAATGTATTAGGCAAAATAAATGCATGCTGTAGTCAAGTTGTTTGCTGTTTCAATGTCTTTGTTTTTCCTAAATACTTCACCCTGGCATTGGAAATTAAGCTGTTAAATCGAAACTGTATTTTTTTCCTCAGTAGTATTTTATGTTTTTAGGTGAGTGTCCAACTTTGTTACTTGATTTATGTTAACTTAAACTTGCTTGCAACCATTTATTGGGGTGAAAACTGCATATATTTTTCTGAAGGCCAGTCACTATGGATTCTTGAATTAATTAACAAATGAGCACAGAAAAATTTTCTTGTTATGGGTTGTTTTTCCCTTCATTTTTGTTTACTACATCAGCATTAATAAAATGTACTGCTATCCTGGGACTGATTAGAGAAATATCAGTCCTTCTAATTGTGATTCTTCAACAGTCATAATAAAGCTTTGTATCATTAGTGAACAGTTACATTTTCTGTCAGATACTGTCAGAATTTATCTGTTTGTGCTTTTTTGAGTTAAGCTTGTCATAATCTAAAATGCACAAGATGAACAGTGTCATTGAAGACTTAGGCTGCAATGTGGTAGTCGTCCCAAGCCCATTGTCACACAAGCTGATTGCTGGCATGATGACAGCTCTTCTCTGCTTTGCCCAGTTCTGTATATGCCTTCCTCTAAGGCACTCATCAGAGAAGCAAGAACTTCTCTTCAGCTTATTTTAAGTTTCCTCTAAAAGTGAAGGACTCTTTGCTTCCAGAGGCTAAAAGCATTGGTGTAACATACTGCCTTACAATACAAAGATGGAACTCCAGATAGGGTTGATAAAAACCTGCTGAGCAAACAAACCCTTGATATTTCTGTAGGACCATGGTGATTTTATGCAAATTCAAAAACACACAAGAAGAAAGAAAAGAGAAATACAGTGTTAGAGGCATGGTTGCTTTGCTCTGTGGTCACTCTTCTCTGTGATATGCGGGACTCTGTCTTTATTCCAGTGTCAGCTAAAGGAAACTCAGACCTGACCAAGGAGCAGCCTCAGATAAAAGCAAATTTCAAGGTTATTCCATTTGCAATTAATATTGCAGAGCAACTCAGCATATATCATAGCTCTATTTAAAAGGTGTCAAAACTGCATTTACCCTCCTACTGCTGCTGCTGTATTTCAGGTAACTGGAGAATACTCTGTTTTTAGATAACAAAGTGATTAAGTGTTACACTTCATATGACTTGGGCTCCGCATACGGAGTACAAATCTGTGCAGGGATATCTAGATTGCAAAAACAATGACAGATAAAAAAAAAAATGCACAGAGTAGTACTTTGGATTTTAAAAAAAAAAAAAAAGCAACAAACCACTGCCAGAAAAAACCTCTGTTTTGCATTGATGTTGTACAAGTGTGTCAGTTTATGTCCTGTGGTTATGAGTGTTGGAGGCTGCTGATTGCTGTGAGCAAGAACCCACCAATTCTTTTTCATTAATTGATTGCTATGTTGTGCCTATTTTTGAACTAAAGAGGGTCTGAGCCTGGAGTGAGCGGTAAATTCCTCACCAGCTTGTCTTTTTCTTGAAAATCAGTAAATTACAAACTGAATGAGAGAGCTCCTTGCATTAAATGCAATTAATTCCATTAAATAATTAAGCAACAAAACAGAAAGGGGGTTTTGAGTGCCAGATGTGTCCTTTATTGGATTTCCTATCTCTACTTACCTTTCCTTTTGAATATGCACTTGATGTTTTTTTCTCTAGAGGGAAAGTCATACTCAGCTAAGAAGCATTAGGGTCTGCAGCCTCTGTGGCCTGATGGAGACCAGATGCTCCACATGCTAACATTGTGTTGGTAGATGAGGTGAATGTGTCACTGACCTCTTCACTAAGAGACAAAATTGATATTAGTGTCAATTATGTAGAGTCAAGATACGTAGAAGGTGCTGCAAAATACATTCTCTATTCTTGCCTTCCGCAGGAGGTGAGGATACAAAACATCATCACATCATTATTCTCTCCCATCAGCTTCTGTTGGGAAGCAGTGTGAAATGAACGCAGGGCAGAATCAACATCTGTGTTCTCCATGTGTAGGCTTCCCGTTTACTTTTTTTTTCAACAGCATACTTTACTGACTCTGTTTTCCTTGTTTAAAAAAAGATAGCATTTAGAGCTGAACATTTTTTCTTTCTTTTATGCTAAATACATAAAGAAATTCCTGTATCATAGAAAGAGTTGCTTTTCAAAATGCCAGGTAACATCCAGCAGTGTAATTTCCAGCAGTAATTCTGCAGAAATATAACCTGCATTAATGGAAAGCATTTTACGCTGAAGAATGTATTTTAGTACTATACTAGAGACATGTCACAAATTTAAAGGAAGTATTTTGTGTCAGTGTAATGGTGGCTATGACAGTAAAGAACTGGAAAGCAGATATTTACAGAAAATGAGATAATGCTGCTTGAAATGGGGAGTGTAAAGAAGGCAATTTTGTTTTAGAAGTGTTCATTTTCTGATTTCCAAATAAATAGTTGACTATGTCAGCATTCATTAAAGTGCTGTTAGCTAATCGTGTATTTTTTCAACTGTAATGGAACTGCAGTAACTGAGCTGATTAAGAAAACAAAGAAAGAGAGGAACCGAAACATACAAACTTAGGCTTAAAATCTTGTAGCGGAAAATGTCACTGGAAATCTGGCAAGCCAGGGGCTGCTGGGTTGCTCCACTCTAAATATTTTACAGAATGAAATAGCAGTTATGTAACAACAAACTGCATTGGCTGCTAGACGCGAGACCTTCAGAACATCTGTGTTGGGCATTGCTCCATCTCAAGATGGAGGGGTTCCTGCCTGCCAAGCAGAACTGGCAAGAAAGTTGGGAGTTGTCCTGACTGTGATAATTGAGGCGTTTTAATCTTCCTTGGAGGAACATATGTAGGTTGTATTGTATGTTGTTCAAATCTGATGCTCTGTGCAAATGTAGCATTTCATGTGTTCAATCAGAACACTTTGTTGTAGTTTTTTTTTTTTAGTATTATTGTGGTGCTAAGCTCAAATGAATGTATTAAATTATTCAACGTGTAGTGTAGGAACTTGTGCTAAAGAAATGCAGCCCTTTTCTCATCCATCTGATAGTGGTGATTGGGCTTAATAACAAATTTGGTCTTTCTCTGATAAAACAGTAAACTTCAAGCATGGATGGCAAAGCTCTTCTTGCTGACCCTGAGGAATGGGGTGGGTAACATAATGCTGTTGCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGTAAAATTAAATTATAGTATTTAATTATGAAAATAAGCACCAATTATTGTTGCACAGTGGCAGGGATGCTTATTAACCTCCACTGATGGCAGAGGCTGTTCCCATATATTTCTATTTGTTCACAGTTGCAAATTGAAAGAGAATAAGAGCAGTCACTTGCTCTGCAGCCTATGTTAAATGTGCATTTATTTGAATAGCTGTGTGTATTGTAATTTATTTCAGATATGGTCCTGATGTACTTAGTTATCTATATAAACAGTAACATTTATTCTGCTGTTCATATGTATTTTTATATTCCCTGATAGTTTCTACACTCACTCATACCTATGTAATCTCTCCAATCTCTTCTTCGGTGGATATGAGGAAGCTGAAATGAGAACAAAAATTTAATTGTCATTTTTAATAGACAAAAAACTTACCCATCTCGGAGAACTGTAATTGCCACAACTTGTCATTGTGCTACATGTGCTAGAAATGAAATAGTTTTATATCATGCCACAGAGGTACCAGCAATTCTCACCGATTAATAGCATTGAATGTTGTAAAATTGTTCCAGTCAGACAATGGTATGCAAACTGGAGCAGATGGGCTGTAACAGCTGTAATGGTTGAAGGTTGTTTTGCTCAATTAATGTTCACCAGCAAGCTCGTCAGCAGAGACCCAGTGGTTGATCTTGTGAATATCTATAATCTGTACTCATGTAATGAGTTATTACACCTGGCTTGAGAAGCCAGTAACAAAAAGCCAAGGTGCAATATCTTACCTGTAACGGTTTGTTTTGGAACTGAAGGTGTGGCAGTGCCCACTGCATGATATATACACTCAGTGTTTCAGCTGAACAGAAAAGGTGTTAGGTCCAACTGAGAACGCTTTGAACCTCTACAGGAATGACAAGTAATGCAGTCCTTGCCAGTCTTTTTTATAGTTCCCACTCATTTCTAGGCTGAGCAGAGTCATTAGTTTTAAAGCTGTTAATAAGAAAGAGAGGCAGGAAGGAGATGTGTTGCCCTGGAAGATGAACTCTGCGACTTTATTATGCATAGAGAGTACTTTATATATGTTTTCAGCCACGATGCTTATGTAAAGTTTTAGGCTTTGTATCTATTACATACTCTATAATATACTGTAACCTGTTTCCTATAAAGGGTGTTGTGATCAGTCAGTCATTACTCAGTGTGCGTTTTTAAAGTTGCCTTTGAATGATAAGTGGTCATCGTTAGGGTTGTTTGTTTTTTTTAG
Seq C2 exon
AGCGTTAATCTTTTGGAACGGAAGGCTTCGTCAGGAAGCACAGACCCTTCCTTAAGCAAGCAGTTCCTGGAAGCAGACCCTATCTCTCTGTCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009172:ENSGALT00000014942:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.594
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]