MmuINT0113724 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000042359 | Osbpl6
Description
oxysterol binding protein-like 6 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2139014]
Coordinates
chr2:76523889-76540196:+
Coord C1 exon
chr2:76523889-76524144
Coord A exon
chr2:76524145-76540103
Coord C2 exon
chr2:76540104-76540196
Length
15959 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
GGGTTTCTGATCATTTGCAGAGC
3' ss Score
7.63
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGCATCCACGTTTTGGAGAGAACTGCTTCATCCAGCACGGAGCCCTCTGTCAGTCGGCAGTTGCTAGAGCCGGAGCCCATCCCCCTCTCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000042359:ENSMUST00000111929:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.799
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types