BtaINT0106572 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004891 | OXNAD1
Description
Bos taurus oxidoreductase NAD-binding domain containing 1 (OXNAD1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001035090]
Coordinates
chr1:155020421-155035442:+
Coord C1 exon
chr1:155020421-155020484
Coord A exon
chr1:155020485-155035335
Coord C2 exon
chr1:155035336-155035442
Length
14851 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTTGT
5' ss Score
6.36
3' ss Seq
GCATCATCTTTTGGTTCCAGGTC
3' ss Score
8.68
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTAATGAAATCCAAAAGGAGACCTGATCACTTGGAGAGAACTGCAGATGTCGTTCGCCAGGAG
Seq A exon
GTTTGTATCTCGGGCCAGGGCAGGTTCTCCTAGCTTGCAGTCTGCACACGGTTAGGCCCGGCTTACCACAAGGGCTTTAGATGAGCTTGAATCCCTTTGAGGGACAGTCCGGGCAGGTTTGTTATATTTCTGTCCAGAACTTCTCCAAATGTGACTTGGGACAACTGATTTGAAAAGATGATAGCCAAATACTCCAGTCATTCCCTTTAAAGTCAGAATGGATGGATTTGTTTCTGATGAAGGGAGTGTTGTAGCAAAGGAGGGAACTGGCCTCACAGGCATAAGGTTTAGGGTGCTATTTTAGGAAGAGATCTTCCTTTAGAGCCTAAATTTTATGAGTAGCTTGCCTTTTCTTTCTTTTTTGGCACCATGTCTCAAAGTCCTTGTTCTTCTCCCTACTTTAGAACAACTTATTTCATCAAAAGGGAGAAAGCACTGACATCTGAGAAAGGAGGGTGAATGAGCTCTCTTACCTTCCCATGTGCAGATTTTCCTCCATATTCAGACCACGGAAGGGCTAATCCACCAACCCGAAGGGGTTCACGGGCTGGGGAATAAAGGATCCTCACCCGTTACCTCCGTGAGTAACCCCGTTTTCTTTTAAAAACATAAATTAGATATTTGATTTTTCTTTTGAATGATTCTTCAAATACTTGGATTGTGTTTAGCTTAGTTTTATAGGTATTTTTAAACTAATGGTTAAAAAACTATGTATTTTATATACAGAAGGATTATTTACTTCTATAAACATGGTCAGAAATTGTATTGTTGCTATCGTTTAATTTTTAGTGGTAATAATAGAATTTAATATAGGAGAGCATTATTTGGGCTCCACCTTTCAAGCTTATTCTGCTTTCAGAAAACTGCTTTGGGACCAAGAGTGGTGCATTTATGGGTTCAGCTTTAAGCGCGTGTGTTTTGAGGAGTCTGTGCAAAAGTAGTTCAGCACAATAGATTTCTGGATGTGTAGGAAAATGTGCTTTTCCCACTGATGGTAAATCTGAAAATACTTTTTCTGGTTTGTTGAACACACAAAAGTGCTGATTCTGTAAATGTGATATTTGTTAGTGCCGGGGTCCAGCCCCAGCTGATCCAGGGTATTCGAAGTGGGGACGGCGTCGGCGAGGGTCAGGATACAATAGCTTCAATTAGATATTAATTAAAGATATAAAGAGTAATAGAATAAGGATAGCTCAGTAGGAAAATTCAGTGGAGAAAAGAGGCTGAGTAGCTTGGTTTACGCGGGAGACCAATAAAACTTCAAGACAAGAAGTTTGCACCACTTAGGTAGGCCGCAGGCGTCCTTCCGTTCTCCCGAAGGAGAGGAGACACTGAGGCCTCCCCGGTCAGATCTTAGAAGCCCAGGCATAATTAGTAAGCATGGCGGGTTCCACGTTCCAGATGGAGACTCAGCCAGAGTGAGAGAGAAAGAGACATGGGGAGACCAGTATTTTGAGAAACTGATCCCCTTTCTTTATTTTCCATGGTCTACTTTTATACACTGAGATGTTATGCAAAAGTCACGCGGGGTCAGCAGTCCTGACTTTTATCAAAGTCAGGTGCTTCATACAAATGTATACAGAGGTCTTAGGGGTGTTACATCATCTTCTGGCCAGGGGGGCCTGCTGACAATTTATGACCCTCTCCTTGTGACAGTGGTCAGAACACTTTTTTCTCCAATGGTGATTATTCTTAAAACAGACGCCACCCAAATAAAGTTACATTCCTATAGGGTGAGGGTGTAGTGGGTTTTAGTTAAGGAAAGGATTTACTTAGCCTAAGGTCTAACGTGATTAATATCAAAGGTTAATAGTTATTTCTTCTATATATTCATTAATGTGTGTAAGGGCAGGGGATATGGAGACTTAGCAACAAACATTGGCTCAACAAATGAAAAACCCTTCACCAATACAATTTCTAATCAGCCCATTATACTTATACTAATAGTTTTCTAACTTTTCTAAGGAACCTGTTTTTAGAAGGTTTAAAGCATCTCGTGCCTCTCACGGTTGGGAGGCTGTGAGCAATCACATGTGGCCGGACAAGCCTGTCAGGCAGGCTAGAGAACCTTCAGAGGAGTTTGTAGGTTAAAACACTCTTATCACGCCCAGGAATTATTATTAACTGGAGCTCTAAGTTAACTCCTTTTCCGAAGGAGGTGGTGGGGGACAGCCCCCTGTAAAGTCAGAGGTGTAGGTGAGAGCACAAAGTAGTAAAGTAGGCAGGCTCTGGTTAATGGGGGTAGATGCTCGAGGATTTCCAGGGGGACTCCTGAGGCTCAATCCCGCCTTTGCGTATGTCGAAACTCCTTCCTCATGACCTTTGCCATGGGCGGAGTACCTCACTCTGGCCCCCAACATGTTAGAATTCCTTTTTGAAAAGTAAAGCCTTGCCAGTTTTGAAGAAAAAGCCAGTTTATGTAGCAGGCTTGGACTGTACTTTTTTCTGTTGTATTTTGAGGCAGGTGGAATCAGAGTTGAGTTTGGCAGCCTTTCCTTAAAGAGCCAGAGAGTGAATGTTCAGGCTCCCAGGGCCGAGCTGTCTTAGTTACAGCTGCAGAACTCTGCCTTTGTCATGAGGATGGCCCTAGGCAGCATGTGCACACATCGGTGGGGCTGCTTTCCAGTGAGACGGTATTTACCAGGACACCCGGATTTGGCCCGTATTTTGAATGTAGTTTGCCAATCCCTCAATTAGAGTAGCATTTCAGAATTTGCCAGGACAAAACTGCTGAGACTTGTGAGAGGTTATTTTGAGCCAAGTTGAAGAAAACTTGACAGAAAGTCAGTGTAAGCTCCGTTGGTGTGATTGAACAGCTGAGAGTTTCAATGCCCGGAAGTCAGAGATTTGTGGGGCAATTCCAGTTGTGGCATCGCTTGCGGGGAGATGGGGCAGATTTTTTCCAGCGGCAGCTCCTCTCCTCTCCACTCCTCTGCACAGAAGGAGAGCAGAAGCTGGGGGCTGAGGGCTGGGTAAAGCCTGGGGGTGTTGGGAGCTGTGATCTCCATGGTGTGAGGTGACCAGGGCCTCGCCCACACCCCCAGAGGGCAGCCCCCTGCCGTAGAGCAGGCCCTCAACTCGGATGCGTGGGCACCACTGCCTCCTCAGGCCTGGCCGGATTGCGTCCTCCTTACCTCATCTGCTGGCCCTGCCGTTTGGCGAGAGCACTTCACAGAACTCCCCACGTGTCATTTCCCGTCAGCTCTAGCTGGGGAGGCAGCCTAAGGGTAGTGTGGCCCCTGCGTCTTCAGCACAGTGGGCAGAGCCTGGGGCCAGAGGGAAGCCCCACATCTGATTCCTGGTCCCTGGGACCCTGCGTCCAGAACGGGGCCCTCACCCCACCAGGAGCATCCTTTCTGTACTCACGGGGTTCCCTCTGCAGGAGTCCCTGAATGGCTATCCCGTGACCGTAATACCTCTTACCTGGGGCCTAGAGAGTCCTGCTGATGCAGGGAGCTGAGCTCTGAACTCAGGTTCACGTTTTCTCCTCTTAAGGATCCAGTGTAAGCAGTCTGGGTAACCTTAGAGATGTCAAGGAGATAAGAGTAGAGATACTGCAATGCAGTAAGGATTATTCATGCAAGACTAAGCTTTCACCCCAGAAGTCACTCCCTGCTTGGCCTCTATAGAGGGCTGGCCCTCTGAGCAAGACCTTTTCATCAATTACTGGGAGATTCTGGTAATGAAAGAATTTTAAACTTACTAATTCTTATGTTTTCTTTAAGAAATATACCAGACGCTAGGCTAGGTCCTGGGGCTGCAGTGTTGAAAACTATAGATAAGGTTCCTCATCTCAGATACTCAGTAGTCAGAAGAAACTGATTCTGTGCAGCTGATTAATTCTAATGCACTAATCCTTTTTCTCCCTCCCTCCCTTTCTTTCGTTTTTTAAAAATTGAGTTTATTTTTATCAAAGTATAATTGATTGACAGTATTATGTTAGTTTCAGACGTACAGCACAGTGATTCAGTTATATACATACACACTTATATATGTGTGTGTCTTTTCAGATTCGTCACTCATAAGTTATTACAAAATATTGAGTATAGTTCCCTGTGCTATATGGTAGGTCCTTGTTGATTATCTATTTTATATATAGTAGTATGTATATCGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGCACACTTGCCTGGAAAATCCCATGGACGGAGGAGCCTGGTGGGCTGCAGTCCATGGGGTTGCTAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACTGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCACACAGAGTCGGACACGACTGAAGTGACTTAGCATAGCATAGCATAGTATGTATATCTTAATCCCTAATTCCTAACTTATTCCTGCCCCTCTCCCTTTGGTAACCATGAGTATTTTCTATTTCTGTGAGTCTCTTTCTGTTTTGTAAATAAGTTCATTTGTATCCTTTTTTTTAGATTCCACATATAACTGATACCGTATGATATTTGTATTTTTCTCTCTCTGGCTTCAGTTCATATGATAATCTCTAGGTCTATCCATGTTGCTCTAAATGGCATTTTTCATTCTTTTTTATGGCTGAGTAATATTCCATTAGATACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATGTATTGTATATATATGTACCAAATCTTTGTCCATTCACCCGTCGATGGACATTTAGGTTGCTGCCGTGTCTTGACTGCTGTAAATATTGGGTTGCATGGCCAGGGATGAAACCTGTGTCCCTTGCATTGAAAGGCAGATTACCATTGGAACCACCAGAGAAGTCCCTCGTAGTTTTGATTTGCGTTTTTCTAGTAATGAGCGTCGCTGAGCATCTTTTCACGTGTTTGTTAGCCATCTGTATATCTTCTTTGGAGCAGTGTCTGTTTATAACTCCTGCCTAGTTTTTGATTGGGCTGTTTG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Seq C2 exon
GTCGTTTCGGCAGCCAAGGTGTGTGGAGTGGCTAGCGAGTCCCCATCGGTGAAGAGGCTCTGCCTGCTCGTCGCCGATAAAGACTTTTCTTTTAAGGCCGGCCAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004891:ENSBTAT00000006434:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.303 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development