HsaINT0119164 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000154814 | OXNAD1
Description
oxidoreductase NAD-binding domain containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:25128]
Coordinates
chr3:16313166-16327955:+
Coord C1 exon
chr3:16313166-16313229
Coord A exon
chr3:16313230-16327848
Coord C2 exon
chr3:16327849-16327955
Length
14619 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTTGT
5' ss Score
6.36
3' ss Seq
AGTTCATCTTTTGGTTTTAGATT
3' ss Score
8.17
Exon sequences
Seq C1 exon
CATAATGAAATCCAAAAGGAAAACTGATCACATGGAGAGAACTGCAAGTGTCCTTCGACGGGAG
Seq A exon
GTTTGTATCTTTGGGGTATGACAGGTTTTTCCAGCTAGACCGTTTACATGTGGTTATGACTGGCTTATGGGTAAAGCATTAGATGAGTCTGGTCCTTTTGAAGGAGAGTTGGGAAGTTTGTTATTTTTCTATTTAGAAATTTTCTGAGCAGGACATTTGATATCTGATTTGAAAAGATGACAGATACTCAAATTTTTCCCTTTAAACTTGGAATGAATGGATTACCTTTTGATGAAGCAAGTAGAGCAGCAACTGAGGGAGCCATCCTCACAGGTATGATGTTTAGGGTTATGTTTTAGCACTAGAACTTCCTTTAAAGCCTACATTTTATGAATAGCTTACCTTTCTCTGTTTTTTTGTGTGGGGTCTTTTTTTTTTTTTTGCGTCACATCTCAAAGTTCTTGTTCTCATTCCTGCTTTAGAGCAACTTATTTCATCAAGGGAGAAAGCACTAACATCTGAGAAAGGAAAGTGGACGAGCTCTTGTTACCCTTCTAATGTACAGATTTTTTCCACCATATTCAGACTATAGAAAGCTAATCTACCACCTGAAGGGGTGTCAAGGGCTGAGAAATAAAGGATCCTCACCCTTTACCTCAGTGAGTAACCCCATTTTTGTTTAAAAACATAAATCGGATATTTGATTTTGCTTTTTTGAATGTTTATCACTTACTCAGATATATTTAGCTTAGTGTTATAAGTATATGTAAGCTAACAATAAAAAAACTATTTCATGTAAAGAAGGATTATATACTTCTACAAACATGGGCAGAAATTATATTGTCTCATTTAAATTTATCTATTAATAGAAGGATACACTTTAATGTAAAGGCATATTGTTTAGGCCCTACTTTTAAGGCTAACTTCTTTCAGAAAGTTACTTTGGGACTAAGGGTAATGTGTTTGTTGATTCAGCTTAAAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAAGTCTGTAAAATTAGTTTAGCATAGTAGATTTAGGAGCTTGTGGGGAAGTACACTTTTTCCAATAATAAATCTGAAAATACTTTTTTTTTGGTTTGTTCAAGTGACCAAAAATGCTGATTCTGTAAATGTGAGACTTGTTAGGATTTCTTTTTATAAAATGAAGGCCTTGCAAATTATGAAAAAAAAAAGTGATTTATCTTACAGGCTCTTTCCTGTTGTATTTTGAGGCTGGTAGAATTAGAGCAGAGGTTGAAAATCTTTCCCTAGAAGGCCAGATAGTAAATACTTTAGATTTTTTGGGCCGTGCTGTCTTAATTACAACTTCTAATCTTTGATTTTATAATGTGAAAAGAGCCATAGACAGTATGTATACAAATTTCATTTACCAAACACCCAGATTTGGCCTGCAGGTAATAATTTGCTAGTCCCTGAATTAGAGTATTCATTTCAGAATTTTATTTTACAAGACCAATTAATTTTAATAGCCTGCAGAAACTAAGTGAAATATAAGCAAAAAAGAATCATCAAGCATTTACAAACAATTAGTATATTATTTACTGTTTAGCGTCAACTGATATTTACTGAGCACCTCCTGTTTTCCAGGACCAAAAACTTGTTTCTTACCTTACAGAATTCTCAAAACTATGCCGTAAGATACATAATAATATTTTAAGACAGGTAAGATAGATAGATAGTTAATAGTATTTTCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGGTACAGGGGTACAGTCATGGCTCACAGCAGCTTCTGTCTCCCAAGCTCGACTGATCCTCCTGCCTAAGCCTCCTGATTAGCGAGGACTACAGGCACACTATTGTGCTCAGCTAATTTTTAATTTTTTGTAAAGATGGTCTTGCTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCTTCTCTTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACACCTGGCCAGTATTTTCTTTTTAACAGATGAAAAGACTAAGAATCGGACTAATAGGAACTTGCACAGCATCCATCATAGGCATTAACATACTTAATTATGTTGACTGCCAATTCTAAGGAAACATATCTATTTCTCACATTTTTATTGTTACCACAAAGTCTTTTACATTTTTCAAATTTGTGTGGATATAAACAGTATTTTTATTTATATCACCATCATTTCTGTTTCCTAATAAAAGACCTTTATCTCCCTAAGGTTATCACCACTTATCTATAATTTCTTGCTTATTAATTTTAATAAAATATACATAAGTGGGAATGTACAGTATTCAGTATTCTGTGGTTTACAAATGAGGCAGGCACATACTTTAAAGGTTACACCTATTAAGAAATAGATGCTAATGGCACGTCTCTCTCTGAGTACGCTCACACTCCCTTTTGTTGGGTGTGTGCTTTCCCCCTTCCAATAAATCACTGTACTATCACTAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAGATATCAACTATGATTTCTAAAATATACTTAAATATATTTAAAATTAACCTCATTAAAATTTTTGGTTTATAAATATAACTATAACTACAGTATGTTAAGCTTAAATGACTATGTATTATGATGGTTAGTGACATATAAAGTACTGATATACATATTCTTTCAAGTTTGAAGTACCTCACCTGAGAACTCGGCTAAGGGGCAGTTCCTTAGTTTGGTTCCACTGGAATAAAATTATAAAAGGTGTATTTTCCTTTATGTAACAGATACATAACTATAGCCAAAAGGTCAGGCAACACAGAATTCAGTAAATACTGAGGATAATGCAATAGTTAATGTCAAATTCTAGCCAACTTCTAGTATTATGAAAGTATGTCTAATCTTAGGGAAAACCTGTTCTAACAAAATTATCTTAAGAAAAAGGGAAAGAACTATAAAGAAACAGACTATTAGAGATCTAGTAAATATTTTATAGATTAGGGACTGAGCTTCAGTCTTGATAAGTAACTTGCCCAAGCCATATATGCCAGTGGTGAAACCAGGACTGATTGCTGAACCTGACGTCTGTTTCAGGTTCTTTTGAACATGCCCTTGTTCTTTCATGTTATGACCGAATCGTACCATTTATTCACCGAATTTTAACTTTAATTTGGAAAATTATCAACTAATAAAACTTTTTCTCTTCAGCACAACTCTCTAGTTTTTCTAAAAATGAGCATTTTAAGAACAGGATACAGTTGATAACATTAGAGCACTCTCATAGTTCCTTAAGATCAGAACTTTATACAGGAAAAAGTTCCCTTTACATAAAGTTTGATTTGGCTGGAGAAAGCTTATAAAACAGTCATAGCTTTAAAGCCTTTTTACTCTGTATCATAGTGACATCCCCTGTTGTAAAACAGTTTTTTATCATCTGACATTTTCTTCAGATAGCCAGTTTTCCTGCTTTGGCTGTCTTATAAGAACTTCCAAAGACTTCAGTCTACCTATAGTTTGTTGTTTGTAGGTCAGGAAGAGTTATCTTAGAATGTAGCTTACAGACTTTCTGCCAAAAATGTTCTTTAGTTGTGTCTTGTCTGCAGTAAGAATGTTCAATTTGTGGTCAAGCGCAGTGGCTCGTGTCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAACAGGAGGATCACTTGAGACCAGGAGTTTAAGACCAGCTTGGGCAACATAGCAAGACCCAGTCTCTGCAAAAAGTTAAAATTAGCTGGACATGGCGGTGTGCTTGTAGTCCTGGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAACCCAGGAGTTCAAGGTTACTAACGTAAGCTATTATGGTGCCACTGCACTCCAGCCTGTGTGGCAGAGCAAGACCCTGTCTCTTTAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAATCTTCCATAGTTTACATCCTTATGTAAGGAGTCTTCAATGTCTATGTCTTCCATTTCCCTGGTTTCTTTTTGGGCAGATATAAAAGAATTAACTACGGGTTTAGAAAAATGGCAATAATAGATTATTTATTTGTGTTTAATTCTTCAACTGTTTGATTAATTGTGCTAAATAAGAATGAATTATCCTGTGCTGACCTGATTTTCATGGAATATTTGTAAAATTTGGATTAGCAAGATGATTGGTAGTTATTTCAAGCACTTCTTGGGTTTCCAAAGACTGTTGAATACCTTCTGAATTTGAAATTATCAAAGTAATAGTTGTAAAATTTAGATACTCAAAAGATGTGTGAAAAGCACCTATATCCATATTTTAGTTAACTGATGTTTCCAACGTAGATTCTGGTTTCCTAGTTAATCTTGTTTAACTAGTTTAAGAGTTAACATGTATTTTGACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCGCTACTGCACTCTAGCCTGGGCAACAGAGTAAGACTCTGTCTCAAAAAGAAAAGAGTTAACAAGTATTTTGTATACTTCTTGGTTTTAGAAGCCAGTGGCTTCACCAAGGCAGATGAATCAAGTAATTGCGTGTTCAGGGAGCACATCTGTGTTAACTATATTTTTCTTTGCCTCATTTAATACAAGTGATTTTTCTGATTTGGCTTTTAGGCATACTTTTTTCTCATCTTCCAATTGTTTCTTCTGTGAATTTTTTTTTTTTTTAAGAAGGATCTTTTACTTGATTGTCTTCAGGCAGAGGAAAAAGTTGTTGGAACTGTACTTTGTTTTAAATATCAAATCCCCCGTCTGATGTCAAGAGAGTCAGGAGTGAAATGGTCACTACATAGTAACTGGTATTTACTAGAAACCCATCAATCTTGCTATTTTTTTTTTTTTTTTTTACCACTTTTCAAGTGTTTCTTTGTCATTTAGAGGAAATGGGTAAAAACTCAGCTTCTGGTCTTTGTTTTTTTTGTTCCTGGCGATTTGTAGAGTAAATCGCTGTCCTGTATAGCTGAGTTTCACTTGTATGAGGTCCTGGGAGACCCGGGGCCAGCAAAAGGTGCAAGGCGGCCCTTCTTCCATTTCAG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Seq C2 exon
ATTGTGTCAGCAGCTAAGGTGTGTGGAGCTGCCAGTGAGTCACCGTCAGTGAAGAGCCTCCGCTTGCTTGTTGCTGATCAAGACTTTTCCTTTAAAGCTGGCCAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154814-OXNAD1:NM_138381:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.200 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0097019=FAD_binding_6=PU(36.0=88.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)