BtaINT0112591 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021900 | PKN2
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9406]
Coordinates
chr3:55295002-55318105:-
Coord C1 exon
chr3:55317805-55318105
Coord A exon
chr3:55295157-55317804
Coord C2 exon
chr3:55295002-55295156
Length
22648 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
ATGTGCTGTTTGACTTACAGATT
3' ss Score
10
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCGATTCCCGAAGTCTTCCTTTTTCTGAGAATGTGAGTGCTGTTCAAAAATTAGACTTTTCAGATACAATGGTGCAACAGAAATTGGATGATATCAAGGATCGAATTAAGAGAGAAATAAGGAAAGAACTGAAAATCAAAGAAGGAGCTGAAAATCTGAGAAAAGTCACAACAGATAAAAAAAGTTTGGCTTATGTGGACAACATTTTGAAAAAATCAAATAAAAAATTAGAAGAATTACATCACAAGCTACAGGAACTAAATGCACATATTGTTGTATCAGATCCAGAAGATGTTACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGCCCACGGACTCCAGATACTCCCAGTAGTGACTCTCGTTGTTCCACCAGCAATAATAGGTTGATGGCCTTACAAAAACAATTGGATATAGAACTTAAAGTAAAACAAGGTGCAGAGAACATGATACAGATGTATTCGAATGGATCCTCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021900:ENSBTAT00000029201:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=WD(100=67.3)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]