HsaINT0126148 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000065243 | PKN2
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:9406]
Coordinates
chr1:89206671-89226059:+
Coord C1 exon
chr1:89206671-89206971
Coord A exon
chr1:89206972-89225904
Coord C2 exon
chr1:89225905-89226059
Length
18933 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAG
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TAACAATATTTTATTTACAGATT
3' ss Score
7.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTGCCCAAGGACTCCAGATACTCCAAATAATGACCCTCGTTGTTCTACTAGCAACAATAGATTGAAGGCCTTACAAAAACAATTGGATATAGAACTTAAAGTAAAACAAGGTGCAGAGAATATGATACAGATGTATTCAAATGGATCTTCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000065243-PKN2:NM_006256:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.149 A=NA C2=0.622
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF118003=RP-C_C=PU(52.9=73.3),PF0218511=HR1=WD(100=67.3)
A:
NA
C2:
PF118003=RP-C_C=FE(36.4=100),PF154561=Uds1=PU(51.4=73.1),PF0218511=HR1=PU(45.1=61.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)