GgaINT1021740 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006237 | PKN2
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9406]
Coordinates
chr8:14137560-14145849:-
Coord C1 exon
chr8:14145549-14145849
Coord A exon
chr8:14137712-14145548
Coord C2 exon
chr8:14137560-14137711
Length
7837 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
ATCTTGCATTTAATTCACAGATT
3' ss Score
7.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGATGCCAAGAGTCTTCTGGTCTCTGAGAACCTGAGCACTGGCCAAAAGTTGGACTTTTCAGATACAATGGTACAGCAGAAGCTGGATGAAATAAAGGACCAAATCAAACGGGAAATAAGGAAGGAACTTAAAATCAAGGAGGGAGCTGAGAACCTCAGGAAGGTCACAACAGATAAAAAGAACTTGGCATATGTGGACAACATTTTGAAAAAGTCAAACAAGAAGTTAGAAGATTTGCATCATAAGTTACAGGAGTTAAATGCGCACATTGTTGTAACGGATCCAGAAGATGTTGCAG
Seq A exon
GTACTGTATGTTATAATGATAGCAGTCTACTCTTCCTAGTTTACATAAGCTATTGCCCATTTCACTTGGAAAAAAACTGCTCTGGAAATGAACAAACCTGCAGGTGGAAAGTTGGTTACCTGTGTGTGTGTTAGTTCTGACTCAGAAACAAATGTCCAGCCCCTCTGCATTGAAAATTGTTTTCTGGAGAGGAGTACGGACTATTTGTTGATGCTGTGAAGATTAATGTAACCTGTGTTGATTCTTCACTCTCAGTTATTACCATGTTAATATCTTTTCTCAGTCACGGTAGTATCATCTAGTAGCTTTTCATTATGTAAGAGCAAATTTCAGTATGAAATACCCACAGTGAGGTTGCCCTTTTTAGGATATATTGAAATCGTTTTAATTAGTACTTTCTGTGGCTTGGTGGTGAGTTGATACTCTTTTTGAATATATATTTTATAAAAATAGCAGGCTTGGTATTTTAAGATGGAACGTTGTGAAAGTGAACAGTCCTTTTTCAGCTTTATGGAATGACTTGGGAGGTGCTGCCAGCCTGTGGATTTCACATTGCACGGCCTCTTTCTGGCAAAAAGTTAAAATAAACGCACCCATGCCATTGAAGGTGTTTGTAAAGTGAGTGCCAAGCCTAAAGAAGCTTGGGCACTAGAATAAAAAGATGACATCACCTTGCATTTTTGACAAAGGTTGGTTAGGGTGAGAATTCAGGAAAATACTGGTAAGTGATATCAGGAATACATAGCATCTGGCCCTGTAACGTTAGGAAAATGTTGCAGTGTGTATGGTACACTTGCACAATGTGTTCTGCATTTGTTGCTTTTGAGGTTTTGAGAGCGACAGTTGTGGGGGGCGGAAGGGAACTAGTGAAGCAAAGTAGTTGTTGCTGCGTGAAATCCGAATATGTACAATAATGTATGTTTCAGAGATGGCTGTTGGGTTTTATAGGAGGTATGAAGTGTTCTGTCTCATACTGGCTGAGGTTTATGAAATTCCTCTTCAGTCTTGAGAGGGACTTTTAAAGGAACAGGCAGAAGGAAAGGGGAAGAAAATTAGATGCAAATTCTCTAGAGACTAAATATAAAAATCTTAGTAGACACAGATGTGAGAAATTAATCTAGTAGTGGAACCTGAAGAGCTGATGGCACAAAAGGTACAGAGTGCCCCCTTCCAGGGCAGCATTTTAAAACTGTCACAAGGAGAGACTCAGCAATACTATCCTTGTGTCTGTGTGCATCTCAGGAAACACAACAGACCCTTAGAAAGCACTTAGTACTTCTAAAGAGATTTAGATCTTTGGGTGCAAATAAATAATTAAGTAATGCTGTTCAGGTCCTTGGTACATTTCTGAAAATGCCAGCAGTGCCCATTGCTTTTGTGAATAATGGATAGCAGCCAGGCTCATCCTGCCCTTTATTCTACAGCAGAGACTTCATGAAAGGCTTAAGGAGTAGAAGATCAAAGTTGATAATCTTATGTGCTTCTAACTGCTTTGGATGCATGCTAAGCCTCTTAATACCTTAATACTACGTTTTTAACTTTCATTCTGTTCAAGATGTTATTGGCAGATAGCCTTTACAGTCTTAATTATTAAAATATGCCCTGAGAAAAGTGCATTGTTTCTTAACTACTTCAATTATTGCAGGCTACAAAACTTTGAGATCTTTTTAAGATCAGAGTAGGTATTCTACTGTCAGACTCCTTTTAATATTTTACAAACTTCTAGAGAAAAAAAAAGATTTAACCATCCTTTTTTAGATCCACAGTCTACAACCATCCACCTCTCCAAAGCTGAAATTACTGATCTCTCGTATCCTGTTTGCCTTGTCATTTAGTTGCCTGTCTCCTTCCTCGTTGGTCACTAAGTCATGGGGAAAGGATTGTCAGTCTGCAGACAGACTGAATGCTCACTAGCAGGTGCATGTCATCTGGGTGTTTTTCTGATCTTAATATTGAAGTTTTATGTTCCTAATAGCTGAAGTCAAAACTATAGGCCTTGGCAAAGTAAGGCTGATAGTATAAGACTTAAGACACTTCAGCCTACTCAGTGTGTATAAAATATTTGTATCTGTTGAACATTATACACAGAGATGTGGCCTCAAACATCCCTGTCATCTGGTAGCACAGCTCTGTGGAGAGGTCACAGCTATCTCAGCCTGGTAATTCTTACTTCTGCTTCAGACTGACATCATGAATTTTATAACCATTTCCTGCAGAATGTGGGAGTGCCCAAGTATAAGTGCATTAATTCCAGACATTGGCTTTATTCTAAGTTGCAGCTTTTTACTTCAGCTTGTATTTCACCCTTTTCTGGTCTGTTAGATACAGGCGATTTAAAAGAGTGAAGGATGTATATGGGAAACTTTTAGACTATGCAAAGTGTAAATACAGAAAATGAGATTAACAAACAAAACAAAACTGTGGGAGTCAAGGCTTATGTTCTCTTTATATACTTACACTATTCTATATTTTTGGCAGGGTGGTCCTAGGTTTTCCCAGTCTTCTAAGTATGTTGTAGAAGTTACTGGGCGTTCTAAGTAGCAAAGTCAGGACTGAGATCCTTCAACAAGTAACACTGAGGATAGTTGTCTGTGAGGTTATAATCCTTTTGATCTGTCAGGCCTGGTCTCTGAGGATTTTTGGATTGTTTCTGTTTCTACTGCTTGGATGAAAATGTATAGTGGTGGCTTCAAAAAGTCATTTACTCTTCCCTTGTTGCAGTATGTGAGAAGTGGGTGTGAACATATGTTTGTAAAGTGCTCTACACTTACAGCTGGGAAGTGTCACACAAGCTGTTGTGACTCTTACTGCTGCTTATGGTGTCAAGCAGTGGCTTGCATTACTTTTTTTTTTTTTAATGAACCACTAATTTGTAGTGCAACAACTATGTAATCAGCACAGTGTAATTTGTAATTTATGTAGGTAGGTCAGTCTGGAAGTACTGCTTCCTATTTATTTCCAGAGAAACAACAACAAATAGAGCACAATAACACTGTTTGACAGAACACATTCTCAGCTACAAAATGCTGTTTTTCAACACAGCCACCACCATTAGCTGTGCATTTTCACCAGCCATGAACCAAAGCCTGCATGCCATGCTAGTTTTTAAAAAAATAAAATAACAAAATAAACCTGCACCTCTGGAAGTGGCCCACTGTCACTGTTGCCATTGCTGAAACACATCACCCACCACCTCACATCCGCTGTTTGGTCTCCATAAACGTTCGGTCAGTGTCAATGGATGTCAACGGATCCCATTTCTCTGCTTGGAGGCAATGTTTTCAGAGCAGCCCCCCCTAAGTTAAAACCATTCAATGTAATCTTAATAAATCTTCAGTAGAAAAATGTGTCATTAACATTCAGTTTTAAATGAGTTGGGATATTTTGATGGTATCTTGGCTTGAGTTGAAAGCTTTCCACGTCCTGATCCCATAGGAAATTATTTTCCTAACTACTTAAATTGGTGTTAAACCTTAACCAAGAATTATACTTTGCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACCTGTATCATTGAGTGTGAGGATAGATATGGCAGCTGATGTGTGCTTCAGAAACAACTATAACCATAATGTATGTTTACTTTCCAGTATGAGGTTGCTGGTAAATCTAGATCTGTTTCAGAAGTGAGACTTTGCACCCAGGTCTGTCCTTATCATGCAGCGCATTAGTCATACTAGGACGCAGGGTTTTAAAATTCCTATGTCAGCACTTAAGTGTGAAGCAGAATGTAGCAATATAGATAGAGTAGGACAAGTGGAGTAACCATTTCAGCTGAAAATCAGAGAGATTTATTTGAACGTATGACATGAGGATGATTACTTCACTCGTAGACATGAGAGCATTTTGTATCGTTAAAATATATTTCTGCATATTAGCACAGATTAAATTGATATTTTTTCATGTGTCTAAAAAGTCACAGTAGAGATTGCACTTTCTAATATTATTCAGGGAGGTAAAAGGTTGTACTGGCTTACCTGCAGCAAGGCACTGATTTAATTAGGTAGGGGTTGCAACAAAATTAGTTCAGGTATTGACTTTTTAGATGTCAGACTGTACCTACGGTACTGATATTTGTAAGAATTTAATGGTAACTTTGGGGAACCTTAGTGTGGAATAATGCTTTTGAAGCAGTGTTGAGACAATTTGCTGTCTGTTTTTCAGTAAATCAAATTTGCCATTAAGCAACTGAAATTCATTTCAAATCGAAGCGTCTTTTCCAGGAAACCAGTGCTGGATGTTCTCTGTGCACGCAGAGCATCCACTGCTGTCTTGGACTTATGGACAGATCAGTTCTGTGCCATCACATCTGATTCCCAGTTTGTTTGATCAGCAATATCTCAACGTGCATCACAGGTGTTTCTGTTGGTTATGATACTACATTAAATGTCCTCAAATAAATTAAAATTGTTTCCTAACTTGCCACTGAGGAGCTTAGCAGCATGCTGCACTGCTATCAGAACCAAAATGTGGACAGTTAGATGGGCTCCTATTTTTCATGCTGAGCTTGTTGAATAAATCATGTACTTACAATGTGGGGAAGTCTTCAAAGAGAAGAGAAGCAGTCTAGAAGAAGTAGAATTGTCACTACTCTAATAGGGATAGCTTAGATAAGAGCATTAGTATAAGGTCATTTAGAAACAAGGAATGTTTGCTGGTAAGCACTATGCAGACTCAATTGAACTGAAGAGGTTTTCAGAAGAGCAAAGATAAAAGTGTTAAACACTTCAGACCAAAAAGTGCCATTATCCTGATGCAGTCCAGACACTTAAAAAAAAAAAAATCCATTAAAGCATTACTTTTCACTTCAAGTCTTATATTTTCATGAAAACAGGATGTCACAGGTCCTGGGGAAGCAGTATCACAGTTCTTGCAGCCTGGCTGTGTGTTAAAAGGCTGCACAAAACCCTCTAATGTTAGCAGCAAAAATAACAGGCTAGTTACCTGAAATGAAGTCTAGTTCACTTGAAATACATCT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Seq C2 exon
ATTGTCCTAGGACTCCTGATACTCCAAACAGCGACCCTCGTTTCCCTACCAACAACAGATTGATGGCCTTAAAGAAGCAATTGGATATAGAACTGAAGGTGAAACAGGGAGCAGAAAATATGATACAGATGTACTCAAACGGTTCTTCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006237:ENSGALT00000010087:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.212 A=NA C2=0.446
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=WD(100=87.2)
A:
NA
C2:
PF154561=Uds1=PU(47.9=66.7),PF0218511=HR1=PU(45.1=62.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]